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洪武四年（1371年）正月置大同都卫。治白羊城。洪武八年（1375年）十月更名山西行都指挥使司。二十五年（1392年）八月徙治大同府。二十六年（1393年）二月领二十六卫。後來宣府左、右，万全左、右，怀安五卫，改属万全都指挥使司。之后山西行都指挥使司领十四卫，属于后军都督府。
已下俱山西大同等处卫所调改及添设
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