遍在远洋杆菌
遍在远洋杆菌
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科学分类 
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| 域： | 细菌域 Bacteria |
| 界： | 细菌界 Bacteria |
| 门： | 变形菌门 Pseudomonadota |
| 纲： | α-变形菌纲 Alphaproteobacteria |
| 目： | 立克次体目 Rickettsiales |
| 属： | 远洋杆菌属 Pelagibacter |
| 种： | 遍在远洋杆菌 P. ubique
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| 二名法 | |
| Pelagibacter ubique Rappé et al., 2002
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| 模式菌株 | |
| HTCC, 1062 | |
远洋杆菌属（Pelagibacter），目前仅包括遍在远洋杆菌（P. ubique）一个种，可能是地球上数量最多的细菌（估算数量级有1028）。早在1990年，就已在马尾藻海中得到属于α-变形菌的rRNA序列，此后在全世界各海区被广泛发现且有很高丰度，被称作SAR11群。但直到2002年，才由Rappé等人通过高通量培养的方法分离得到首批纯菌株，并被命名。但此名称直到目前仍未被根据细菌命名法则的规定有效发表。它可占多达所有微生物浮游生物的细胞的约25％，并在夏季它们可以占存在于温带海洋表层水的细胞的大约一半。远洋杆菌属和其亲属的总丰度估计为约2×1028个微生物。[1]
远洋杆菌属在全世界广泛分布，属于海水中自由生活的浮游细菌。它们是已知最小的可以不通过寄生而自我繁殖的生物之一。他们呈小棍状，长度0.37 - 0.89 µm，直径只有0.12 - 0.20 µm。细胞的体积的30％是被它的基因组占用。[2]它是革兰氏阴性菌。[3]它回收溶解的有机碳。
遍在远洋杆菌已有两株的基因组被完全测序：HTCC1062和HTCC1002。HTCC1062的基因组于2005年被完全测序，测序表明HTCC1062基因组(1,308,759 bp)有着在任何自由生物体中最小的基因组，只有1354个基因。[4]对比，人类约有3万个基因。它的基因组中缺乏很多其它基因组常有的随时闲积累的冗余成分：无重复的基因拷贝，无病毒基因，也无垃圾DNA。这种有效的基因组成表明当它们复制产生后代时需要较少的能量复制DNA。此外，其DNA的碱基对中含有较少的氮元素，因为氮在远洋中是较为稀少的营养元素。远洋杆菌极高的丰富度表明这些特性使其成为一种非常高效的生命形式。
参见[编辑]
- ^ "Candidatus Pelagibacter Ubique." European Bioinformatics Institute. European Bioinformatics Institute, 2011. Web. 08 Jan. 2012. 存档副本. [2012-02-02]. （原始内容存档于2008-12-01）.
- ^ Stephen J. Giovannoni, H. James Tripp, et al. Genome Streamlining in a Cosmopolitan Oceanic Bacterium. Science. 2005, 309 (5738): 1242–1245. PMID 16109880. doi:10.1126/science.1114057.
- ^ 存档副本 (PDF). [2012-02-02]. （原始内容 (PDF)存档于2006-03-05）., Gauthier, Nicholas; Zinman, Guy; D’Antonio, Matteo; Abraham, Michael. Comparative Microbial Genomics DTU course. 2005.
- ^ Pelagibacter ubique genome. NCBI. [27 November 2012]. （原始内容存档于2019-01-19）.
参考文献[编辑]
- Michael S. Rappé, Stephanie A. Connon, Kevin L. Vergin, Stephen J. Giovannoni. Cultivation of the ubiquitous SAR11 marine bacterioplankton clade. Nature. 2002, 418: 630–633.
- R. M. Morris; et al. SAR11 clade dominates ocean surface bacterioplankton communities. Nature. 2002, 420: 806 – 810.
外部链接[编辑]
- （英文）MicrobeWiki entry （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- （英文）BBC News: Ocean bug has 'smallest genome' （页面存档备份，存于互联网档案馆）
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