终止密码子：修订间差异
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2007年，有研究發現UGA密碼子許多[[硒蛋白]]的信使RNA中有{{link-en|硒半胱氨酸插入序列|SECIS element}}的存在，可以使與該序列相鄰的UGA密碼子編碼[[硒半胱氨酸]]，而不作為終止密碼子<ref>{{cite journal |pages=775–806 |doi=10.1089/ars.2007.1528 |title=From Selenium to Selenoproteins: Synthesis, Identity, and Their Role in Human Health |year=2007 |last1=Papp |first1=Laura Vanda |last2=Lu |first2=Jun |last3=Holmgren |first3=Arne |last4=Khanna |first4=Kum Kum |journal=Antioxidants & Redox Signaling |volume=9 |issue=7 |pmid=17508906}}</ref>，隨後也有研究發現某些情況下，另一終止密碼子UAG也可經由類似機制編碼[[吡咯赖氨酸]]。 |
2007年，有研究發現UGA密碼子許多[[硒蛋白]]的信使RNA中有{{link-en|硒半胱氨酸插入序列|SECIS element}}的存在，可以使與該序列相鄰的UGA密碼子編碼[[硒半胱氨酸]]，而不作為終止密碼子<ref>{{cite journal |pages=775–806 |doi=10.1089/ars.2007.1528 |title=From Selenium to Selenoproteins: Synthesis, Identity, and Their Role in Human Health |year=2007 |last1=Papp |first1=Laura Vanda |last2=Lu |first2=Jun |last3=Holmgren |first3=Arne |last4=Khanna |first4=Kum Kum |journal=Antioxidants & Redox Signaling |volume=9 |issue=7 |pmid=17508906}}</ref>，隨後也有研究發現某些情況下，另一終止密碼子UAG也可經由類似機制編碼[[吡咯赖氨酸]]。 |
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在一個生物的[[基因組]]中，三種終止密碼子的分布不是隨機的，且可能與[[GC含量]]有關<ref>{{Cite journal|title=Stop codons in bacteria are not selectively equivalent|doi=10.1186/1745-6150-7-30|journal=Biology Direct|pmid=22974057|pmc=3549826|year=2012|volume=7|pages=30|vauthors=Povolotskaya IS, Kondrashov FA, Ledda A, Vlasov PK}}</ref><ref>{{cite journal |pages=775–806 |doi=10.1074/jbc.M114.606632 |title=Comprehensive Analysis of Stop Codon Usage in Bacteria and Its Correlation with Release Factor Abundance|year=2014 |last1=Korkmaz|first1=Gürkan |last2=Holm |first2=Mikael |last3=Wiens|first3=Tobias |last4=Sanyal|first4=Suparna |journal=The Journal of Biological Chemistry |volume=289 |issue=44 |pmid=25217634 |pmc=4215218}}</ref> 。例如[[大腸桿菌]]K-12型的基因組共有2705個UAA密碼子（佔63%）、1257個UGA密碼子（佔29%）與326個UAG密碼子（佔8%）<ref>{{cite web |title=Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome [Genbank Accession Number: U00096] |publisher=NCBI |work=GenBank |url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/U00096 |accessdate=2013-01-27}}</ref>，GC含量較高的基因組UAA密碼子的比例可能相對較低，UGA密碼子的比例可能相對較高，而UAG密碼子的比例則不受太大影響。表現較旺盛的基因較常以UAA為終止密碼子，因為此密碼子可被同時為[[釋放因子]]1與釋放因子2識別，確保轉譯的正常終止，而UAG與UGA分別只能被釋放因子1與釋放因子2識別，這兩種密碼子的比例也受細胞中兩種釋放因子的表現量所影響<ref>{{cite journal |pages=775–806 |doi=10.1074/jbc.M114.606632 |title=Comprehensive Analysis of Stop Codon Usage in Bacteria and Its Correlation with Release Factor Abundance|year=2014 |last1=Korkmaz|first1=Gürkan |last2=Holm |first2=Mikael |last3=Wiens|first3=Tobias |last4=Sanyal|first4=Suparna |journal=The Journal of Biological Chemistry |volume=289 |issue=44 |pmid=25217634 |pmc=4215218}}</ref><ref>{{cite journal |pages=6718–6725 |doi=10.1128/JB.00682-08 |title= Role of Premature Stop Codons in Bacterial Evolution |year=2008 |last1=Wong|first1=Tit-Yee |last2= Fernandes |first2=Sanjit |last3=Sankhon|first3=Naby |last4=Leong|first4=Patrick P | last5=Kuo|first5=Jimmy |last6=Liu|first6=Jong-Kang |journal=Journal of Bacteriology |volume=190 |issue=20 |pmid=18708500 |pmc=2566208}}</ref>。 |
