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Rc-o319病毒

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Rc-o319病毒
病毒分类 编辑
(未分级) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
门: 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲: 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 冠状病毒科 Coronaviridae
属: 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus
亚属: SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种:
毒株
Rc-o319病毒 Rc-o319

Rc-o319病毒严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒(SARSr-CoV)的一个病毒株,在日本角菊头蝠中发现,于2020年11月发表,属于SARS-CoV-2演化支,全基因组核酸序列与SARS-CoV-2的相似度为81%,是该演化支中与SARS-CoV-2关系最远的病毒株[1][2]。此病毒是与SARS-CoV-2相关的完整病毒株序列中,首个在中国以外发现者[2],也是首个在中国以外的亚洲国家发现的完整SARSr-CoV病毒株序列[3]

发现

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2013年,研究人员在日本岩手县的一洞穴中捕获四只角菊头蝠,初步分析其粪便样本,发现其中含有乙型冠状病毒属病毒的RNA复制酶序列。2020年,研究人员完整定序了样本中冠状病毒的基因组,即为Rc-o319病毒[1]

病毒学

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Rc-o319病毒在SARSr-CoV中属于SARS-CoV-2演化支,全基因组核酸序列与SARS-CoV-2的相似度约为81%,以全基因组序列、复制酶序列、刺突蛋白序列绘制的系统发生树均显示Rc-o319病毒位于该演化支的基部,是最早分支的病毒株[1][2]

Rc-o319病毒的刺突蛋白中与宿主受体结合的受体结合结构域(receptor binding domain, RBD)有一段长9个氨基酸的缺失,为此病毒所特有,且SARS-CoV-2的RBD中与人类细胞受体血管紧张素转化酶2(ACE2)结合所需的数个重要位点,Rc-o319大都与SARS-CoV-2对应不同氨基酸,显示前者可能难以与人类的ACE2结合而造成感染。假性病毒英语pseudotyping实验(pseudotyping)结果显示Rc-o319病毒只能与角菊头蝠的ACE2结合造成感染,无法结合人类、马铁菊头蝠中华菊头蝠的ACE2,可能尚无法跨越物种障碍而感染其他物种[1]

另外,有别于SARS-CoV与SARS-CoV-2除ACE2外,尚需跨膜丝氨酸蛋白酶2(TMPRSS2)切割病毒的刺突蛋白才能造成感染,Rc-o319病毒的感染则仅需ACE2,不需TMPRSS2[1]

演化树

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SARS-CoV-2与相关病毒株的系统发生树[4][5] :

Rc-o319 与SARS-CoV-2相似度81 % · 角菊头蝠 · 日本岩手县 (2013年采集、2020年发表)[1]

SL-ZXC21 88 % · 小菊头蝠 · 中华人民共和国浙江舟山(2015年采集、2018年发表)[6]

SL-ZC45 88 % · 小菊头蝠 · 中华人民共和国浙江舟山(2017年采集、2018年发表)[6]

Pangolin-CoV-GX 85.5 % · 马来穿山甲 · 东南亚 (2017年采集、2020年发表)[7]

Pangolin-CoV-GD 90.1 % · 马来穿山甲 · 东南亚 (2019年采集、2020年发表)[8]

RshSTT182 92.6 % · 扁颅菊头蝠英语Rhinolophus shameli · 柬埔寨上丁省 (2010年采集、2021年发表)[5]

RshSTT200 92.6 % · 扁颅菊头蝠 · 柬埔寨上丁省 (2010年采集、2021年发表)[5]

RacCS203英语RacCS203 91.5 % · 大角菊头蝠英语Rhinolophus acuminatus · 泰国差春骚府 (2020年采集、2021年发表)[4]

RmYN02 93.3 % · 马来亚菊头蝠 · 中华人民共和国云南勐腊 (2019年采集、2020年发表)[9]

RaTG13 96.2 % · 中菊头蝠 · 中华人民共和国云南墨江 (2013年采集、2020年发表)[10]

BANAL-52 96.8 % · 马来亚菊头蝠 · 老挝永珍省 (2020年采集、2022年发表)[11]

