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查论编赤字83線
北海道	相生線 - 岩內線 - 江差線（一部） - 興濱南線 - 興濱北線 - 根北線 - 札沼線（一部） - 標津線 - 渚滑線 - 白糠線 - 深名線 - 瀨棚線 - 富內線 - 美幸線 - 湧網線
東北	會津線（一部）^{^[1]} - 阿仁合線 - 大畑線 - 大湊線 - 小本線 - 川俁線 - 氣仙沼線 - 黑石線 - 長井線 - 日中線 - 八戶線（一部） - 矢島線
關東・甲信越	赤谷線 - 魚沼線 - 烏山線 - 木原線 - 只見線 - 真岡線 - 弥彦線（一部）
北陸・東海	明知線 - 越美南線 - 越美北線 - 参宮線（一部） - 能登線 - *三國線 - 名松線
近畿	鍛冶屋線 - *篠山線 - 信樂線 - 北條線 - 三木線
中國・四國	宇品線 - 内子線 - 宇和島線 - 鍛冶屋原線 - 可部線（一部） - 岩日線 - 倉吉線 - 小松島線 - 三江北線 - 三江南線 - 大社線 - 中村線 - 鳴門線 - 牟岐線（一部） - 若櫻線
九州	指宿枕崎線（一部） - 臼之浦線 - 香椎線（一部） - 香月線 - 勝田線 - 唐津線（岸嶽支線） - 幸袋線 - 佐賀線 - 世知原線 - 添田線 - 高森線 - 妻線 - 日南線 - 日之影線 - 古江線 - *細島線^{^[2]} - 宮之城線 - 宮原線 - 室木線 - 矢部線 - 山野線 - 湯前線
路線名稱是被劃為指定路線時的名稱。已停用的路線旁有「*」號。 ^ 包含現在之只見線的一部。 ^ 旅客服務停止、路線變成日豐本線的貨物支線。