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核糖核酸

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mRNA的球棍模型，其中灰色小球代表碳原子，红色小球代表氧原子，蓝色小球代表氮原子，橘色小球代表磷原子
图为mRNA前体上的一段茎环结构。含氮碱基以绿色表示，而磷酸-核糖骨架则以蓝色表示。注意茎（双链）结构是由一条RNA单链通过折叠形成

核糖核酸（英语：ribonucleic acid，缩写：RNA）是一类由核糖核苷酸通过3',5'-磷酸二酯键聚合而成的线性大分子[1]。自然界中的RNA通常是单链的，且RNA中最基本的四种碱基为腺嘌呤（A）、尿嘧啶（U）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）[注 1]，相对的，与RNA同为核酸的DNA通常是双链分子，且其含有的含氮碱基中将RNA的尿嘧啶替换为胸腺嘧啶（T）。

RNA有着多种多样的功能，可在遗传编码、翻译、调控、基因表达等过程中发挥作用。按RNA的功能，可将RNA分为多种类型。比如，在细胞生物中，mRNA（传讯RNA）为遗传讯息的传递者，它能够指导蛋白质的合成。因为mRNA有编码蛋白质的能力，它又被称为编码RNA。而其他没有编码蛋白质能力的RNA则被称为非编码RNA（ncRNA）。它们经由催化生化反应，或透过调控或参与基因表达过程发挥相应的生理功能。比如，tRNA（转运RNA）在翻译过程中起转运RNA的作用，rRNA（核糖体RNA）于翻译过程中起催化肽链形成的作用，sRNA（小RNA）起到调控基因表达的作用。此外，RNA病毒甚至以RNA作为它们的遗传物质。

RNA通常由DNA经由转录生成。RNA在细胞中广泛分布，真核生物的细胞核、细胞质、线粒体中都有RNA[2]:36。

与DNA的比较

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RNA分子中的含氮碱基
50S核糖体亚单位的3D结构示意图。rRNA以土黄色表示，蛋白质以蓝色表示。活性位点为rRNA的一个小片段，以红色标出

RNA的分子结构与DNA非常相似，但是，两者有以下三个主要不同点：

  • 与通常是双链的DNA不同，RNA通常是单链的，而且长度一般比DNA短得多[3][4]。不过，单链RNA可以通过折叠形成双链接构（这样的双链接构亦被称为“茎”），tRNA中即有这样的结构。
  • DNA中的戊糖为脱氧核糖，而RNA中的戊糖为核糖[5]，其区别在于，脱氧核糖的2位碳上连接的是氢原子，而核糖的2位碳上连接的是羟基）。2位碳上的羟基降低了RNA的稳定性，因为它使得RNA更易被水解。
  • 在DNA中，与腺嘌呤（A）互补的含氮碱基是胸腺嘧啶（T），而在RNA中，与腺嘌呤（A）互补的含氮碱基是尿嘧啶（U），它比胸腺嘧啶少了一个甲基[6]。

与DNA相似，大部分有生物活性的RNA，包括mRNA、tRNA、rRNA、snRNA，以及其他一些非编码RNA，虽然是单链，但含有自我互补的序列，能使得它们能进行折叠[7]，形成互补双链接构（茎）。对RNA的分析表明，它们有着相对更复杂的结构。和DNA不同，RNA的二级结构并不是单纯的双螺旋，而由一系列短的二级结构构成。通过这些短的二级结构的组合，RNA甚至可以拥有与蛋白质相似的结构，并像酶那样催化化学反应（这样的RNA被称为核酶）[8]。比如，对核糖体进行分析表明，其催化成肽反应的活性位点完全由RNA构成[9]。

DNA与RNA的比较
本模板：
项目 DNA RNA 解说
组成主干之糖类分子[10] 2-脱氧核糖和磷酸 核糖和磷酸
骨架结构 规则的[需要较佳来源][11]:50双螺旋结构[12] 单螺旋结构[需要较佳来源][12] 或茎环结构[13] 即脱氧核糖核酸由两条脱氧核苷酸链构成，而核糖核酸由一条核糖核苷酸链构成。[11]:49
核苷酸数 通常上百万 通常数百至数千个
碱基种类[14][12] 腺嘌呤（A）··· 胸腺嘧啶（T）
胞嘧啶（C）··· 鸟嘌呤（G）		 腺嘌呤（A）··· 尿嘧啶（U）
胞嘧啶（C）··· 鸟嘌呤（G）		 除部分例外，DNA为胸腺嘧啶（5-甲基尿嘧啶），RNA为尿嘧啶，使RNA更易被水解。
五碳糖种类[12] 脱氧核糖 核糖
五碳糖连接组成分 氢原子 羟基 在五碳糖的第二个碳原子上连接的组成分不同。
存在于（对于真核细胞而言）[12] 细胞核（少量存在于线粒体、叶绿体） 细胞质


