台湾的现代医学奠基于日治时期，台大医学院前身的台湾总督府医学校是台湾最早成立的医学院校。此表列出国立台湾大学医学院历任院长名单。[1][2][3]
| 任
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姓名
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就任
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卸任
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备注
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| 1
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山口秀高
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1897年4月
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1899年4月
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台北病院院长兼医学讲习所管理人
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| 2
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山口秀高
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1899年4月
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1902年3月
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台湾总督府医学校校长
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| 3
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高木友枝
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1902年3月
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1915年3月
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台湾总督府医学校校长
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| 4
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堀内次雄
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1915年3月
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1936年3月
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台湾总督府医学校校长、台湾总督府医学专门学校校长、台北医学专门学校校长
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| 5
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三田定则
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1936年3月
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1937年10月
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台北帝国大学医学部部长兼附属医学专门部主事
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| 6
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永井潜
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1937年10月
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1939年7月
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台北帝大医学部部长兼附属医学专门部主事
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| 7
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森於菟
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1939年7月
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1941年7月
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台北帝大医学部部长兼附属医学专门部主事
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| 8
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富田雅次
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1941年7月
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1942年10月
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台北帝大医学部部长
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| 9
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小田俊郎
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1942年10月
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1944年10月
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台北帝大医学部部长（台北帝国大学医学部附属病院首任院长）[4]
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| 10
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森於菟
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1944年10月
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1945年12月
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台北帝大医学部部长
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| 任
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姓名
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就任
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卸任
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备注
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| 1
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杜聪明
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1945年12月
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1947年3月
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京都帝国大学医学博士，药学，曾兼任台湾大学教务长
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| 2
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严智锺
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1947年4月
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1948年6月
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东京帝国大学医学士，军政部军医校校长，病理学
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| 3
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杜聪明
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1948年7月
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1953年7月
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再任
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| 4
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魏火曜
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1953年8月
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1972年7月
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东京帝国大学医学博士，中央研究院院士，临床学
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| 5
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李镇源
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1972年8月
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1978年7月
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台北帝国大学医学博士，中央研究院院士，药理学
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| 6
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彭明聪
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1978年8月
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1983年7月
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台北帝国大学医学博士，中央研究院院士，生殖学
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| 7
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杨思标
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1983年8月
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1985年7月
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新潟大学医学博士，胸腔内科
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| 8
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杨照雄
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1985年8月
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1987年7月
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松本医科大学医学博士，癌症研究
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| 9
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黄伯超
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1987年7月
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1991年8月
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东京慈惠会医科大学博士，营养学
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| 10
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陈维昭
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1991年8月
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1993年7月
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日本东北大学医学博士，公共卫生学，曾任国立台湾大学校长
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| 11
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谢贵雄
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1993年11月
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1994年7月
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国立台湾大学医学院医科学士，原国科会生物处处长
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| 12
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谢博生
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1995年8月
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2001年7月
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东京医科大学医学博士，内科
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| 13
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陈定信
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2001年8月
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2007年7月
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国立台湾大学医学院医科学士，中央研究院院士、美国国家科学院院士
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| 14
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杨泮池
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2007年8月
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2013年7月
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国立台湾大学临床医学研究所博士，中央研究院院士，前任国立台湾大学校长
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| 15
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张上淳
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2013年8月
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2019年7月
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国立台湾大学临床医学研究所博士，台湾传染病学会会长
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| 16
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倪衍玄
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2019年8月
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现任
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国立台湾大学临床医学研究所博士，台大医院肝炎研究中心主任，台湾静脉暨营养医学会理事长
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