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異構酶(英語:isomerase)是一種催化同分異構體轉換的酶。異構酶因而催化以下的反應:
異構酶是以「(底物)異構酶」這種格式來命名,如脂酰輔酶A脫氫酶。或是以「(底物)(異構酶種類)」來命名,如磷酸葡萄糖變位酶。
異構酶在EC編號中分類為EC5,並再細分為6個子類: