楊在元(?—?)為中國清朝武官官員,本籍湖南。1869年(同治8年)奉旨接任朱德明擔任台灣鎮總兵,並輾轉擔任兩任該官職。受台灣道制約的台灣最高軍事首長。
楊在元曾於1873年首任總兵期間因「濫委營缺,侵冒營饟」(饟同餉)遭降職、革職,後因於甘肅建立戰功於1884年回任台灣總兵,不過旋即遭左宗棠請旨制止,令其「不得回任留營」。