武選清吏司，兵部官署名稱。
明朝洪武二十九年（1396年）改司馬司為武選清吏司。管理武職官員的選授、品級、封贈、襲蔭，考察各地險要建置營汛，管理土司武職官員的承襲、封贈。設郎中一人正五品，員外郎一人從五品，主事二人正六品，南京兵部亦設武選清吏司。清朝順治元年（1644年），沿置武選清吏司，設郎中五人：滿洲三人，蒙古一人，漢族一人；員外郎六人：滿洲四人，漢族二人；主事二人：滿洲一人，漢族一人。下設都統房、升調科、將材科。
