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16BO133病毒

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16BO133病毒
病毒分类 编辑
(未分级) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
门: 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲: 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 冠状病毒科 Coronaviridae
属: 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus
亚属: SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种:
毒株
16BO133病毒 16BO133

16BO133病毒严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒(SARSr-CoV)的一个病毒株,在韩国马铁菊头蝠中发现,于2019年发表,其基因组被完整定序,是首个被完整定序的韩国SARSr-CoV病毒株,在SARSr-CoV中属于SARS-CoV相关病毒,与其基因组序列相似度为82.8%。

发现

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16BO133病毒于2016年在韩国马铁菊头蝠的口腔样本中被发现,此病毒株的基因组长29075nt。在SARSr-CoV中,16BO133和2016年发表、自中国吉林马铁菊头蝠中发现的JTMC15病毒最为接近,基因组核酸序列相似度为98.3%,与其他SARSr-CoV相较之下,这两个病毒株因为ORF7b末端的框移突变而丧失了ORF8[1][2]。16BO133病毒和SARS-CoV的基因组核酸序列相似度则为82.8%[3]

过去虽有其他SARSr-CoV病毒株在韩国被发现(B15-21病毒等),但皆无完整序列定序[4],16BO133病毒是首个被完整定序的韩国SARSr-CoV病毒株[1]

演化树

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截至2021年1月 (2021-01)SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树

16BO133 与SARS-COV相似度82.8 % · 马铁菊头蝠 · 韩国全罗北道 (2016年采集、2019年发表)[1]

Rf1 87.8 % · 马铁菊头蝠 · 中国湖北宜昌 (2004年采集、2005年发表)[5]

BtCoV HKU3 87.9 % · 中华菊头蝠 · 香港、中国广东 (2004年采集、2005年发表、2010年又发表若干新病毒株)[6]

LYRa11 90.9 % · 中菊头蝠 · 中国云南保山 (2011年采集、2014年发表)[7]

Rp3 92.6 % · 皮氏菊头蝠 · 中国广西南宁 (2004年采集、2005年发表)[5]

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 (2013年采集、2015年发表)[8]

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 (2013年采集、2015年发表)[8]

SHC014 95.4 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 (2011年采集、2013年发表)[9]

WIV1 95.6 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 (2012年采集、2013年发表)[9]

WIV16 96.0 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 (2013年采集、2016年发表)[10]

果子狸SARS冠状病毒 99.8 % · 果子狸 · 中国广东[6]

SARS-CoV 100 %

SARS-CoV-2 79 %

  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人类病毒


参考文献

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  1. ^ 1.0 1.1 1.2 Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380可免费查阅. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w (英语). 
  2. ^ Xu L, Zhang F, Yang W, Jiang T, Lu G, He B; et al. Detection and characterization of diverse alpha- and betacoronaviruses from bats in China.. Virol Sin. 2016, 31 (1): 69–77. PMC 7090707可免费查阅. PMID 26847648. doi:10.1007/s12250-016-3727-3. 
  3. ^ Na EJ, Lee SY, Kim HJ, Oem JK. Comparative genetic analyses of Korean bat coronaviruses with SARS-CoV and the newly emerged SARS-CoV-2.. J Vet Sci. 2021, 22 (1): e12. PMC 7850784可免费查阅. PMID 33522164. doi:10.4142/jvs.2021.22.e12. 
  4. ^ Kim HK, Yoon SW, Kim DJ, Koo BS, Noh JY, Kim JH; et al. Detection of Severe Acute Respiratory Syndrome-Like, Middle East Respiratory Syndrome-Like Bat Coronaviruses and Group H Rotavirus in Faeces of Korean Bats.. Transbound Emerg Dis. 2016, 63 (4): 365–72. PMC 7169817可免费查阅. PMID 27213718. doi:10.1111/tbed.12515. 
  5. ^ 5.0 5.1 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 (英语). 
  6. ^ 6.0 6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英语). 
  7. ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348可免费查阅. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 (英语). 
  8. ^ 8.0 8.1 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176可免费查阅. PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 (英语). 
  9. ^ 9.0 9.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864可免费查阅. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 (英语). 
  10. ^ Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638可免费查阅. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 (英语).