糖組學
糖組學（英語：Glycomics）又稱糖組學，是綜合研究糖組（醣的全部補體，無論是游離存在的還是在生物體的更複雜的分子中存在的），包括遺傳，生理，病理等方面[1][2]。糖組學「是給定細胞類型或生物體的所有聚糖結構的系統研究」，並且是糖生物學的一個子集[3]。Glycomics一詞是從表示糖或甜味的「glyco-」與基因組學（genomics，涉及基因）和蛋白質組學（proteomics，涉及蛋白質）之命名規律而來。此規律也導致了「糖組」一詞的出現，用來表示生物個體內擁有的所有碳水化合物。
挑戰
[編輯]- 醣的複雜性：結構不是線性，而是高度分枝。此外，聚糖可以被修飾（修飾的糖），這增加了它的複雜性。
- 聚糖的複雜生物合成途徑。
- 通常發現聚糖與蛋白質（糖蛋白）結合或與脂質（糖脂）綴合。
- 與基因組不同，聚糖具有很強的動態性。
這一研究領域必須處理在其他應用生物學領域尚未見到的固有的複雜程度。68個構建單元（用於DNA，RNA和蛋白質的分子; 脂類的類別; 糖類的糖鍵類型）為構成細胞整個生命的分子編排提供了結構基礎。DNA和RNA有四個構建塊（核苷或核苷酸）。 基於酮酰基和異戊二烯將脂質分為八類。 蛋白質有20個（氨基酸）。 糖類有32種類型的糖鍵[4]。雖然這些結構單元只能線性地附着於蛋白質和基因，但是它們可以排列成用於糖的分支陣列，進一步提高了複雜程度。
除此之外，所涉及的眾多蛋白質的複雜性不僅僅是碳水化合物的載體，糖蛋白，而是特異性參與與碳水化合物反應的蛋白質：
使用的工具
[編輯]以下是聚糖分析中常用技術的例子[3]
高分辨質譜法（MS）和高效液相色譜法（HPLC）
[編輯]最常用的方法是質譜法（MS）和高效液相色譜法（HPLC），其中聚糖部分從目標物酶的或化學的裂解並進行分析[5]。在糖脂的情況下，它們可以直接分析而不分離脂質成分。
軟件和數據庫
[編輯]有幾種在線軟件和數據庫可供糖組研究使用。 這包括：
參看
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參考資料
[編輯]- ^ Aoki-Kinoshita KF; Lewitter, Fran. Lewitter, Fran , 編. An Introduction to Bioinformatics for Glycomics Research. PLoS Comput. Biol. May 2008, 4 (5): e1000075 [2015-01-27]. PMC 2398734
. PMID 18516240. doi:10.1371/journal.pcbi.1000075. （原始內容存檔於2015-01-11）.
- ^ Srivastava S. Move over proteomics, here comes glycomics. J. Proteome Res. May 2008, 7 (5): 1799. PMID 18509903. doi:10.1021/pr083696k.
- ^ 3.0 3.1 Essentials of Glycobiology 2nd. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2009 [2017-07-13]. ISBN 978-087969770-9. （原始內容存檔於2011-07-08）.
- ^ ucsd news （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） article Do 68 Molecules Hold the Key to Understanding Disease? published September 3, 2008
- ^ Wada Y, Azadi P, Costello CE, et al. Comparison of the methods for profiling glycoprotein glycans—HUPO Human Disease Glycomics/Proteome Initiative multi-institutional study. Glycobiology. April 2007, 17 (4): 411–22. PMID 17223647. doi:10.1093/glycob/cwl086.
外部連結
[編輯]- National Center for Functional Glycomics (NCFG) （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
- Glycomics - Glycan Recognizing Proteins （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
- List of Glycomics web sites （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
- Glycomics Portal at CCRC, Software for glycomics
- Functional Glycomics Gateway （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）, a collaboration between the Consortium for Functional Glycomics and Nature Publishing Group
- glycosciences.de This site provides databases and bioinformatics tools for glycobiology and glycomics.
- GlycomeDB （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）, A carbohydrate structure metadatabase
- EuroCarbDB[永久失效連結]
- GlycoBase （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） A web HPLC/UPLC resource that contains elution positions expressed as glucose unit values.
- ProGlycAn （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） A short introduction to glycan analysis and a nomenclature for N-Glycans
- Emanual Maverakis et. al. Glycans in the immune system and The Altered Glycan Theory of Autoimmunity (PDF).
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