真核生物：修订间差异
删除的内容 添加的内容
→真核生物的分类： 内容扩充 |
→当前争议： 内容扩充 |
||
| 第75行： | 第75行： | ||
===当前争议=== |
===当前争议=== |
||
一些研究拆分了囊泡藻界，并将其一部分与有孔虫界合并为SAR超类群，另一部分视为原始色素体生物的近缘类群 ，比如Burki等<ref name="Burki2007">{{cite journal|url=http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0000790|title=Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups|author=Fabien Burki, Kamran Shalchian-Tabrizi, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski|journal=PLoS ONE|volume=2|issue=8|doi=10.1371/journal.pone.0000790|pmc=1949142|pmid=17726520|year=2007|pages=e790|editor1-last=Butler|editor1-first=Geraldine|bibcode = 2007PLoSO...2..790B }}</ref>在2007提出的系统树 |
|||
{{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|label1=真核生物 |
|||
|1={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1=[[SAR超类群|SAR]] = [[不等鞭毛类]] + [[囊泡虫类]] + [[有孔虫界]] |
|||
}} |
|||
|2={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1=[[原始色素体生物]] |
|||
|2=Hacrobia = [[定鞭藻門]] + [[隱藻門]] |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
|2={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1=[[变形虫界]] |
|||
|2=[[后鞭毛生物]] |
|||
}} |
|||
}} |
|||
|3=[[古虫界]] |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
另一些研究则认为Hacrobia和古虫界的一部分应该属于原始色素体生物，和SAR超类群组成[[双鞭毛生物]]，变形虫和后鞭毛生物组成[[单鞭毛生物]]<ref name=KimGraham2008>{{Cite journal |last=Kim |first=E. |last2=Graham|first2=L.E. |last3=Graham |first3=Linda E. |title=EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata |journal=PLoS ONE |volume=3 |issue=7|pages=e2621 |year=2008 |pmid=18612431 |pmc=2440802 |doi=10.1371/journal.pone.0002621 |lastauthoramp=yes |editor1-last=Redfield |editor1-first=Rosemary Jeanne |bibcode= 2008PLoSO...3.2621K }}</ref>： |
|||
{{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|label1=真核生物 |
|||
|1={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|label1=[[双鞭毛生物]] |
|||
|1={{clade |
|||
|1=原始色素体生物 + Hacrobia + 古虫界（除了Preaxostyla） |
|||
|2={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1=Preaxostyla （原本属于古虫界） |
|||
|2={{clade |
|||
|1=SAR = 不等鞭毛类 + 囊泡虫类 + 有孔虫界 |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
|2={{clade |
|||
|label1=[[单鞭毛生物]] |
|||
|1={{clade |
|||
|1=变形虫界 |
|||
|2=后鞭毛生物 |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
还有一些研究认为囊泡藻界不应被拆分，而是将SAR超类群归入扩大的囊泡藻界，如Rogozin 等在2009年的一项研究<ref>{{Cite journal|last=Rogozin |first=I.B. |last2=Basu |first2=M.K.|last3=Csürös |first3=M.|last4=Koonin|first4=E.V. |year=2009 |title=Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes |journal=Genome Biology and Evolution|pmid=20333181 |volume=1|pmc=2817406|pages=99–113 |doi=10.1093/gbe/evp011 |lastauthoramp=yes}}</ref>: |
|||
{{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|label1=真核生物 |
|||
|1={{clade |
|||
|1=原始色素体生物 |
|||
|2={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1=古虫界（位置未定） |
|||
|2={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1=扩大的[[囊泡藻界]]（包括以前的[[有孔虫界]]） |
|||
|2={{clade |
|||
|label1=单鞭毛生物 |
|||
|1={{clade |
|||
|1=变形虫界 |
|||
|2=后鞭毛生物 |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
许多观点将扩大的[[囊泡藻界]]视为原始色素体生物的近缘类群<ref name="Burki2009"/><ref name="CavalierSmith2009">{{Cite journal|last=Cavalier-Smith |first=Thomas |author-link=Thomas Cavalier-Smith |year=2009 |title=Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree |journal=Biology Letters|volume=6 |pages=342–5 |doi=10.1098/rsbl.2009.0948 |pmid=20031978 |pmc=2880060|issue=3}}</ref>： |
