武庫清吏司，兵部官署名稱。
明朝洪武二十九年（1396年）改庫部為武庫清吏司。管理戎器、符勘、尺籍、武學、柴薪、皂隸。設郎中一人正五品，員外郎一人從五品，主事二人正六品，南京兵部亦設。清朝順治元年（1644年），沿置武庫清吏司，設郎中三人：滿洲二人，漢族一人；員外郎二人：滿洲一人，蒙古一人；主事二人：滿洲一人，漢族一人。掌管全國兵籍、軍器，武科舉、編發、戍軍。下設督學科、編軍科、俸糧科。
