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蝙蝠冠状病毒HKU3

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蝙蝠冠状病毒HKU3
病毒分类 编辑
(未分级) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
门: 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲: 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 冠状病毒科 Coronaviridae
属: 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus
亚属: SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种:
毒株
蝙蝠冠状病毒HKU3 HKU3病毒

蝙蝠冠状病毒HKU3(BtCoV HKU3;Bat-SARS-CoV HKU3)属严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒(SARSr-CoV),为SARS-CoV相关病毒,在中华菊头蝠样本中发现,是第一个在蝙蝠中发现的SARS相关病毒[1]。HKU3包含13个病毒株,其中HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3于2005年发表,在香港的中华菊头蝠中发现;HKU3-4至HKU3-13于2010年发表,在香港与广东的中华菊头蝠样本中发现。

发表与研究

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中华菊头蝠

2004年至2005年,香港大学的研究人员在香港各地采集动物样本,发现中华菊头蝠样本中含有与SARS-CoV相似的冠状病毒,经全基因组定序得到HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3等三个病毒株[2][3],是首次在蝙蝠样本中发现SARS相关病毒,此前仅知果子狸鼬獾带有SARS病毒[1][注 1]。HKU3-1、3-2与3-3的基因组约长29700nt,其序列与SARS-CoV相似度为88%,大部分差异位于刺突蛋白(S)、ORF3ORF8,其中尤以ORF8差异最大,与果子狸SARS病毒一样比人类SARS病毒多了一段长29nt的插入序列(但此29个核酸与果子狸病毒的不完全相同),形成一完整的长开放阅读框,而人类SARS病毒的ORF8则是被分成8a与8b等2个较小的开放阅读框[5]

2010年,又有10个与此三个病毒株相近的新病毒株被发表,即为HKU3-4至HKU3-13,基因组长度介于29677nt至29716nt之间,这些病毒株来自2004年至2008年采集的中华菊头蝠样本,其中HKU3-7与HKU3-8来自广东的个体,其他则来自香港的个体,香港的8个毒株彼此序列非常接近(相似度99.9%),和广东的毒株相似度则为98.5%,这10个新病毒株与2005年发表的3个病毒株共同组成一个演化支。除HKU3-8外的9个病毒株的ORF8皆与果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2与3-3一样是一个完整的长开放阅读框,HKU3-8在此处则有一段长26nt的缺失(在人类SARS病毒29nt缺失的附近),将ORF8分为3个较小的开放阅读框[6]

HKU3与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域(receptor binding domain, RBD)有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失(但不见于WIV1病毒SHC014病毒[7]

演化树

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截至2021年1月 (2021-01)SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树

16BO133 与SARS-COV相似度82.8 % · 马铁菊头蝠 · 韩国全罗北道 (2016年采集、2019年发表)[8]

Rf1 87.8 % · 马铁菊头蝠 · 中国湖北宜昌 (2004年采集、2005年发表)[4]

BtCoV HKU3 87.9 % · 中华菊头蝠 · 香港、中国广东 (2004年采集、2005年发表、2010年又发表若干新病毒株)[1]

LYRa11 90.9 % · 中菊头蝠 · 中国云南保山 (2011年采集、2014年发表)[9]

Rp3 92.6 % · 皮氏菊头蝠 · 中国广西南宁 (2004年采集、2005年发表)[4]

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 (2013年采集、2015年发表)[7]

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 (2013年采集、2015年发表)[7]

SHC014 95.4 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 (2011年采集、2013年发表)[10]

WIV1 95.6 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 (2012年采集、2013年发表)[10]

WIV16 96.0 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 (2013年采集、2016年发表)[11]

果子狸SARS冠状病毒 99.8 % · 果子狸 · 中国广东[1]

SARS-CoV 100 %

SARS-CoV-2 79 %

  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人类病毒


注脚

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  1. ^ 1个月后有另一研究团队发表在湖北广西发现Rf1Rm1Rp3等三个蝙蝠SARSr-CoV病毒株[1][4]

参考文献

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  1. ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英语). 
  2. ^ Bat SARS coronavirus HKU3. NCBI Taxonomy Browser. 
  3. ^ Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3). Uniprot. [2021-01-24]. (原始内容存档于2021-04-13). 
  4. ^ 4.0 4.1 4.2 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 (英语). 
  5. ^ Lau, S. K. P.; Woo, P. C. Y.; Li, K. S. M.; Huang, Y.; Tsoi, H.-W.; Wong, B. H. L.; Wong, S. S. Y.; Leung, S.-Y.; Chan, K.-H.; Yuen, K.-Y. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2005, 102 (39): 14040–14045. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.0506735102. 
  6. ^ Lau, Susanna K. P.; Li, Kenneth S. M.; Huang, Yi; Shek, Chung-Tong; Tse, Herman; Wang, Ming; Choi, Garnet K. Y.; Xu, Huifang; Lam, Carol S. F.; Guo, Rongtong; Chan, Kwok-Hung; Zheng, Bo-Jian; Woo, Patrick C. Y.; Yuen, Kwok-Yung. Ecoepidemiology and Complete Genome Comparison of Different Strains of Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Rhinolophus Bat Coronavirus in China Reveal Bats as a Reservoir for Acute, Self-Limiting Infection That Allows Recombination Events. Journal of Virology. 2010, 84 (6): 2808–2819. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.02219-09. 
  7. ^ 7.0 7.1 7.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176可免费查阅. PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 (英语). 
  8. ^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380可免费查阅. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w (英语). 
  9. ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348可免费查阅. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 (英语). 
  10. ^ 10.0 10.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864可免费查阅. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 (英语). 
  11. ^ Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638可免费查阅. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 (英语).