|||
{{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|label1=真核生物 |
|||
|1={{clade |
|||
|1=古虫界 |
|||
|2={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1={{clade |
|||
|1=扩大的[[囊泡藻界]]（包括以前的[[有孔虫界]]） |
|||
|2=原始色素体生物 |
|||
}} |
|||
}} |
|||
|2={{clade |
|||
|label1=单鞭毛生物 |
|||
|1={{clade |
|||
|1=变形虫界 |
|||
|2=后鞭毛生物 |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
2009年一项研究详细研究了已有的真核生物分类的证据，提出了如下分类<ref name="pmid19698794">{{cite journal |author=Nozaki H, Maruyama S, Matsuzaki M, Nakada T, Kato S, Misawa K |title=Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes |journal=Mol. Phylogenet. Evol. |volume=53 |issue=3 |pages=872–80 |year=2009 |month=December |pmid=19698794 |doi=10.1016/j.ympev.2009.08.015 |url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1055-7903(09)00341-8}}</ref>： |
2009年一项研究详细研究了已有的真核生物分类的证据，提出了如下分类<ref name="pmid19698794">{{cite journal |author=Nozaki H, Maruyama S, Matsuzaki M, Nakada T, Kato S, Misawa K |title=Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes |journal=Mol. Phylogenet. Evol. |volume=53 |issue=3 |pages=872–80 |year=2009 |month=December |pmid=19698794 |doi=10.1016/j.ympev.2009.08.015 |url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1055-7903(09)00341-8}}</ref>： |
||
| 第90行： | 第205行： | ||
| 1=[[灰胞藻]] |
| 1=[[灰胞藻]] |
||
| 2={{clade |
| 2={{clade |
||
| 1=[[囊泡藻界]] |
| 1=扩大的[[囊泡藻界]]（包括以前的[[有孔虫界]]） |
||
| 2=[[绿色植物]] |
| 2=[[绿色植物]] |
||
}} |
}} |
||
}} |
}} |
||
}} |
}} |
||
}} |
|||
}} |
|||
2012年的一项研究也支持单鞭毛生物与双鞭毛生物的划分<ref name=ZhaoBurkBratKeel12>{{Cite journal |last=Zhao |first=Sen |last2=Burki |first2=Fabien |last3=Bråte |first3=Jon |last4=Keeling |first4=Patrick J. |last5=Klaveness |first5=Dag |last6=Shalchian-Tabrizi |first6=Kamran |year=2012 |title=Collodictyon—An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes |journal=Molecular Biology and Evolution |doi=10.1093/molbev/mss001 |volume=29 |issue=6 |pages=1557–68 |pmid=22319147 |pmc=3351787 }}</ref>： |
|||
{{clade |
|||
|label1=真核生物 |
|||
|1={{clade |
|||
|label2=单鞭毛生物 |
|||
|2={{clade |
|||
|1=[[后鞭毛生物]] |
|||
|2=[[变形虫界]] |
|||
}} |
|||
|label1=双鞭毛生物 |
|||
|1={{clade |
|||
|1=[[古虫界]] |
|||
|2={{clade |
|||
|1=[[原始色素体生物]] |
|||
|2={{clade |
|||
|1=Hacrobia |
|||
|2=[[SAR超类群|SAR]] = 不等鞭毛类 + 囊泡虫类 + 有孔虫界 |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
|||
}} |
}} |
||
}} |
}} |
||
2013年9月11日 (三) 07:03的版本
| 真核生物 化石時期： 中原生代至今 | ||
|---|---|---|
 動物細胞
 植物細胞
| ||
| 科學分類 | ||
| ||
| 界 | ||
|
動物界 Animalia
真菌界 Fungi
變形蟲界 Amoebozoa
植物界 Plantae
囊泡藻界 Chromalveolata
有孔蟲界 Rhizaria
古蟲界 Excavata
| ||
| 替代分類 | ||
真核生物是其细胞具有细胞核的单细胞生物和多细胞生物的总称，它包括所有动物、植物、真菌和其他具有由膜包裹着的复杂亚细胞结构的生物。
真核生物与原核生物的根本性区别是前者的细胞内含有细胞核，因此以真核来命名这一类细胞。许多真核细胞中还含有其它细胞器，如粒線体、叶绿体、高尔基体等。
由于具有细胞核，因此真核细胞的细胞分裂过程与没有细胞核的原核生物也大不相同。
真核生物在进化上是单源性的，都属于三域系统中的真核生物域，另外两个域为同属于原核生物的细菌和古菌。但由于真核生物与古菌在一些生化性质和基因相关性上具有一定相似性，因此有时也将这两者共同归于Neomura演化支。
科學家相信，從基因證據來看，真核生物是細菌與古菌的基因融合體，它是某種古菌與細菌共生，異種結合的產物。
真核生物的分类
传统分类
在古时候，人们就已认识到动物和植物应分为两类。在林奈建立分类阶元时，虽然存在一定疑惑但还是把真菌划为两界说中的植物界。而后来的学者把真菌独立成一界，即把真核生物分为三界：植物界、动物界、真菌界。显微镜发明后，所发现的许多原生生物根据是自养还是异养，划分为原生植物与原生动物，分别归入植物界与动物界。而海克尔增加了原生生物界[1][2]，即把真核生物分为四界。在20世纪80年代之前，单细胞的原生生物的分类还处于很混乱的阶段，直到DNA测序技术的成熟使系统发生学出现，改变了这一状况，也使人们开始重新谱写真核生物的分类。
2005年国际原生生物学家协会分类
根据系统发生学的研究，根据进化分支上的同源性，2005年的国际原生生物学家协会提出了一种在当时被普遍接受的真核生物分类方法[3], 分作六类(supergroups)。这种分类方法并没有明确这些类是生物分类学上的哪一等级，但其它文献将其当作"界".
