深圳市深圳通有限公司成立於2004年12月13日，是深圳市人民政府為了落實推進交通一卡通，遵循「一張卡、一個標準、一個公司運營」的基本原則，並在堅持企業化、市場化的基礎上所組建的。
深圳通有限公司由深圳地鐵集團、深圳巴士集團、運發公司和深業深港集團共同投資組建。經營宗旨是通過投資建設並管理深圳市電子交易收費系統（「深圳通」卡），提高交易效率，方便市民，降低企業運營成本。經營範圍為智能IC卡（包括用於公共大巴、公共小巴、出租小汽車、地鐵、輕軌、輪渡等公共交通智能IC卡）的開發、製作、銷售、應用、充值；電子交易收費系統相關配套設備的技術開發；電子交易收費系統運營技術開發、管理，信息諮詢；廣告業務。
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| | 領導層 |
- 董事長：辛傑（兼黨委書記）
- 總經理：黃力平（兼黨委副書記）
- 監事會主席：沈小輝（兼紀委書記）
- 黨委副書記：黃力平、牟勇
- 副總經理：周志成、劉文、黃一格、雷江松
- 財務總監：栗淼
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| | 公司 | | 子公司 |
- 深圳地鐵建設集團有限公司
- 深圳地鐵運營集團有限公司
- 深圳地鐵置業集團有限公司
- 深圳市地鐵商業管理有限公司
- 深圳地鐵物業管理發展有限公司
- 深圳市市政設計研究院有限公司
- 深圳地鐵工程諮詢有限公司
- 廣東深莞惠城際鐵路運營有限公司
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| | 參/控股公司 | |
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| 深圳地鐵業務
（不包括代管國鐵） | |
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| | 地鐵系統外及國際業務 | |
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| 託管國鐵路線股權
（經由深圳鐵路投資建設集團） | |
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中國廣東省深圳市