结构

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siRNA（小干扰RNA）中的碱基互补配对（图中省略了氢原子）

RNA的单体为核糖核苷酸，其中的戊糖为核糖，依系统命名法可将其中的碳原子从1'编号至5'。含氮碱基与1'碳原子相连。RNA中最基本的四种碱基分别为A（腺嘌呤）、U（尿嘧啶）、G（鸟嘌呤）、C（胞嘧啶）。其中，腺嘌呤和鸟嘌呤为双环的嘌呤，尿嘧啶和胞嘧啶为单环的嘧啶。磷酸基团与一个核糖残基的3'碳原子相连，与下一个核糖核苷酸的5'碳原子相连。磷酸基团在生理pH下，并不都能带上负电荷，因而RNA在生理条件下是带电荷分子（聚阴离子）。C和G、U和A、G和U之间能够形成氢键[15]。不过，碱基之间也可能发生其他一些相互作用。比如，在一个凸出部分中，一群腺嘌呤可以互相连接[16]，GNRA四环Tetraloop（英语：Tetraloop）中有一个G-A碱基对[15]。

RNA的分子结构

核糖的2位碳上连有羟基为RNA的一个重要结构特点。这类羟基使得RNA双链的结构应与A型构象最接近[17]，不过，在单链的某些二核苷酸环境下，也有极小的可能形成DNA最常见的B型螺旋构象[18]。A型构象使得RNA双链的大沟狭窄而深，小沟浅而宽[19]。在RNA分子的构象高度可变区域（即不生成双链接构的区域），2'-OH还能攻击附近的磷酸二酯键，使得核糖-磷酸链断裂[20]。

端粒酶RNA的二级结构

通过转录，仅仅能使RNA链上带A、U、G、C四种含氮碱基[21]不过，转录后修饰能够通过多种途径对RNA进行改造。比如，转录后修饰能够将稀有碱基假尿嘧啶（英语：Pseudouridine）（Ψ）加到RNA链上。假尿嘧啶与核糖之间的化学键是C-C键而不是尿嘧啶（U）的C-N键。胸腺嘧啶加到RNA链上的情形也很常见（最典型的例子是tRNA的TΨC环）[22]。另外，次黄嘌呤也是一种常见的稀有碱基。次黄嘌呤为腺嘌呤的脱氨产物，含有次黄嘌呤的核苷被称为肌苷（I）。在基因编码的摆动假说中，肌苷有重要的作用[23]。

除以上列出的之外，经过编辑的核苷还有100多种[24]。由修饰引发的结构性变化在tRNA中最为明显[25]，假尿嘧啶与经常在rRNA中出现2'-甲氧基核糖（英语：2'-O-methylation）是最常见的修饰产物[26]。这些修饰的具体作用还没有完全阐明。不过，值得注意的是，在rRNA中，许多的转录后修饰发生在高度功能化的区域，比如肽基转移酶催化中心以及亚基结合部位，似乎说明转录后修饰对RNA发挥正常功能来说相当重要[27]。

具有催化功能的单链RNA分子，和蛋白质相类似，需要特殊的RNA三级结构。通过分子内氢键形成的二级结构原件构成了三级结构的框架。二级结构形成了许多可识别的“结构域”——比如茎环结构、膨大结构（bulges）、内环结构[28]。因为RNA分子带电荷，不少二级结构和三级结构需要Mg2+等金属离子来进行稳定[29]。

自然界中的RNA均是由D-核糖核苷酸聚合而成的D-RNA。使用L-核糖核苷酸则可合成L-RNA。L-RNA对RNA酶的耐受力要强得多[30]。

合成与修饰

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主条目：转录和转录后修饰

RNA的合成一般由RNA聚合酶催化。RNA聚合酶以DNA为模板，通过转录合成RNA。转录起始于RNA聚合酶与启动子的结合（启动子一般位于基因的上游）。因为RNA聚合酶自带解旋酶活性，仅依靠RNA聚合酶即可实现DNA双链的解开。转录过程中，RNA聚合酶以3'端至5'端的方向读取DNA模板链，并以5'端到3'端的方向合成与之反向平行互补的RNA链。转录的终止由终止子介导。原核生物的终止子有两类：简单终止子与ρ因子依赖性终止子。简单终止子仅靠RNA形成二级结构即可终止转录，而后者在ρ因子的作用下才可以使转录终止。真核生物的转录终止则与转录后修饰密切相关[2]:323[31][32]:531-535。