但是，这一"六界说"很快就遭到了新的研究的挑战，特别是对囊泡藻界是否有共同起源的质疑。真核生物的分类目前仍有很大的不确定性。例如，把真核生物分为单鞭毛生物(Unikonta)与双鞭毛生物(Bikonta)，前者包括变形虫界与后鞭毛生物，后者其它四界。但是，很多研究表明单鞭毛生物与双鞭毛生物都不是同源的进化支。另外，有孔虫界应该并入囊泡藻界. 泛植物界也应该不是同源的，需要被细分。
当前争议
一些研究拆分了囊泡藻界，并将其一部分与有孔虫界合并为SAR超类群，另一部分视为原始色素体生物的近缘类群 ，比如Burki等[4]在2007提出的系统树
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
另一些研究则认为Hacrobia和古虫界的一部分应该属于原始色素体生物，和SAR超类群组成双鞭毛生物，变形虫和后鞭毛生物组成单鞭毛生物[5]：
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
还有一些研究认为囊泡藻界不应被拆分，而是将SAR超类群归入扩大的囊泡藻界，如Rogozin 等在2009年的一项研究[6]:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
许多观点将扩大的囊泡藻界视为原始色素体生物的近缘类群[7][8]：
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2009年一项研究详细研究了已有的真核生物分类的证据，提出了如下分类[9]：
| 真核生物 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
2012年的一项研究也支持单鞭毛生物与双鞭毛生物的划分[10]：
| 真核生物 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
参考文献
- ^ Scamardella, J. M. Not plants or animals: a brief history of the origin of Kingdoms Protozoa, Protista and Protoctista (PDF). International Microbiology. 1999, 2: 207–221.
- ^ Rothschild LJ. Protozoa, Protista, Protoctista: what's in a name? (PDF). J Hist Biol. 1989, 22 (2): 277–305. PMID 11542176. doi:10.1007/BF00139515.
- ^ Adl SM, Simpson AG, Farmer MA; et al. The new higher level classification of eukaryotes with emphasis on the taxonomy of protists. J. Eukaryot. Microbiol. 2005, 52 (5): 399–451. PMID 16248873. doi:10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x.
- ^ Fabien Burki, Kamran Shalchian-Tabrizi, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski. Butler, Geraldine , 编. Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. PLoS ONE. 2007, 2 (8): e790. Bibcode:2007PLoSO...2..790B. PMC 1949142
. PMID 17726520. doi:10.1371/journal.pone.0000790.
- ^ Kim, E.; Graham, L.E. & Graham, Linda E. Redfield, Rosemary Jeanne , 编. EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata. PLoS ONE. 2008, 3 (7): e2621. Bibcode:2008PLoSO...3.2621K. PMC 2440802 . PMID 18612431. doi:10.1371/journal.pone.0002621.
- ^ Rogozin, I.B.; Basu, M.K.; Csürös, M. & Koonin, E.V. Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes. Genome Biology and Evolution. 2009, 1: 99–113. PMC 2817406 . PMID 20333181. doi:10.1093/gbe/evp011.
- ^ 引用错误：没有为名为
Burki2009的参考文献提供内容 - ^ Cavalier-Smith, Thomas. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. Biology Letters. 2009, 6 (3): 342–5. PMC 2880060 . PMID 20031978. doi:10.1098/rsbl.2009.0948.
- ^ Nozaki H, Maruyama S, Matsuzaki M, Nakada T, Kato S, Misawa K. Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes. Mol. Phylogenet. Evol. 2009, 53 (3): 872–80. PMID 19698794. doi:10.1016/j.ympev.2009.08.015. 已忽略未知参数
|month=（建议使用|date=） (帮助) - ^ Zhao, Sen; Burki, Fabien; Bråte, Jon; Keeling, Patrick J.; Klaveness, Dag; Shalchian-Tabrizi, Kamran. Collodictyon—An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes. Molecular Biology and Evolution. 2012, 29 (6): 1557–68. PMC 3351787 . PMID 22319147. doi:10.1093/molbev/mss001.
參見
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||