VMD

**VMD**
	VMD 1.8.3 軟件截圖.
原作者	威廉·漢弗萊，安德魯·達爾克，克勞斯·舒爾頓，約翰·斯通
開發者	UIUC
首次發佈	1995年7月4日，28年前
作業系統	OS X, Unix, Windows
語言	English
類型	分子建模
許可協議	需註冊(Distribution-specific)
網站	www.ks.uiuc.edu/Research/vmd

VMD(英語：Visual molecular dynamics, 可視化分子動力學)是一套分子建模與可視化軟件^[2]，主要用來分析分子動力學模擬的實驗數據。同時，軟件也包含處理長度與提及相關數據的模塊，能可視化與分析軌跡，添加任意圖形，並能導出成其他軟件能利用的格式例如POV-Ray，PRMan，VRML等。用戶能運行Tcl和Python腳本進行批量操作，也可通過Tcl/Tk與其他程序進行交互。VMD能在Unix，MacOS，Microsoft Windows等作業系統下運行^[3]。對於非商業用途，VMD通過特定分發協議發佈，用戶註冊後可免費使用和修改源碼^[4]。

外部連結[編輯]

官方網站
VMD on GPUs （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
Protein workbench STRAP（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）

參考資料[編輯]

^ VMD license. [2017-01-03]. （原始內容存檔於2022-01-21）.
^ Humphrey, William; Dalke, Andrew; Schulten, Klaus. VMD: Visual molecular dynamics. Journal of Molecular Graphics. February 1996, 14 (1): 33–38. PMID 8744570. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5.
^ VMD User's Guide Version 1.9.1 (PDF). Massachusetts Institute of Technology. NIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics. [January 29, 2012]. （原始內容 (PDF)存檔於2016-06-09）.
^ VMD License. Theoretical and Computational Biophysics Group. NIH Center for Macromolecular Modeling & Bioinformatics, University of Illinois at Urbana–Champaign. [4 January 2016]. （原始內容存檔於2022-01-21）.

[1] VMD license. [2017-01-03]. （原始內容存檔於2022-01-21）.

[Humphrey-2] Humphrey, William; Dalke, Andrew; Schulten, Klaus. VMD: Visual molecular dynamics. Journal of Molecular Graphics. February 1996, 14 (1): 33–38. PMID 8744570. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5.

[UserGuide-3] VMD User's Guide Version 1.9.1 (PDF). Massachusetts Institute of Technology. NIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics. [January 29, 2012]. （原始內容 (PDF)存檔於2016-06-09）.

[License-4] VMD License. Theoretical and Computational Biophysics Group. NIH Center for Macromolecular Modeling & Bioinformatics, University of Illinois at Urbana–Champaign. [4 January 2016]. （原始內容存檔於2022-01-21）.

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