杨在元(?—?)为中国清朝武官官员,本籍湖南。1869年(同治8年)奉旨接任朱德明担任台湾镇总兵,并辗转担任两任该官职。受台湾道制约的台湾最高军事首长。
杨在元曾于1873年首任总兵期间因“滥委营缺,侵冒营饟”(饟同饷)遭降职、革职,后因于甘肃建立战功于1884年回任台湾总兵,不过旋即遭左宗棠请旨制止,令其“不得回任留营”。