SARS-CoV-2 100 %

SARS-CoV 79%

  蝙蝠病毒
  穿山甲病毒
  人类病毒

参考文献

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  1. ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 Murakami, Shin; Kitamura, Tomoya; Suzuki, Jin; Sato, Ryouta; Aoi, Toshiki; Fujii, Marina; Matsugo, Hiromichi; Kamiki, Haruhiko; Ishida, Hiroho; Takenaka-Uema, Akiko; Shimojima, Masayuki; Horimoto, Taisuke. Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan. Emerging Infectious Diseases. 2020, 26 (12): 3025–3029. ISSN 1080-6040. doi:10.3201/eid2612.203386. 
  2. ^ 2.0 2.1 2.2 Mallapaty, Smriti. Coronaviruses closely related to the pandemic virus discovered in Japan and Cambodia. Nature. 2020, 588 (7836): 15–16. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/d41586-020-03217-0. 
  3. ^ Zhengli Shi. Bi-weekly Commentary Letter. American Society of Microbiology. 2020-12-18 [2021-01-18]. (原始内容存档于2022-05-08). 
  4. ^ 4.0 4.1 Wacharapluesadee S, Tan CW, Maneeorn P, Duengkae P, Zhu F, Joyjinda Y, et al. Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. Nature Communications. February 2021, 12 (1): 972. PMC 7873279可免费查阅. PMID 33563978. doi:10.1038/s41467-021-21240-1可免费查阅. 
  5. ^ 5.0 5.1 5.2 Hul V, Delaune D, Karlsson EA, Hassanin A, Tey PO, Baidaliuk A, et al. A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia. bioRxiv: 2021.01.26.428212. 26 January 2021. doi:10.1101/2021.01.26.428212 (英语). 
  6. ^ 6.0 6.1 Hu, Dan; Zhu, Changqiang; Ai, Lele; He, Ting; Wang, Yi; Ye, Fuqiang; Yang, Lu; Ding, Chenxi; Zhu, Xuhui; Lv, Ruicheng; Zhu, Jin; Hassan, Bachar; Feng, Youjun; Tan, Weilong; Wang, Changjun. Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats. Emerging Microbes & Infections. 2018, 7 (1): 1–10. ISSN 2222-1751. doi:10.1038/s41426-018-0155-5. 
  7. ^ Lam, Tommy Tsan-Yuk; et al. Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature. 2020, 583 (7815): 282–285. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/s41586-020-2169-0. 
  8. ^ Xiao, Kangpeng; Zhai, Junqiong; Feng, Yaoyu; Zhou, Niu; Zhang, Xu; Zou, Jie-Jian; Li, Na; Guo, Yaqiong; Li, Xiaobing; Shen, Xuejuan; Zhang, Zhipeng; Shu, Fanfan; Huang, Wanyi; Li, Yu; Zhang, Ziding; Chen, Rui-Ai; Wu, Ya-Jiang; Peng, Shi-Ming; Huang, Mian; Xie, Wei-Jun; Cai, Qin-Hui; Hou, Fang-Hui; Chen, Wu; Xiao, Lihua; Shen, Yongyi. Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins. Nature. 2020-07-09, 583 (7815): 286–289. doi:10.1038/s41586-020-2313-x. 
  9. ^ Zhou, Hong; Chen, Xing; Hu, Tao; Li, Juan; Song, Hao; Liu, Yanran; Wang, Peihan; Liu, Di; Yang, Jing; Holmes, Edward C.; Hughes, Alice C.; Bi, Yuhai; Shi, Weifeng. A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. Current Biology. 2020, 30 (11): 2196–2203.e3. ISSN 0960-9822. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023. 
  10. ^ Zhou, Peng; Yang, Xing-Lou; Wang, Xian-Guang; Hu, Ben; Zhang, Lei; Zhang, Wei; Si, Hao-Rui; Zhu, Yan; et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020, 579 (7798): 270–273. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/s41586-020-2012-7. 
  11. ^ Temmam, Sarah; Vongphayloth, Khamsing; Baquero, Eduard; Munier, Sandie; Bonomi, Massimiliano; Regnault, Béatrice; Douangboubpha, Bounsavane; Karami, Yasaman; Chrétien, Delphine; Sanamxay, Daosavanh; Xayaphet, Vilakhan; Paphaphanh, Phetphoumin; Lacoste, Vincent; Somlor, Somphavanh; Lakeomany, Khaithong; Phommavanh, Nothasin; Pérot, Philippe; Dehan, Océane; Amara, Faustine; Donati, Flora; Bigot, Thomas; Nilges, Michael; Rey, Félix A.; van der Werf, Sylvie; Brey, Paul T.; Eloit, Marc. Bat coronaviruses related to SARS-CoV-2 and infectious for human cells. Nature. 16 February 2022. doi:10.1038/s41586-022-04532-4.