十三衙門,由清朝宦官吳良輔建議設立的機構,於清順治十一年(1654年)設立。
十三衙門乃仿明朝體例內官廿四衙門而設。其下即:司禮監、御用監、御馬監、內官監(宣徽院)、尚衣監、尚膳監、尚寶監(尚寶司)、司設監、尚方監(尚方院)、惜薪司、鐘鼓司(禮儀監、禮儀院)、兵杖局、織染局(經局)。
康熙元年(1661年),吴良辅等被孝莊太皇太后以「內官干政」所誅,裁撤十三衙门,另由上三旗包衣組設內務府,改尚膳監為採捕衙門,改惜薪司為內工部,又改御用監為廣儲司,宣徽院為會稽司,礼仪院为掌仪司,尚方院为慎刑司,采捕衙门为都虞司,内工部为营造司,又自掌仪司分出庆丰司。