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Rf1病毒

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Rf1病毒
病毒分類 編輯
(未分級) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
門: 小核糖病毒門 Pisuviricota
綱: 小南嵌套病毒綱 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 冠狀病毒科 Coronaviridae
屬: 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亞屬: SARS乙型冠狀病毒亞屬 Sarbecovirus
種:
Rf1病毒 SARSr-CoV
毒株
Rf1病毒 Rf1

蝙蝠冠狀病毒Rf1(Bat SARS CoV Rf1/2004)是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒(SARSr-CoV)的一個病毒株,為SARS-CoV相關病毒,在中國湖北馬鐵菊頭蝠樣本中發現,於2005年發表。

發現

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2004年3月至11月,研究人員在中國廣東天津廣西湖北四省市採集蝙蝠樣本,在湖北宜昌馬鐵菊頭蝠的糞便樣本中發現SARS相關病毒,即Rf1病毒,於2005年和Rp3病毒Rm1病毒一起被發表[1]

基因組

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Rf1病毒的基因組長29709nt[2],序列與SARS-CoV的相似度為87.8%[3],其ORF8和人類以外的大多數SARSr-CoV一樣有一段長29nt的插入序列,為一完整的開放閱讀框,人類的ORF8則因缺少此序列而被分成8a與8b兩個較小的開放閱讀框。Rf1與人類SARS病毒ORF8輔助蛋白大小完全相同(由122個胺基酸組成),兩者胺基酸序列相似度為80%,相較之下Rp3與Rm1和SARS-CoV的ORF8胺基酸序列相似度僅有35%,但在刺突蛋白的S1區域,Rf1與Rp3及Rm1的關係比與SARS-CoV的關係接近,顯示這些病毒曾有基因重組發生[1]。另外Rf1與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域(receptor binding domain, RBD)有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失(但不見於WIV1病毒SHC014病毒[4]

演化樹

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截至2021年1月 (2021-01)SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹

16BO133 與SARS-COV相似度82.8 % · 馬鐵菊頭蝠 · 韓國全羅北道 (2016年採集、2019年發表)[5]

Rf1 87.8 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國湖北宜昌 (2004年採集、2005年發表)[1]

BtCoV HKU3 87.9 % · 中華菊頭蝠 · 香港、中國廣東 (2004年採集、2005年發表、2010年又發表若干新病毒株)[6]

LYRa11 90.9 % · 中菊頭蝠 · 中國雲南保山 (2011年採集、2014年發表)[7]

Rp3 92.6 % · 皮氏菊頭蝠 · 中國廣西南寧 (2004年採集、2005年發表)[1]

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國雲南祿豐 (2013年採集、2015年發表)[4]

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國雲南祿豐 (2013年採集、2015年發表)[4]

SHC014 95.4 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2011年採集、2013年發表)[8]

WIV1 95.6 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2012年採集、2013年發表)[8]

WIV16 96.0 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2013年採集、2016年發表)[3]

果子貍SARS冠狀病毒 99.8 % · 果子狸 · 中國廣東[6]

SARS-CoV 100 %

SARS-CoV-2 79 %

  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人類病毒


參考文獻

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  1. ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 (英語). 
  2. ^ Bat SARS coronavirus Rf1, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. (原始內容存檔於2021-04-13). 
  3. ^ 3.0 3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 編. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638可免費查閱. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 (英語). 
  4. ^ 4.0 4.1 4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 編. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176可免費查閱. PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 (英語). 
  5. ^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380可免費查閱. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w (英語). 
  6. ^ 6.0 6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (編). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英語). 
  7. ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 編. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348可免費查閱. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 (英語). 
  8. ^ 8.0 8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864可免費查閱. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 (英語).