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在一個生物的[[基因組]]中，三種終止密碼子的分布不是隨機的，且可能與[[GC含量]]有關。例如[[大腸桿菌]]K-12型的基因組共有2705個UAA密碼子（佔63%）、1257個UGA密碼子（佔29%）與326個UAG密碼子（佔8%） |
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== 琥珀、赭石和蛋白石的命名 == |
== 琥珀、赭石和蛋白石的命名 == |
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2018年8月21日 (二) 00:50的版本
在遗传密码中，终止密码子是信使RNA上的一个核苷酸三联体序列，代表翻译的终止[1]。蛋白质是由特定氨基酸生成的多肽序列折叠而成。信使RNA中的大部分密码子负责用来添加一个额外的氨基酸到成长中的多肽链上，而终止密码子則通过绑定释放因子，给这个过程发出终止的信号，最终使核糖體的大小亚基解离、轉譯終止，並將合成的多肽链释出。
介绍
在通用密码子表中，有三种终止密码子
- 在RNA中：
- UAG：“琥珀密码子”
- UAA：“赭石密码子”
- UGA：“蛋白石密码子”
- 在DNA中：
- TAG：“琥珀密码子”
- TAA：“赭石密码子”
- TGA：“蛋白石密码子”
2007年，有研究發現UGA密碼子許多硒蛋白的信使RNA中有硒半胱氨酸插入序列的存在，可以使與該序列相鄰的UGA密碼子編碼硒半胱氨酸，而不作為終止密碼子[2]，隨後也有研究發現某些情況下，另一終止密碼子UAG也可經由類似機制編碼吡咯赖氨酸。
在一個生物的基因組中，三種終止密碼子的分布不是隨機的，且可能與GC含量有關[3][4] 。例如大腸桿菌K-12型的基因組共有2705個UAA密碼子（佔63%）、1257個UGA密碼子（佔29%）與326個UAG密碼子（佔8%）[5]，GC含量較高的基因組UAA密碼子的比例可能相對較低，UGA密碼子的比例可能相對較高，而UAG密碼子的比例則不受太大影響。表現較旺盛的基因較常以UAA為終止密碼子，因為此密碼子可被同時為釋放因子1與釋放因子2識別，確保轉譯的正常終止，而UAG與UGA分別只能被釋放因子1與釋放因子2識別，這兩種密碼子的比例也受細胞中兩種釋放因子的表現量所影響[6][7]。
琥珀、赭石和蛋白石的命名
隐藏终止
隐藏终止是指在翻译过程中发生了 +1 或 -1的翻译转移致使原本没有终止密码子的序列被读出了终止密码子。
另见
参考文献
- ^ Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, Lewontin RC, and Gelbart WM. Chapter 10 (Molecular Biology of Gene Function): Genetic code: Stop codons. An Introduction to Genetic Analysis. W.H. Freeman and Company. 2000.
- ^ Papp, Laura Vanda; Lu, Jun; Holmgren, Arne; Khanna, Kum Kum. From Selenium to Selenoproteins: Synthesis, Identity, and Their Role in Human Health. Antioxidants & Redox Signaling. 2007, 9 (7): 775–806. PMID 17508906. doi:10.1089/ars.2007.1528.
- ^ Povolotskaya IS, Kondrashov FA, Ledda A, Vlasov PK. Stop codons in bacteria are not selectively equivalent. Biology Direct. 2012, 7: 30. PMC 3549826
. PMID 22974057. doi:10.1186/1745-6150-7-30.
- ^ Korkmaz, Gürkan; Holm, Mikael; Wiens, Tobias; Sanyal, Suparna. Comprehensive Analysis of Stop Codon Usage in Bacteria and Its Correlation with Release Factor Abundance. The Journal of Biological Chemistry. 2014, 289 (44): 775–806. PMC 4215218 . PMID 25217634. doi:10.1074/jbc.M114.606632.
- ^ Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome [Genbank Accession Number: U00096]. GenBank. NCBI. [2013-01-27].
- ^ Korkmaz, Gürkan; Holm, Mikael; Wiens, Tobias; Sanyal, Suparna. Comprehensive Analysis of Stop Codon Usage in Bacteria and Its Correlation with Release Factor Abundance. The Journal of Biological Chemistry. 2014, 289 (44): 775–806. PMC 4215218 . PMID 25217634. doi:10.1074/jbc.M114.606632.
- ^ Wong, Tit-Yee; Fernandes, Sanjit; Sankhon, Naby; Leong, Patrick P; Kuo, Jimmy; Liu, Jong-Kang. Role of Premature Stop Codons in Bacterial Evolution. Journal of Bacteriology. 2008, 190 (20): 6718–6725. PMC 2566208 . PMID 18708500. doi:10.1128/JB.00682-08.
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