ENCODE

维基百科,自由的百科全书
跳转至: 导航搜索
ENCODE
内容
相關信息
研究中心 聖塔克魯茲加利福尼亞大學
实验室 分子生物科學及工程中心
創始人 Brian J Raney[1]
发布日期 2010年
访问入口
网站 encodeproject.org
工具
其他

DNA元件百科全书英语:Encyclopedia of DNA Elements,简称为ENCODE项目)是一个由美国国家人类基因组研究所英语National Human Genome Research Institute(NHGRI)在2003年9月发起的一项公共联合研究项目[2],旨在找出人类基因组中所有功能组件[1][3][4][5]

这是既完成人类基因组计划后国家人类基因组研究所开始的最重要的项目之一。

所有在该项目中产生的数据都会被迅速的在公共数据库中公开。


ENCOD项目[编辑]

ENCODE分三个阶段实施:试验阶段,技术发展阶段,和生产阶段。

ENCODE一期项目:试验项目[编辑]

试验项目测试和比较现有方法进行严格分析一个所定义的人类基因组序列的一部分。

ENCODE二期项目:生产阶段项目[编辑]

ENCODE数据的图像,在UCSC Genome Browser。 This shows several tracks containing information on gene regulation. The gene on the left (ATP2B4) is transcribed in a wide variety of cells. The gene on the right is only transcribed in a few types of cells, including embryonic stem cells.

2007年9月,国家人类基因组研究所(NHGRI)开始了ENCODE项目生产阶段的拨款。在这个阶段,目标是分析整个基因组,并进行“额外中试规模研究”[6]

作为试点项目,生产工作被组织作为一个开放的联盟。 2007年10月,国家人类基因组研究所(NHGRI)在四年期间获拨款总额超过$8000万美元[7]。生产阶段还包括一个数据协调中心,数据分析中心,和技术开发工作[8]。当时该项目发展成为一个真正的全球性企业,涉及来自世界各地的32个实验室的440名科学家。

生产阶段结果[编辑]

2012年9月5日,该项目的初步结果被整理为30篇论文并同时发表于多个刊物,包括6篇论文在《自然》、6篇论文在《基因组生物学》及18篇论文在《基因组研究》上[9][10]

最引人注目的发现是,人类DNA有生物活性的分数大于以前估计中即使是最乐观的估计还要高得多。这些发表的论文显示人类基因组内的非编码DNA至少80%是有生物活性的,而非像之前认为的仅仅是“垃圾”。这个结果非常重要,因为人类基因组中98%的DNA是非编码的,意味着它们并不直接编码任何蛋白质序列。

参见[编辑]

参考文献[编辑]

  1. ^ 1.0 1.1 Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, Kent, WJ. ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update). Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D871–5. doi:10.1093/nar/gkq1017. PMC 3013645. PMID 21037257. 
  2. ^ Maher B. ENCODE: The human encyclopaedia. Nature. 2012, 489 (7414): 46–48. doi:10.1038/489046a. 
  3. ^ ENCODE Project Consortium. Becker PB, 编. A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE). PLoS Biology. 2011, 9 (4): e1001046. doi:10.1371/journal.pbio.1001046. PMC 3079585. PMID 21526222.  编辑
  4. ^ ENCODE Project Consortium, Birney E, Stamatoyannopoulos JA, Dutta A, Guigó R, Gingeras TR, Margulies EH, Weng Z, Snyder M, Dermitzakis ET; 等. Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. Nature. 2007, 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007Natur.447..799B. doi:10.1038/nature05874. PMC 2212820. PMID 17571346.   编辑
  5. ^ Guigó R, Flicek P, Abril JF, Reymond A, Lagarde J, Denoeud F, Antonarakis S, Ashburner M, Bajic VB, Birney E, Castelo R, Eyras E, Ucla C, Gingeras TR, Harrow J, Hubbard T, Lewis SE, Reese MG. EGASP: The human ENCODE Genome Annotation Assessment Project. Genome Biology. 2006, 7: S2. doi:10.1186/gb-2006-7-s1-s2. PMC 1810551. PMID 16925836.  编辑
  6. ^ Genome.gov | ENCODE and modENCODE Projects. The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute. 2011-08-01 [2011-08-05]. 
  7. ^ National Human Genome Research Institute - Organization. The NIH Almanac. United States National Institutes of Health. [2011-08-05]. 
  8. ^ Genome.gov | ENCODE Participants and Projects. The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute. 2011-08-01 [2011-08-05]. 
  9. ^ ENCODE project at UCSC. ENCODE Consortium. [2012-09-05]. 
  10. ^ Walsh, Fergus. Detailed map of genome function. BBC News. 2012-09-05 [2012-09-06]. (原始内容存档于2012-09-06). 

外部链接[编辑]