長井真琴(日語:長井 真琴/ながい まこと Nagai Makoto,1881年7月28日—1970年8月8日),生於日本福井縣丹生郡殿下村(今福井市),日本佛教學者,專長於巴利文佛典。
其父長井真應,為勝鬘寺住持,屬淨土真宗高田派。長井真琴為家中長子,其弟長井津、長井滿。
長井真琴畢業於東京帝國大學(今東京大學),為高楠順次郎門下弟子,是日本最早投入巴利文佛典研究的學者之一。1924年,加入高楠順次郎發起的巴利文佛典註釋書翻譯工作,在這個領域持續工作超過30年。1934年成為東京帝國大學教授。