KEGG

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KEGG
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KEGG(英语:Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes京都基因与基因组百科全书,日语:京都遺伝子ゲノム百科事典)是一套日本于1995年制定的人类基因组计划,此为关于基因组酶促途径以及生物化学物质在线数据库。其途径数据库PATHWAY之中记录的是细胞之中的分子相互作用网络以及具体生物所特有的变化形式。 但是它有一个缺点‘无法由网页界面作进一步的计算,例如建立复杂的调控网,或是找出反应之间可能的交互作用’。

介绍[编辑]

KEGG数据库项目由京都大学化学研究所教授金久实在1995年于日本人类基因组计划首次提出。[1][2] 鉴于电算资源可用以辅助基因组序列数据的生物学诠释,金久实开始研发KEGG PATHWAY数据库。KEGG PATHWAY数据库由一系列经人手绘制而成KEGG代谢路径图的构成,以代表关于代谢以及其他细胞生物机能的实验成果。每一张路径图俱包括了一个分子互动与反应的网络图,为连系基因组内之基因及路径所示过程生成的基因产物(以蛋白质为主)而设。此数据库衍生了KEGG路径作图的分析步骤,将基因组内的基因内容与KEGG PATHWAY数据库比对,以调查可能在基因组中有相关纪录的路径及其相关功能。

开发者表示,KEGG是生物系统的“电脑表达形式”(computer representation)。[3]KEGG将生物系统的零件与线路综合为一,具体而言,其所整合的是基因与蛋白质的遗传部件、小分子及化学反应的化学部件、以及分子互动与反应网络的线路图。此概念于KEGG的数据库之下,系统、基因组学、化学、健康资讯的分类下得以实现。[4]

  • 系统信息
    • PATHWAY — 细胞与生物机能的路径
    • MODULE — 基因模组与功能单位
    • BRITE — 生物实体的阶层分类
  • 基因组信息
    • GENOME — 基因组全体
    • GENES — 基因组全域的基因与蛋白列表
    • ORTHOLOGY — 基因组全域的基因直系同源组别
  • 化学信息
  • 健康信息

参考资料[编辑]

  1. ^ Kanehisa M, Goto S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 2000, 28 (1): 27–30. PMC 102409可免费查阅. PMID 10592173. doi:10.1093/nar/28.1.27. 
  2. ^ Kanehisa M. A database for post-genome analysis. Trends Genet. 1997, 13 (9): 375–6. PMID 9287494. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7. 
  3. ^ Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (Database issue): D354–7. PMC 1347464可免费查阅. PMID 16381885. doi:10.1093/nar/gkj102. 
  4. ^ Kanehisa M, Goto S, Sato Y, Kawashima M, Furumichi M, Tanabe M. Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG. Nucleic Acids Res. 2014, 42 (Database issue): D199–205. PMC 3965122可免费查阅. PMID 24214961. doi:10.1093/nar/gkt1076. 

外部链接[编辑]