KEGG
| 內容 | |
|---|---|
| 說明（描述） | 用於解密基因組的生物資訊學資源 |
| 有機體（生物） | 全部 |
| 相關資訊 | |
| 研究中心 | 京都大學 |
| 實驗室 | 金久實驗室 |
| 主要參考文獻（引用） | PMID 10592173 |
| 發布日期 | 1995年 |
| 訪問 | |
| 網站 | www |
| 網絡服務網址 | 表現層狀態轉換參見KEGG應用程式接口 |
| 工具 | |
| 網絡 | KEGG映射工具 |
京都基因與基因組百科全書（英語：Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，縮寫：KEGG；日語：京都遺伝子ゲノム百科事典）是一套日本於1995年制定的人類基因組計劃，此為關於基因、基因組、蛋白質、酶促反應以及生物化學物質的網絡數據庫。其途徑數據庫PATHWAY之中記錄的是細胞之中的分子相互作用、代謝途徑以及具體生物所特有的變化形式。 但是它有一個缺點『無法由網頁介面作進一步的計算，例如建立複雜的調控網，或是找出反應之間可能的交互作用』。
介紹
[編輯]KEGG數據庫項目由京都大學化學研究所教授金久實在1995年於日本人類基因組計劃首次提出。[1][2] 鑒於電算資源可用以輔助基因組序列數據的生物學詮釋，金久實開始研發KEGG PATHWAY數據庫。KEGG PATHWAY數據庫由一系列經人手繪製而成KEGG代謝路徑圖的構成，以代表關於代謝以及其他細胞與生物機能的實驗成果。每一張路徑圖俱包括了一個分子互動與反應的網絡圖，為連繫基因組內之基因及路徑所示過程生成的基因產物（以蛋白質為主）而設。此數據庫衍生了KEGG路徑作圖的分析步驟，將基因組內的基因內容與KEGG PATHWAY數據庫比對，以調查可能在基因組中有相關紀錄的路徑及其相關功能。
開發者表示，KEGG是生物系統的「電腦表達形式」（computer representation）。[3]KEGG將生物系統的零件與線路綜合為一，具體而言，其所整合的是基因與蛋白質的遺傳部件、小分子及化學反應的化學部件、以及分子互動與反應網絡的線路圖。此概念於KEGG的數據庫之下，系統、基因組學、化學、健康資訊的分類下得以實現。[4]
- 系統資訊
- PATHWAY — 細胞與生物機能的路徑圖
- MODULE — 基因模組與功能單位
- BRITE — 生物實體的階層分類
- 基因組資訊
- 化學資訊
- 健康資訊
參考資料
[編輯]- ^ Kanehisa M, Goto S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 2000, 28 (1): 27–30. PMC 102409
. PMID 10592173. doi:10.1093/nar/28.1.27.
- ^ Kanehisa M. A database for post-genome analysis. Trends Genet. 1997, 13 (9): 375–6. PMID 9287494. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7.
- ^ Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (Database issue): D354–7. PMC 1347464 . PMID 16381885. doi:10.1093/nar/gkj102.
- ^ Kanehisa M, Goto S, Sato Y, Kawashima M, Furumichi M, Tanabe M. Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG. Nucleic Acids Res. 2014, 42 (Database issue): D199–205. PMC 3965122 . PMID 24214961. doi:10.1093/nar/gkt1076.
外部連結
[編輯]
維基數據上的相關屬性：
| 數據庫 | |
|---|---|
| 軟件 | |
| 其它 | |
| 機構 |
|
| 文件格式 | |
| 有關議題 | |
