系统发生树

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File:生命系统发生树.svg细菌古菌真核生物产水菌属热袍菌属噬胞菌属拟杆菌属浮霉菌属蓝菌门变形菌门螺旋菌革兰氏阳性菌绿丝状菌热网菌属热变形菌属热球菌属甲烷球菌属甲烷杆菌属甲烷八叠球菌属适盐菌属内变形虫属黏液菌动物真菌植物纤毛虫鞭毛虫毛滴虫目微孢子虫门双滴虫目
利用16S 核糖體RNA繪製的系統演化樹,三個最大分支()分別爲細菌域古菌域真核生物域
自动生成的生命树,基于完全测序的基因组。[1][2]

系统发生树英语:phylogenetic tree)又称演化树进化树evolutionary tree),是表明被认为具有共同祖先的各物种演化关系的树状图。是一种亲缘分支分类方法cladogram)。在图中,每个节点代表其各分支的最近共同祖先,而节点间的线段长度对应演化距离(如估计的演化时间)。

树的种类[编辑]

系统发生树

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肌球蛋白的无根树

树可分为有根树无根树两类。有根树是具有方向的,包含唯一的节点,将其作为树中所有物种的最近共同祖先。右图即是一个有根树,表示了三域系统(Woese 1998)。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为外群(英文outgroup),这个外群要足够近,以提供足够的信息,但又不能太近以至于和树中的种类相混。

把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其他信息(外群)或假设(如假设最大枝长为根)时不能确定其树根。无根树是没有方向的,其中线段的两个演化方向都有可能。

树的算法[编辑]

矩阵法[编辑]

近邻结合法 neighbor-joining (NJ)

简约法[编辑]

最大简约法 maximum parsimony (MP)

最大似然法[编辑]

最大似然估计 maximum likelihood (ML)

后验概率法[编辑]

贝叶斯法 Bayesian

相关软件[编辑]

Phylip[编辑]

官方网站:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html (英文)

ARB[编辑]

官方网站:http://www.arb-home.de/ (英文)

MrBayes[编辑]

官方网站:http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php (英文)

BAMBE[编辑]

http://www.mathcs.duq.edu/larget/bambe.html (英文)

软件[编辑]

软件列表

参考文献[编辑]

  1. ^ Letunic, I; Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation.. Bioinformatics (Pubmed). 2007, 23 (1): 127–8. PMID 17050570. doi:10.1093/bioinformatics/btl529. 
  2. ^ Ciccarelli, FD; Doerks, T; Von Mering, C; Creevey, CJ; Snel, B; Bork, P. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science (Pubmed). 2006, 311 (5765): 1283–7. Bibcode:2006Sci...311.1283C. PMID 16513982. doi:10.1126/science.1123061. 

外部链接[编辑]

参见[编辑]

David Hillis英语David Hillis' Hillis Plot (image)