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蝙蝠冠狀病毒HKU3

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蝙蝠冠狀病毒HKU3
病毒分類 編輯
(未分級) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
門: 小核糖病毒門 Pisuviricota
綱: 小南嵌套病毒綱 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 冠狀病毒科 Coronaviridae
屬: 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亞屬: SARS乙型冠狀病毒亞屬 Sarbecovirus
種:
毒株
蝙蝠冠狀病毒HKU3 HKU3病毒

蝙蝠冠狀病毒HKU3(BtCoV HKU3;Bat-SARS-CoV HKU3)屬嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒(SARSr-CoV),為SARS-CoV相關病毒,在中華菊頭蝠樣本中發現,是第一個在蝙蝠中發現的SARS相關病毒[1]。HKU3包含13個病毒株,其中HKU3-1、HKU3-2與HKU3-3於2005年發表,在香港的中華菊頭蝠中發現;HKU3-4至HKU3-13於2010年發表,在香港與廣東的中華菊頭蝠樣本中發現。

發表與研究

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中華菊頭蝠

2004年至2005年,香港大學的研究人員在香港各地採集動物樣本,發現中華菊頭蝠樣本中含有與SARS-CoV相似的冠狀病毒,經全基因組定序得到HKU3-1、HKU3-2與HKU3-3等三個病毒株[2][3],是首次在蝙蝠樣本中發現SARS相關病毒,此前僅知果子貍鼬獾帶有SARS病毒[1][註 1]。HKU3-1、3-2與3-3的基因組約長29700nt,其序列與SARS-CoV相似度為88%,大部分差異位於刺突蛋白(S)、ORF3ORF8,其中尤以ORF8差異最大,與果子貍SARS病毒一樣比人類SARS病毒多了一段長29nt的插入序列(但此29個核酸與果子狸病毒的不完全相同),形成一完整的長開放閱讀框,而人類SARS病毒的ORF8則是被分成8a與8b等2個較小的開放閱讀框[5]

2010年,又有10個與此三個病毒株相近的新病毒株被發表,即為HKU3-4至HKU3-13,基因組長度介於29677nt至29716nt之間,這些病毒株來自2004年至2008年採集的中華菊頭蝠樣本,其中HKU3-7與HKU3-8來自廣東的個體,其他則來自香港的個體,香港的8個毒株彼此序列非常接近(相似度99.9%),和廣東的毒株相似度則為98.5%,這10個新病毒株與2005年發表的3個病毒株共同組成一個演化支。除HKU3-8外的9個病毒株的ORF8皆與果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2與3-3一樣是一個完整的長開放閱讀框,HKU3-8在此處則有一段長26nt的缺失(在人類SARS病毒29nt缺失的附近),將ORF8分為3個較小的開放閱讀框[6]

HKU3與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域(receptor binding domain, RBD)有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失(但不見於WIV1病毒SHC014病毒[7]

演化樹

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截至2021年1月 (2021-01)SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹

16BO133 與SARS-COV相似度82.8 % · 馬鐵菊頭蝠 · 韓國全羅北道 (2016年採集、2019年發表)[8]

Rf1 87.8 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國湖北宜昌 (2004年採集、2005年發表)[4]

BtCoV HKU3 87.9 % · 中華菊頭蝠 · 香港、中國廣東 (2004年採集、2005年發表、2010年又發表若干新病毒株)[1]

LYRa11 90.9 % · 中菊頭蝠 · 中國雲南保山 (2011年採集、2014年發表)[9]

Rp3 92.6 % · 皮氏菊頭蝠 · 中國廣西南寧 (2004年採集、2005年發表)[4]

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國雲南祿豐 (2013年採集、2015年發表)[7]

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 馬鐵菊頭蝠 · 中國雲南祿豐 (2013年採集、2015年發表)[7]

SHC014 95.4 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2011年採集、2013年發表)[10]

WIV1 95.6 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2012年採集、2013年發表)[10]

WIV16 96.0 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 (2013年採集、2016年發表)[11]

果子貍SARS冠狀病毒 99.8 % · 果子狸 · 中國廣東[1]

SARS-CoV 100 %

SARS-CoV-2 79 %

  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人類病毒


註腳

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  1. ^ 1個月後有另一研究團隊發表在湖北廣西發現Rf1Rm1Rp3等三個蝙蝠SARSr-CoV病毒株[1][4]

參考文獻

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  1. ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (編). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英語). 
  2. ^ Bat SARS coronavirus HKU3. NCBI Taxonomy Browser. 
  3. ^ Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3). Uniprot. [2021-01-24]. (原始內容存檔於2021-04-13). 
  4. ^ 4.0 4.1 4.2 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 (英語). 
  5. ^ Lau, S. K. P.; Woo, P. C. Y.; Li, K. S. M.; Huang, Y.; Tsoi, H.-W.; Wong, B. H. L.; Wong, S. S. Y.; Leung, S.-Y.; Chan, K.-H.; Yuen, K.-Y. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2005, 102 (39): 14040–14045. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.0506735102. 
  6. ^ Lau, Susanna K. P.; Li, Kenneth S. M.; Huang, Yi; Shek, Chung-Tong; Tse, Herman; Wang, Ming; Choi, Garnet K. Y.; Xu, Huifang; Lam, Carol S. F.; Guo, Rongtong; Chan, Kwok-Hung; Zheng, Bo-Jian; Woo, Patrick C. Y.; Yuen, Kwok-Yung. Ecoepidemiology and Complete Genome Comparison of Different Strains of Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Rhinolophus Bat Coronavirus in China Reveal Bats as a Reservoir for Acute, Self-Limiting Infection That Allows Recombination Events. Journal of Virology. 2010, 84 (6): 2808–2819. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.02219-09. 
  7. ^ 7.0 7.1 7.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 編. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176可免費查閱. PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 (英語). 
  8. ^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380可免費查閱. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w (英語). 
  9. ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 編. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348可免費查閱. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 (英語). 
  10. ^ 10.0 10.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864可免費查閱. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 (英語). 
  11. ^ Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 編. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638可免費查閱. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 (英語).