對人權觀察組織的批評

人權觀察自稱是獨立的非政府組織，從全球的基金會及個人募集運作資金。但其調查的公正性和受意識形態影響受到大量的批評，這些批評來自於利益相關的政府、非政府組織監察員、媒體；甚至人權組織創始人兼前主席羅伯特·L·伯恩斯坦都因質疑其公正性而分道揚鑣，直到其生病去世前關係才略有好轉。

對人權觀察的批評集中在調查報告缺乏公正性，包括非常程度上受到美國政府政策的影響，尤其是在南斯拉夫、拉丁美洲國家的問題上代表美國政府的利益，在對非洲一些國家例如埃塞俄比亞、厄立特里亞的調查報告有明顯的誤導和有失偏頗。而在阿拉伯世界與以色列衝突的問題上，往往持反以色列的立場。

意識形態與選擇性報道

人權觀察被批評善於收集對自身立場有利的證據，例如總是採信平民與目擊者的證詞，對有官方背景人員的講話卻總是持懷疑的態度。其創始人兼前主席羅伯特·伯恩斯坦在卸任後對人權觀察的公正性日趨不滿，他批評人權觀察組織「糟糕的調查報告」過多地建立在「無從查證的目擊者口述的證據」上，而這些證人做出證詞時，本身就有政治動機抑或擔心受到報復。2009年，羅伯特就直言人權觀察在中東問題上失去公允，「對中東集權國家的人權問題視而不見，卻反覆譴責以色列違反國際法的問題」。對此人權觀察的回應是，其並未緊盯以色列，而忽視該地區乃至世界其他國家的問題。倫敦分部的負責人湯姆·波特斯則表示組織對於任何國家都包有同樣的立場。

根據泰晤士報報道，人權觀察要求別人做到透明，忍讓與負責，對自身卻做不到這一點。泰晤士報指責人權觀察的報道有失比例原則，對有些地區的人權問題視而不見，而專注於報道部分地區的人權問題。例如克什米爾地區長期的戰爭已造成約80,000人喪生，而在20年間，人權觀察只對這個議題寫了4篇報道。另外，對於伊朗綠色革命則根本沒有報道。雖然不久之後，泰晤士報更正了這一指控，人權觀察的報道中，關於克什米爾衝突的為9篇關於伊朗綠色革命的為1篇。泰晤士報進一步引用人權觀察評論員的原話，人權觀察組織在乎以色列人虐待巴勒斯坦人，但反之如果加害者是阿拉伯人，則不那麼積極。例如在2007年黎巴嫩武裝衝突的議題上，人權觀察只發了一篇新聞短訊，卻沒有正稿報道。但隨後又更正，表示人權觀察發了三篇新聞短訊和一篇正稿。

與美國政府的關係

2014年，一份公開信揭露了人權觀察組織與美國政府之間緊密的聯繫。簽署這份公開信的包括諾貝爾和平獎獲得者：阿根廷和平主義者阿道弗·埃斯基維爾、北愛爾蘭社會活動家梅里德·麥奎爾，以及前聯合國助理秘書長漢斯·克里斯托夫·馮·斯波內克與聯合國特別報告員理查德·A·福爾克等100多位學者。

報告揭露，雖然人權觀察自詡非政府組織，但大量管理人權觀察內部事務的高官居然由美國政府負責外交政策的官員擔任。例如美國國務院助理國務卿湯姆•馬利諾夫斯基；美國第64任國務卿馬德琳·奧爾布賴特的私人撰稿秘書、前總統比爾·克林頓時期的白宮特別顧問、參議員約翰·克里的人權和勞工事務局助理、前美國駐哥倫比亞外交官邁爾斯·弗雷謝特；以及美國國家民主基金會拉丁美洲事務主管米高·希弗等。

這封公開信中，對比了人權觀察對待委內瑞拉和美國截然不同的態度。人權觀察指責，委內瑞拉總統烏戈·查韋斯打壓人權、阻撓委內瑞拉加入聯合國人權理事會；但是對於同一時期美國政府對於人權的打壓，人權觀察完全忽視不置一詞，例如針對國家敵人羅列「暗殺名單」（參見UCLASS）、非常規引渡以及關塔那摩灣海軍基地虐囚醜聞等。公開信呼籲，人權觀察應真正做到非政府組織，不要僱傭如此大量的美國外交系統官員，抑或規定官員卸任後不得馬上擔任人權觀察組織的職務。