在真核生物中，RNA的初始转录物（英语：Primary transcript）通常会经过转录后修饰。比如，真核生物的mRNA大都会被加上Poly(A)尾（多腺嘌呤尾巴）以及5'端帽，mRNA前体中含有的内含子序列也会被剪接体切除[32]:580-581。

一些RNA是由RNA复制酶（RNA依赖性RNA聚合酶）以RNA为模板催化合成的。比方说，RNA病毒通过RNA复制酶复制其遗传物质[33]。另外，RNA复制酶亦参与了众多生物体的RNA干涉过程[34]。

分类

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在细胞中，根据结构功能的不同，RNA主要分三类，即tRNA、rRNA，以及mRNA。mRNA是依据DNA序列转录而成的蛋白质合成模板；tRNA是mRNA上遗传密码的识别者和氨基酸的转运者；rRNA是组成核糖体的部分，而核糖体是蛋白质合成的机械。

细胞中还有许多种类和功能不一的小型RNA，像是组成剪接体（spliceosome）的snRNA，负责rRNA成型的snoRNA，以及参与RNAi作用的miRNA与siRNA等，可调节基因表达。而其他如I、II型内含子、RNase P、HDV、核糖体RNA等等都有催化生化反应过程的活性，即具有酶的活性，这类RNA被称为核酶。

调控RNA

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许多种类的RNA，能够透过与mRNA或DNA上的基因片段，部分互补的方式，来调降基因表达。例如在真核Heidi nt)，能引发RNA干扰。miRNA与酵素复合体，会切碎mRNA，阻止该mRNA被翻译，或加速其降解。[35][36]

虽然小干扰RNA(siRNA; 20-25 nt)的产生，通常是由分解病毒RNA得到，然而也存在内源性的siRNA。[37][38]而siRNA引发RNA干扰的机制类似miRNA，有些miRNA和siRNA，能造成其目标基因被甲基化，从而促进或抑制该基因的转录。.[39][40][41]此外，在动物生殖细胞内，所活跃的Piwi-interacting RNA(piRNA; 29-30 nt)，被认为能预防转座子，并在配子的发生上，扮演重要角色。[42][43]

许多的原核生物，具有CRISPR RNAs，其作用机制类似于真核生物的RNA干扰。[44]其中反义RNA(Antisense RNAs)是最常见的，大多数能调降基因表达，但也有少部分会激活转录进行。[45]反义RNA的作用机制之一，是借由与mRNA互补配对，来形成双股RNA，而被酵素降解。[46]此外，在真核细胞内，也许多能调控基因的非编码RNA，[47]一个常见的例子是Xist，它会附在雌性哺乳动物的其中一个X染色体上，造成其去激活。[48]

一段mRNA自身可能带有调控元件，例如riboswitches，在其五端非翻译区(5' untranslated region)或三端非翻译区(3' untranslated region)，包含有顺式作用元件(cis-regulatory elements)能够调控该mRNA的活性。[49]此外，非编码区上也有可能带有，能调控其它基因的调控元件。[50]

修饰其它RNA

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一种的常见RNA修饰，尿苷(Uridine)被转换成假尿苷(Pseudouridine)。

许多的RNA会帮助修饰其它RNA。如前信使RNA(pre-mRNA)中的内含子，会被含有许多核小RNA(snRNA)的剪接体剪接。[6]或者RNA本身能作为核酶，剪接自己的内含子。[51]

RNA上的核苷酸也可能被修饰，变成非A、U、G、C的核苷酸。在真核细胞中，RNA上核苷酸的修饰，通常是由在细胞核与卡哈尔体中发现的，小核仁RNA(snoRNA; 60-300 nt)所主导。[52]snoRNA会连结酵素，并以碱基对的方式，引导它们去接上RNA，之后酵素便开始RNA核苷酸的修饰。碱基修饰广泛发生于rRNA与tRNA中，然而snRNA与mRNA也有可能是碱基修饰的目标。[53][54]此外，RNA也可能被甲基化。[55][56]

RNA基因组

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如同DNA，RNA也可以携带遗传信息。RNA病毒的基因组由RNA组成，可以翻译出多种蛋白质，其中一些负责基因组的复制，而其它的则作为保护构造，在病毒离开宿主细胞后，保护基因组。类病毒是另一种类型的病原体，但它们仅由RNA组成，且该RNA并不会翻译出任何蛋白质，并利用宿主的聚合酶来复制。[57]

逆转录

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逆转录病毒借由将RNA逆转录成为DNA，DNA副本再转录为RNA的方式，来复制他们的基因组。逆转录转座子也利用此方法，来复制DNA与RNA，以完成转座。[58]此外，真核细胞内的端粒酶，也包含一个作为模板的RNA，利用它来延长染色体端粒。[59]

