亲水指数

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某种氨基酸亲水指数(hydropathy index)是一个描述其支链亲水性疏水性程度大小的值。“亲水指数”于1982年被Jack Kyte与Russell Doolittle提出。[1]亲水指数越大,这种氨基酸的疏水性就越强。

亲水指数是根据蒸汽相转移的ΔtrGmɵ以及在形成蛋白质时氨基酸在表面和内部的分布测算的。疏水性最强的两种氨基酸分别是异亮氨酸(亲水指数为4.5)与缬氨酸(亲水指数为4.2);亲水性最强的两种氨基酸分别是精氨酸(亲水指数为-4.5)和赖氨酸(亲水指数为-3.9)。

20种常见氨基酸的亲水指数(基于Kyte与Doolittle的数据,缩写符号参见氨基酸)
R K N D Q E H P Y W S T G A M C F L V I
-4.5 -3.9 -3.5 -3.5 -3.5 -3.5 -3.2 -1.6 -1.3 -0.9 -0.8 -0.7 -0.4 1.8 1.9 2.5 2.8 3.8 4.2 4.5
Eisenberg consensus scale(ECS)提供的20种常见氨基酸的亲水指数[2]
R K D Q N E H S T P Y C G A M W L V F I
-2.5 -1.5 -0.90 -0.85 -0.78 -0.74 -0.40 -0.18 -0.05 0.12 0.26 0.29 0.48 0.62 0.64 0.81 1.1 1.1 1.2 1.4

用途[编辑]

亲水指数在蛋白质结构的研究中十分重要。具有疏水性的氨基酸在蛋白质的三维结构中更常见于蛋白质的内部,而具有亲水性的氨基酸更常出现在蛋白质的表面。

另一个重要用途是预测膜蛋白细胞膜中的分布。如果发现膜蛋白有连续二十个左右的氨基酸都具有较强的疏水性,那么很有可能这一段氨基酸是膜蛋白横跨细胞膜的部分。

参见[编辑]

  1. ^ Kyte J, Doolittle RF. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J. Mol. Biol. 1982.5, 157 (1): 105–32. doi:10.1016/0022-2836(82)90515-0. PMID 7108955. 
  2. ^ Eisenberg D. Three-dimensional structure of membrane and surface proteins. Ann. Rev. Biochem. 1984.7, 53: 595–623. doi:10.1146/annurev.bi.53.070184.003115. PMID 6383201.