1999年夏天，紐約市十分炎熱。城市周圍開始有大量烏鴉死亡，長島的東端已經開始有不尋常的馬腦炎的爆發，布朗克斯動物園的智利火烈鳥和雪鴞的生病和死亡。皇后區人群中出現腦炎爆發。公共衛生應對疫情不能等待病毒分離驗證的結果，紐約市市長指示積極的多方位的在皇后區干預公共衛生。美國網球公開賽上分配驅蚊藥和卡車空中噴灑殺蚊藥。但之後新的病例陸續於布魯克林、布朗克斯和曼哈頓出現。美洲本土常見的聖路易斯腦炎（英語：Saint Louis encephalitis）幾乎不會導致人的發病和鳥類死亡之間的聯繫。最終CDC從美國農業部NVSL獲得病死禽的組織標本，確定了致死禽的病毒是WNV（NY99株），並排除了聖路易斯腦炎病毒的可能性。E基因序列的系統發育分析表明，和WNV-NY99病毒最接近的是以色列暴發的1998年WNV。遺傳結果暗示，WNV-NY99起源於以色列，並從那裏遷移到紐約。以色列WNV和WNV-NY99都具有殺死鳥類的能力。
