Rf1病毒

Rf1病毒
病毒分類
（未分級）：	病毒 Virus
域：	核糖病毒域 Riboviria
界：	正核糖病毒界 Orthornavirae
門：	小核糖病毒門 Pisuviricota
綱：	小南嵌套病毒綱 Pisoniviricetes
目：	套式病毒目 Nidovirales
科：	冠狀病毒科 Coronaviridae
屬：	乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亞屬：	SARS乙型冠狀病毒亞屬 Sarbecovirus
種：	Rf1病毒 SARSr-CoV
毒株：	Rf1病毒 Rf1

蝙蝠冠狀病毒Rf1（Bat SARS CoV Rf1/2004）是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV）的一個病毒株，為SARS-CoV相關病毒，在中國湖北的馬鐵菊頭蝠樣本中發現，於2005年發表。

發現

2004年3月至11月，研究人員在中國廣東、天津、廣西與湖北四省市採集蝙蝠樣本，在湖北宜昌馬鐵菊頭蝠的糞便樣本中發現SARS相關病毒，即Rf1病毒，於2005年和Rp3病毒與Rm1病毒一起被發表^[1]。

基因組

Rf1病毒的基因組長29709nt^[2]，序列與SARS-CoV的相似度為87.8%^[3]，其ORF8和人類以外的大多數SARSr-CoV一樣有一段長29nt的插入序列，為一完整的開放閱讀框，人類的ORF8則因缺少此序列而被分成8a與8b兩個較小的開放閱讀框。Rf1與人類SARS病毒ORF8輔助蛋白大小完全相同（由122個胺基酸組成），兩者胺基酸序列相似度為80%，相較之下Rp3與Rm1和SARS-CoV的ORF8胺基酸序列相似度僅有35%，但在刺突蛋白的S1區域，Rf1與Rp3及Rm1的關係比與SARS-CoV的關係接近，顯示這些病毒曾有基因重組發生^[1]。另外Rf1與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域（receptor binding domain, RBD）有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失（但不見於WIV1病毒與SHC014病毒）^[4]。

演化樹

截至2021年1月 (2021-01)^[update]，SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹：

16BO133 與SARS-COV相似度82.8 % · 馬鐵菊頭蝠 · 韓國全羅北道（2016年採集、2019年發表）^[5]

	Rf1 87.8 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國湖北宜昌（2004年採集、2005年發表）^[1]

	BtCoV HKU3 87.9 % · 中華菊頭蝠 · 香港、中國廣東（2004年採集、2005年發表、2010年又發表若干新病毒株）^[6]

LYRa11 90.9 % · 中菊頭蝠 · 中國雲南保山（2011年採集、2014年發表）^[7]

Rp3 92.6 % · 皮氏菊頭蝠 · 中國廣西南寧（2004年採集、2005年發表）^[1]

	SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國雲南祿豐（2013年採集、2015年發表）^[4]

	SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國雲南祿豐（2013年採集、2015年發表）^[4]

	SHC014 95.4 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明（2011年採集、2013年發表）^[8]

	WIV1 95.6 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明（2012年採集、2013年發表）^[8]

WIV16 96.0 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明（2013年採集、2016年發表）^[3]

	果子貍SARS冠狀病毒 99.8 % · 果子狸 · 中國廣東^[6]

	SARS-CoV 100 %

SARS-CoV-2 79 %

蝙蝠病毒

果子狸病毒

人類病毒

參考文獻

^ ^1.0 ^1.1 ^1.2 ^1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 （英語）.
^ Bat SARS coronavirus Rf1, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. （原始內容存檔於2021-04-13）.
^ ^3.0 ^3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 編. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638 . PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 （英語）.
^ ^4.0 ^4.1 ^4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 編. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176 . PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 （英語）.
^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380 . PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w （英語）.
^ ^6.0 ^6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (編). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 （英語）.
^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 編. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 （英語）.
^ ^8.0 ^8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 （英語）.

[Li2005-1] 1.0 ^1.1 ^1.2 ^1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 （英語）.

[2] Bat SARS coronavirus Rf1, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. （原始內容存檔於2021-04-13）.

[pmid26719272-3] 3.0 ^3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 編. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638 . PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 （英語）.

[LauFeng2015-4] 4.0 ^4.1 ^4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 編. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176 . PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 （英語）.

[pmid31076983-5] Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380 . PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w （英語）.

[book2015-6] 6.0 ^6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (編). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 （英語）.

[pmid24719429-7] He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 編. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 （英語）.

[2013Nature-8] 8.0 ^8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 （英語）.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]