鎮巢軍,中国宋朝时设置的的行政区——军。
宋理宗景定三年(1263年),在巢县设立鎮巢軍,治所在巢县(今安徽省巢湖市)。宋恭帝德祐二年(1276年),江北淮西地全为元朝所有,鎮巢軍孤立南宋北疆。统制洪福战死,鎮巢軍失守。元朝废除鎮巢軍。