巴丘郡，中國古代的郡。
三國東吳末帝孫皓元興元年（264年），分豫章郡、廬陵郡新置巴丘郡，下轄新淦縣（今江西省樟樹市）、石陽縣（今江西省吉水縣）。新淦縣為郡治，原屬豫章郡；石陽縣原屬廬陵郡。旋即撤銷巴丘郡，領縣回歸原郡。
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