負氧離子洞
負氧離子洞（英語：oxyanion hole）指的是酶的活性部分中能夠穩定去質子化的氧或醇鹽上的過渡態負電荷[1]的空穴。通常由共軛的酰胺骨架或帶正電荷的殘基組成。
穩定的過渡態可以降低反應所需的活化能，從而促進催化作用[2]。例如，胰凝乳蛋白酶的蛋白酶含有負氧離子洞，以穩定蛋白質水解過程中形成的四面體中間陰離子，並保護底物中帶負電的氧氣不受水分子的影響[3]。
另外，負氧離子洞也可以促進底物的進入與穩定。如果底物沒有到達反應位點，負氧離子洞就找不到可供穩定化的目標，從而產生空阻直到底物到位（例如血紅蛋白中的BPG）。
催化多步反應的酶可以具有多個負氧離子洞，以穩定反應中的不同過渡態[4]。
參考
[編輯]- ^ L, Stryer; JM, Berg; JL, Tymoczko. Biochemistry 5th. San Francisco: W.H. Freeman. 2002 [2019-04-07]. ISBN 978-0-7167-4955-4. （原始內容存檔於2014-03-11）.
- ^ Simón, Luis; Goodman, Jonathan M. Enzyme Catalysis by Hydrogen Bonds: The Balance between Transition State Binding and Substrate Binding in Oxyanion Holes. doi:10.1021/jo901503d.
- ^ Robert Ménard. Andrew C. Storer. Oxyanion Hole Interactions in Serine and Cysteine Proteases. Biological Chemistry Hoppe-Seyler. 1992, 2: 393–400. doi:10.1515/bchm3.1992.373.2.393.
- ^ Kursula Petri. The Catalytic Cycle of Biosynthetic Thiolase: A Conformational Journey of an Acetyl Group through Four Binding Modes and Two Oxyanion Holes‡ 52 (December 1, 2002). Juha Ojala,Anne-Marie Lambeir,Rik K. Wierenga: 15543–15556. ISSN 0006-2960. doi:10.1021/bi0266232.