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近交衰退（英語：Inbreeding depression）是指一个种群内因近亲繁殖而导致其生物適應度下降的情况。种群生物適應度指的是一个生物生存及持续传播其遺傳物質的能力。近交衰退常由种群瓶颈导致，所以一般来说，一个交配族群中遺傳變異或基因庫越多，便越低机会遭受近交衰退。
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