毛治國內閣（2014年12月8日－2016年2月1日） |
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| 行政院院長 | 毛治國（2014年12月8日－2016年2月1日） |
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| 行政院副院長 | 張善政（2014年12月8日－2016年2月1日） |
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| 行政院秘書長 | 李四川 （2014年3月3日－2015年1月26日）→ 簡太郎（2015年1月26日－2016年2月1日） |
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| 行政院政務副秘書長 | 蕭家淇 （2014年3月11日－2015年1月26日）→ 徐中雄（2015年1月26日－2016年2月1日） |
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| 行政院常務副秘書長 | 宋餘俠（2014年12月8日－2016年2月1日） |
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| 部、會 |
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| | 林永樂（2012年9月26日－2016年2月1日） |
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| | 嚴明（2013年8月8日－2015年1月30日）→ 高廣圻（2015年1月31日－2016年2月1日） |
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| | 羅瑩雪（2013年9月30日－2016年2月1日） |
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| | 鄧振中（2014年12月8日－2016年2月1日） |
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| | 葉匡時（2013年2月18日－2015年1月13日）→ 陳建宇（2015年1月13日代理，2015年1月24日－2016年2月1日） |
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| | 洪孟啟（2014年12月8日代理，2015年1月24日－2016年2月1日） |
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| | 蔣丙煌（2014年10月18日－2016年2月1日） |
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| | 陳雄文（2014年8月20日－2016年2月1日） |
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| | 林一平（2014年12月8日－2015年1月24日，代理）→ 徐爵民（2015年1月24日－2016年2月1日） |
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| | 蔡玉玲（2013年10月22日－2016年2月1日） |
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| | 曾銘宗（2014年12月8日－2016年2月1日） |
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| | 董翔龍 （2013年8月1日－2016年2月1日） |
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| | 管中閔（2014年1月22日－2015年2月2日）→ 杜紫軍（2015年2月3日－2016年2月1日） |
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| 署、附屬二級機關 |
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| | 王崇儀（2014年12月8日－2016年2月1日） |
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| | 王郁琦（2012年9月28日－2015年2月17日）→ 夏立言（2015年2月17日－2016年2月1日） |
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| | 蔡春鴻（2008年5月20日－2016年2月1日） |
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| | 石素梅（2008年5月20日－2016年2月1日） |
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| | 黃富源（2012年3月26日－2016年2月1日） |
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| | 孫立群 （2014年2月17日－2016年2月1日） |
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| 獨立機關（任期制，不受內閣改組影響） |
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| | 劉義周（2014年8月1日代理，2015年1月－） |
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| 其他內閣機關 |
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| | 彭淮南（1998年2月25日－任期制，不受內閣改組影響） |
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| 兼國家發展委員會主任委員 | 管中閔（2014年1月22日－2015年2月2日） |
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| | 杜紫軍（2014年12月8日－2016年2月1日） |
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| 兼蒙藏委員會委員長 | |
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| 兼行政院公共工程委員會主任委員 | |
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| 不管部會的政務委員 |
- 馮燕（2013年8月1日－）
- 葉欣誠（2014年12月8日－2016年2月1日）
- 顏鴻森（2015年1月24日－2016年2月1日）
- 蕭家淇（2015年2月25日－）
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