KEGG
| 内容 | |
|---|---|
| 说明（描述） | 用于解密基因组的生物信息学资源 |
| 有机体（生物） | 全部 |
| 相关信息 | |
| 研究中心 | 京都大学 |
| 实验室 | 金久实验室 |
| 主要参考文献（引用） | PMID 10592173 |
| 发布日期 | 1995年 |
| 访问 | |
| 网站 | www |
| 网络服务网址 | 表现层状态转换参见KEGG应用程序接口 |
| 工具 | |
| 网络 | KEGG映射工具 |
京都基因与基因组百科全书（英语：Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，缩写：KEGG；日语：京都遺伝子ゲノム百科事典）是一套日本于1995年制定的人类基因组计划，此为关于基因、基因组、蛋白质、酶促反应以及生物化学物质的网络数据库。其途径数据库PATHWAY之中记录的是细胞之中的分子相互作用、代谢途径以及具体生物所特有的变化形式。 但是它有一个缺点‘无法由网页界面作进一步的计算，例如建立复杂的调控网，或是找出反应之间可能的交互作用’。
介绍
[编辑]KEGG数据库项目由京都大学化学研究所教授金久实在1995年于日本人类基因组计划首次提出。[1][2] 鉴于电算资源可用以辅助基因组序列数据的生物学诠释，金久实开始研发KEGG PATHWAY数据库。KEGG PATHWAY数据库由一系列经人手绘制而成KEGG代谢路径图的构成，以代表关于代谢以及其他细胞与生物机能的实验成果。每一张路径图俱包括了一个分子互动与反应的网络图，为连系基因组内之基因及路径所示过程生成的基因产物（以蛋白质为主）而设。此数据库衍生了KEGG路径作图的分析步骤，将基因组内的基因内容与KEGG PATHWAY数据库比对，以调查可能在基因组中有相关纪录的路径及其相关功能。
开发者表示，KEGG是生物系统的“电脑表达形式”（computer representation）。[3]KEGG将生物系统的零件与线路综合为一，具体而言，其所整合的是基因与蛋白质的遗传部件、小分子及化学反应的化学部件、以及分子互动与反应网络的线路图。此概念于KEGG的数据库之下，系统、基因组学、化学、健康信息的分类下得以实现。[4]
- 系统信息
- PATHWAY — 细胞与生物机能的路径图
- MODULE — 基因模组与功能单位
- BRITE — 生物实体的阶层分类
- 基因组信息
- 化学信息
- 健康信息
参考资料
[编辑]- ^ Kanehisa M, Goto S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 2000, 28 (1): 27–30. PMC 102409
. PMID 10592173. doi:10.1093/nar/28.1.27.
- ^ Kanehisa M. A database for post-genome analysis. Trends Genet. 1997, 13 (9): 375–6. PMID 9287494. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7.
- ^ Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (Database issue): D354–7. PMC 1347464 . PMID 16381885. doi:10.1093/nar/gkj102.
- ^ Kanehisa M, Goto S, Sato Y, Kawashima M, Furumichi M, Tanabe M. Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG. Nucleic Acids Res. 2014, 42 (Database issue): D199–205. PMC 3965122 . PMID 24214961. doi:10.1093/nar/gkt1076.
外部链接
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维基数据上的相关属性：
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