異構酶(英语:isomerase)是一種催化同分異構體轉換的酶。異構酶因而催化以下的反應:
異構酶是以「(底物)異構酶」這種格式來命名,如脂酰輔酶A脫氫酶。或是以「(底物)(異構酶種類)」來命名,如磷酸葡萄糖變位酶。
異構酶在EC編號中分類為EC5,並再細分為6個子類:
EC 1.1/2/3/4/5/6/7/8/9/10/11/12/13/14/15/16/17/18/19/20/21/22 · 2.1/2/3/4/5/6/7(2.7.10/11-12)/8/9 · 3.1/2/3/4(3.4.21/22/23/24)/5/6/7/8/9/10/11/12/13 ·