開放閱讀框
外觀
開放閱讀框(英語:Open reading frame;縮寫:ORF;其他譯名:開放閱讀框架、開放讀架等)是指在給定的閱讀框架中,不包含終止密碼子的一串序列。這段序列是生物個體的基因組中,可能作為蛋白質編碼序列的部分。基因中的ORF包含並位於開始編碼與終止編碼之間。由於一段DNA或RNA序列有多種不同讀取方式,因此可能同時存在許多不同的開放閱讀框架。有一些電腦程式可分析出最有可能編碼蛋白質的序列。
例子
[編輯]一段5'-UCUAAAGGUCCA-3'序列。此序列共有3種讀取法:
- UCU AAA GGU CCA
- CUA AAG GUC
- UAA AGG UCC
由於UAA為終止密碼子,因此第三種讀取法不具編譯出蛋白質的潛力,故只有前兩者為開放閱讀框架。
找ORF的軟體
[編輯]在線尋找ORF的軟體:ORF Finder (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館)
功能
[編輯]ORF Finder 被用來預測已存在的編碼區的小基因序列。也可用於大規模的開放式閱讀框尋找。
參見
[編輯]外部連結
[編輯]- Translation and Open Reading Frames (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) - A Site explaining Open Reading Frames
- NCBI ORF finder (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences.
- ORF finder (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences - hosted at bioinformatics.org
- Sequerome - A Sequence profiling tool that links each BLAST record to the NCBI ORF enabling complete ORF analysis of a BLAST report
- StarORF (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) - 多平台, Java根據,為預言和分析ORFs和得到反向補全序列的GUI工具