澎湖水师协为台湾清领时期军事组织，隶属绿营福建水师的台湾镇，始于大清帝国将台湾纳入版图的同一年（康熙23年，1684年），迄于光绪12年（1886年）调升为澎湖水师镇，存在时间达202年。澎湖水师协最高武官以副将（从二品）为首，其下设左、右两营，两营各置游击一员、守备一员。
