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蝙蝠冠状病毒HKU3

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蝙蝠冠状病毒HKU3
病毒分类 编辑
（未分级）： 病毒 Virus
域： 核糖病毒域 Riboviria
界： 正核糖病毒界 Orthornavirae
门： 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲： 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目： 套式病毒目 Nidovirales
科： 冠状病毒科 Coronaviridae
属： 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus
亚属： SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种：
SARSr-CoV
毒株：
蝙蝠冠状病毒HKU3 HKU3病毒

蝙蝠冠状病毒HKU3（BtCoV HKU3；Bat-SARS-CoV HKU3）属严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒（SARSr-CoV），为SARS-CoV相关病毒，在中华菊头蝠样本中发现，是第一个在蝙蝠中发现的SARS相关病毒[1]。HKU3包含13个病毒株，其中HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3于2005年发表，在香港的中华菊头蝠中发现；HKU3-4至HKU3-13于2010年发表，在香港与广东的中华菊头蝠样本中发现。

发表与研究

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中华菊头蝠

2004年至2005年，香港大学的研究人员在香港各地采集动物样本，发现中华菊头蝠样本中含有与SARS-CoV相似的冠状病毒，经全基因组定序得到HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3等三个病毒株[2][3]，是首次在蝙蝠样本中发现SARS相关病毒，此前仅知果子狸、貉与鼬獾带有SARS病毒[1][注 1]。HKU3-1、3-2与3-3的基因组约长29700nt，其序列与SARS-CoV相似度为88%，大部分差异位于刺突蛋白（S）、ORF3与ORF8，其中尤以ORF8差异最大，与果子狸SARS病毒一样比人类SARS病毒多了一段长29nt的插入序列（但此29个核酸与果子狸病毒的不完全相同），形成一完整的长开放阅读框，而人类SARS病毒的ORF8则是被分成8a与8b等2个较小的开放阅读框[5]。

2010年，又有10个与此三个病毒株相近的新病毒株被发表，即为HKU3-4至HKU3-13，基因组长度介于29677nt至29716nt之间，这些病毒株来自2004年至2008年采集的中华菊头蝠样本，其中HKU3-7与HKU3-8来自广东的个体，其他则来自香港的个体，香港的8个毒株彼此序列非常接近（相似度99.9%），和广东的毒株相似度则为98.5%，这10个新病毒株与2005年发表的3个病毒株共同组成一个演化支。除HKU3-8外的9个病毒株的ORF8皆与果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2与3-3一样是一个完整的长开放阅读框，HKU3-8在此处则有一段长26nt的缺失（在人类SARS病毒29nt缺失的附近），将ORF8分为3个较小的开放阅读框[6]。

HKU3与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失（但不见于WIV1病毒与SHC014病毒）[7]

演化树

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截至2021年1月 (2021-01)，SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树：

 
 

16BO133 与SARS-COV相似度82.8 % · 马铁菊头蝠 · 韩国全罗北道 （2016年采集、2019年发表）[8]

 
 
 
 

Rf1 87.8 % · 马铁菊头蝠 · 中国湖北宜昌 （2004年采集、2005年发表）[4]

 
 

BtCoV HKU3 87.9 % · 中华菊头蝠 · 香港、中国广东 （2004年采集、2005年发表、2010年又发表若干新病毒株）[1]

 
 
 
 

LYRa11 90.9 % · 中菊头蝠 · 中国云南保山 （2011年采集、2014年发表）[9]

 
 
 

Rp3 92.6 % · 皮氏菊头蝠 · 中国广西南宁 （2004年采集、2005年发表）[4]

 
 
 

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 （2013年采集、2015年发表）[7]

 
 

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 （2013年采集、2015年发表）[7]

 
 
 
 
 
 

SHC014 95.4 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 （2011年采集、2013年发表）[10]

 
 

WIV1 95.6 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 （2012年采集、2013年发表）[10]

 
 
 

WIV16 96.0 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 （2013年采集、2016年发表）[11]

 
 
 
 

果子狸SARS冠状病毒 99.8 % · 果子狸 · 中国广东[1]

 
 

SARS-CoV 100 %

 
 
 
 
 
 
 
 

SARS-CoV-2 79 %

 
  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人类病毒


注脚

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  1. ^ 1个月后有另一研究团队发表在湖北与广西发现Rf1、Rm1与Rp3等三个蝙蝠SARSr-CoV病毒株[1][4]。

参考文献

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  1. ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 （英语）. 
  2. ^ Bat SARS coronavirus HKU3. NCBI Taxonomy Browser. 
  3. ^ Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3). Uniprot. [2021-01-24]. （原始内容存档于2021-04-13）. 
  4. ^ 4.0 4.1 4.2 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 （英语）. 
  5. ^ Lau, S. K. P.; Woo, P. C. Y.; Li, K. S. M.; Huang, Y.; Tsoi, H.-W.; Wong, B. H. L.; Wong, S. S. Y.; Leung, S.-Y.; Chan, K.-H.; Yuen, K.-Y. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2005, 102 (39): 14040–14045. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.0506735102. 
  6. ^ Lau, Susanna K. P.; Li, Kenneth S. M.; Huang, Yi; Shek, Chung-Tong; Tse, Herman; Wang, Ming; Choi, Garnet K. Y.; Xu, Huifang; Lam, Carol S. F.; Guo, Rongtong; Chan, Kwok-Hung; Zheng, Bo-Jian; Woo, Patrick C. Y.; Yuen, Kwok-Yung. Ecoepidemiology and Complete Genome Comparison of Different Strains of Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Rhinolophus Bat Coronavirus in China Reveal Bats as a Reservoir for Acute, Self-Limiting Infection That Allows Recombination Events. Journal of Virology. 2010, 84 (6): 2808–2819. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.02219-09. 
  7. ^ 7.0 7.1 7.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176 可免费查阅. PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 （英语）. 
  8. ^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380 可免费查阅. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w （英语）. 
  9. ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 可免费查阅. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 （英语）. 
  10. ^ 10.0 10.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 可免费查阅. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 （英语）. 
  11. ^ Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638 可免费查阅. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 （英语）. 
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