核酸酶（英语：nuclease）是以核酸为底物，催化磷酸二酯键水解的一类酶。
胆碱酯酶（乙酰胆碱酯酶、丁酰胆碱酯酶） · 果胶酯酶 · 6-磷酸葡萄糖酸内酯酶 · 血小板活化因子乙酰水解酶
脂肪酶（胆盐依赖性脂酶、胃脂肪酶/舌脂肪酶、胰脂肪酶、溶酶体酸性脂肪酶、激素敏感性脂肪酶、内皮脂肪酶、肝脂肪酶、脂蛋白脂肪酶、单酰基甘油脂肪酶、二酰基甘油脂肪酶）
碱性磷酸酶（ALPI、ALPL、ALPP） · 酸性磷酸酶（前列腺酸性磷酸酶）/抗酒石酸酸性磷酸酶/紫色酸性磷酸酶 · 核苷酸酶 · 葡萄糖6-磷酸酶 · 果糖1,6-二磷酸酶 · 钙调磷酸酶 · 磷蛋白磷酸酯酶（PP2） · OCRL · 丙酮酸脱氢酶磷酸酶 · 磷酸果糖激酶2 · PTEN · 植酸酶 · 磷酸肌醇磷酸酶（IMPA1）
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