1999年斯洛伐克總統選舉|
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 第一輪的結果，各區的支持率以顏色深度表示 |
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1999年斯洛伐克總統選舉是斯洛伐克第一次以直接選舉方式選出總統，第一輪選舉在5月15日舉行，第二輪則在5月29日舉行[1]。這是1998年修憲案之後的第一次總統直接民選[2]，參選者包括有前總理弗拉迪米尔·梅恰尔、科西策市長鲁道夫·舒斯特、外交官瑪戈達·瓦薩尤瓦等人。當選的是鲁道夫·舒斯特，得票率57.2%[3]。
第一輪選舉的結果，各區的支持率以顏色深度表示
第二輪選舉的結果，各區的支持率以顏色深度表示
| 候选人 | 政党 | 第一轮 | 第二轮 |
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| 票数 | % | 票数 | % |
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| 鲁道夫·舒斯特 | 公民谅解党 | 1,396,950 | 47.38 | 1,727,481 | 57.18 |
| 弗拉基米尔·梅恰尔 | 民主斯洛伐克運動 | 1,097,956 | 37.24 | 1,293,642 | 42.82 |
| 瑪戈達·瓦薩尤瓦 | 獨立候選人 | 194,635 | 6.60 | |
| Ivan Mjartan | 獨立候選人 | 105,903 | 3.59 | |
| 揚・斯洛塔 | 斯洛伐克民族黨 | 73,836 | 2.50 | |
| Boris Zala | 獨立候選人 | 29,697 | 1.01 | |
| Juraj Švec | 獨立候選人 | 24,077 | 0.82 | |
| Juraj Lazarčík | 獨立候選人 | 15,386 | 0.52 | |
| 米哈尔·科瓦奇[a] | 獨立候選人 | 5,425 | 0.18 | |
| Ján Demikát | Slovak National Alternative | 4,537 | 0.15 | |
| 总共 | 2,948,402 | 100.00 | 3,021,123 | 100.00 |
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| 有效票数 | 2,948,402 | 98.79 | 3,021,123 | 99.08 |
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| 无效及空白票数 | 36,022 | 1.21 | 28,098 | 0.92 |
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| 总票数 | 2,984,424 | 100.00 | 3,049,221 | 100.00 |
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| 已登记选民／投票率 | 4,038,899 | 73.89 | 4,041,181 | 75.45 |
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| 资料来源：Nohlen & Stöver |
- ^ Dieter Nohlen & Philip Stöver P (2010) Elections in Europe: A data handbook, p1747 ISBN 978-3-8329-5609-7
- ^ Nohlen & Stöver, p1740
- ^ 3.0 3.1 Nohlen & Stöver, p1755
