臺灣的現代醫學奠基於日治時期，臺大醫學院前身的台灣總督府醫學校是台灣最早成立的醫學院校。此表列出國立臺灣大學醫學院歷任院長名單。[1][2][3]
| 任
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姓名
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就任
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卸任
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備註
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| 1
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山口秀高
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1897年4月
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1899年4月
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台北病院院長兼醫學講習所管理人
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| 2
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山口秀高
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1899年4月
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1902年3月
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台灣總督府醫學校校長
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| 3
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高木友枝
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1902年3月
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1915年3月
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台灣總督府醫學校校長
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| 4
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堀內次雄
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1915年3月
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1936年3月
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台灣總督府醫學校校長、台灣總督府醫學專門學校校長、台北醫學專門學校校長
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| 5
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三田定則
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1936年3月
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1937年10月
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臺北帝國大學醫學部部長兼附屬醫學專門部主事
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| 6
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永井潛
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1937年10月
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1939年7月
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臺北帝大醫學部部長兼附屬醫學專門部主事
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| 7
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森於菟
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1939年7月
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1941年7月
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臺北帝大醫學部部長兼附屬醫學專門部主事
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| 8
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富田雅次
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1941年7月
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1942年10月
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臺北帝大醫學部部長
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| 9
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小田俊郎
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1942年10月
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1944年10月
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臺北帝大醫學部部長（臺北帝國大學醫學部附屬病院首任院長）[4]
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| 10
|
森於菟
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1944年10月
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1945年12月
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臺北帝大醫學部部長
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| 任
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姓名
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就任
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卸任
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備註
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| 1
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杜聰明
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1945年12月
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1947年3月
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京都帝國大學醫學博士，藥學，曾兼任臺灣大學教務長
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| 2
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嚴智鍾
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1947年4月
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1948年6月
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東京帝國大學醫學士，軍政部軍醫校校長，病理學
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| 3
|
杜聰明
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1948年7月
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1953年7月
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再任
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| 4
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魏火曜
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1953年8月
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1972年7月
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東京帝國大學醫學博士，中央研究院院士，臨床學
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| 5
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李鎮源
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1972年8月
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1978年7月
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臺北帝國大學醫學博士，中央研究院院士，藥理學
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| 6
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彭明聰
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1978年8月
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1983年7月
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臺北帝國大學醫學博士，中央研究院院士，生殖學
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| 7
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楊思標
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1983年8月
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1985年7月
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新潟大學醫學博士，胸腔內科
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| 8
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楊照雄
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1985年8月
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1987年7月
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松本醫科大學醫學博士，癌症研究
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| 9
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黃伯超
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1987年7月
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1991年8月
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東京慈惠會醫科大學博士，營養學
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| 10
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陳維昭
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1991年8月
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1993年7月
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日本東北大學醫學博士，公共衛生學，曾任國立臺灣大學校長
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| 11
|
謝貴雄
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1993年11月
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1994年7月
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國立臺灣大學醫學院醫科學士，原國科會生物處處長
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| 12
|
謝博生
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1995年8月
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2001年7月
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東京醫科大學醫學博士，內科
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| 13
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陳定信
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2001年8月
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2007年7月
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國立臺灣大學醫學院醫科學士，中央研究院院士、美國國家科學院院士
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| 14
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楊泮池
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2007年8月
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2013年7月
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國立臺灣大學臨床醫學研究所博士，中央研究院院士，前任國立臺灣大學校長
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| 15
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張上淳
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2013年8月
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2019年7月
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國立臺灣大學臨床醫學研究所博士，台灣傳染病學會會長
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| 16
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倪衍玄
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2019年8月
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現任
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國立臺灣大學臨床醫學研究所博士，台大醫院肝炎研究中心主任，台灣靜脈暨營養醫學會理事長
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