本页使用了标题或全文手工转换

FASTQ格式

维基百科,自由的百科全书
跳到导航 跳到搜索

FASTQ格式是一种保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式。序列与质量得分皆由单个ASCII字符表示。

该格式最初由维尔康姆基金会桑格研究所英语Wellcome Trust Sanger Institute开发,旨在将FASTA格式序列及其质量数据整合在一起。而目前,FASTQ格式已经成为了保存高通量测序结果的事实标准。[1]

格式[编辑]

FASTQ文件中,一个序列通常由四行组成:

  • 第一行以@开头,之后为序列的标识符以及描述信息(与FASTA格式的描述行类似)
  • 第二行为序列信息
  • 第三行以+开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息(可选)
  • 第四行为质量得分信息,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同

以下为一个包含单个序列的FASTQ文件示例:

@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65

其中!为最低质量、~则为最高质量。以下字符从左到右代表从低到高的质量得分的:

 !"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~

字符与对应的ASCII码如下:

十进制 图形
33 !
34 "
35 #
36 $
37 %
38 &
39 '
40 (
41 )
42 *
43 +
44 ,
45 -
46 .
47 /
48 0
十进制 图形
49 1
50 2
51 3
52 4
53 5
54 6
55 7
56 8
57 9
58 :
59 ;
60 <
61 =
62 >
63 ?
64 @
十进制 图形
65 A
66 B
67 C
68 D
69 E
70 F
71 G
72 H
73 I
74 J
75 K
76 L
77 M
78 N
79 O
80 P
十进制 图形
81 Q
82 R
83 S
84 T
85 U
86 V
87 W
88 X
89 Y
90 Z
91 [
92 \
93 ]
94 ^
95 _
96 `
十进制 图形
97 a
98 b
99 c
100 d
101 e
102 f
103 g
104 h
105 i
106 j
107 k
108 l
109 m
110 n
111 o
112 p
十进制 图形
113 q
114 r
115 s
116 t
117 u
118 v
119 w
120 x
121 y
122 z
123 {
124 |
125 }
126 ~


最初桑格研究所的FASTQ格式允许序列与质量信息分成多行保存。但一般不推荐采用这种方式,因为第一、第三行开头的@与+符号同样也可能出现在质量信息中,可能会造成信息提取的困难。

参见[编辑]

参考文献[编辑]

  1. ^ Cock, P. J. A.; Fields, C. J.; Goto, N.; Heuer, M. L.; Rice, P. M. The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Research. 2009, 38 (6): 1767–1771. PMC 2847217. PMID 20015970. doi:10.1093/nar/gkp1137.