双链RNA

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双链RNA(dsRNA)是指具有两个互补链的RNA，与细胞中的DNA结构相似，它也是某些病毒(双链RNA病毒)的遗传物质。双链RNA如病毒RNA或小干扰RNA(siRNA)，可以触发真核生物的RNA干扰，以及脊椎动物的干扰素反应。[60][61][62][63]

一般的双链RNA是一条RNA折叠互补的。

发现史

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罗伯特·威廉·霍利(左侧)及其研究团队合影。

与RNA相关的研究，造就了许多生物学的发现，以及诺贝尔奖。而核酸于1868年由弗雷德里希·米歇尔发现，当时他将该物质称作“核素”，因为它是在细胞核中被找到的。[64]但不久后，科学家也在没有细胞核的原核生物中，也发现了核酸。此外，早在1939年就有人怀疑，RNA在蛋白质合成中所扮演的角色。[65]塞韦罗·奥乔亚与阿瑟·科恩伯格，因为在实验室内发现了，能够合成RNA的酵素，而获得1959年的诺贝尔生理学或医学奖[66]然而，之后的研究显示，由他们所发现的酵素多核苷酸磷酸化酶（英语：Polynucleotide Phosphorylase），是负责RNA降解，而非RNA合成。

罗伯特·威廉·霍利于1965年，发现酵母菌里大小为77个核苷酸的tRNA序列，[67] 并于1968年与哈尔·葛宾·科拉纳以及马歇尔·沃伦·尼伦伯格共同获得了诺贝尔生理或医学奖。在1967年，卡尔·乌斯推测RNA可能具有催化能力，并提出建议指出，最早的生命形式（自我复制的分子）可能依赖于RNA，来携带遗传信息和催化生化反应，即RNA世界学说。[68][69]

逆转录病毒及逆转录酶，于1970年代早期被发现的，使人们了解到RNA能被逆转录为DNA（与中心法则的一般情况，DNA转录为RNA相反）。 这项发现，使戴维·巴尔的摩、罗纳托·杜尔贝科与霍华德·马丁·特明，共同获得了1975年的诺贝尔生理学或医学奖。此外在1976年，瓦尔特·菲尔斯（英语：Walter Fiers）以及他的团队，首度确定了RNA病毒完整基因组的碱基序列(噬菌体MS2)。[70]

在1997年，菲利普·夏普与理察·罗伯茨，因为发现哺乳类动物病毒及细胞基因中，具有内含子且会发生RNA剪接，而获得1993年的诺贝尔生理学或医学奖。具有催化功能的RNA（核酶）在1980年代早期被发现，而使得托马斯·切赫与西德尼·奥尔特曼，获得1989年的诺贝尔化学奖。而1990年所发现在碧冬茄属上，导入基因会静默植物体自身相似的基因的现象，现今被认为是RNA干扰的结果。[71][72]

且大约在同时，大小约22个核苷酸的RNA(现在被称为微RNA)，被发现在线虫的发育上，扮演重要角色。[73]而于RNA干扰的研究，让安德鲁·法厄与克雷格·梅洛，获得了2006年的诺贝尔生理学或医学奖；而同年的诺贝尔化学奖，由罗杰·科恩伯格获得，得奖原因也与RNA相关（在RNA转录上的研究）。此外调控RNA的发现，促使了RNA药物的开发，如利用小干扰RNA来静默目标基因。[74]

参见

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注释

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  1. ^ 通过转录后修饰，RNA可能会带上假尿嘧啶（英语：Pseudouridine）（Ψ）这样的稀有碱基

参考文献

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  1. ^ David Hames & Nigel Hooper. Instant Notes in Biochemistry （導讀本） 3rd. 科学出版社. 2005: 193. ISBN 978-7-03-025218-0. 
  2. ^ 2.0 2.1 查锡良 药立波. 生物化學與分子生物學 第八版. 人民卫生出版社. 2013. ISBN 978-7-117-17214-1. 
  3. ^ RNA: The Versatile Molecule. University of Utah. 2015 [2016-08-17]. （原始内容存档于2016-07-20）. 
  4. ^ Nucleotides and Nucleic Acids (PDF). University of California, Los Angeles. [2016-08-17]. （原始内容 (PDF)存档于2015-09-23）. 
  5. ^ R.N. Shukla. Analysis of Chromosomes. [2016-08-17]. ISBN 9789384568177. （原始内容存档于2020-03-24）. 
  6. ^ 6.0 6.1 Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L. Biochemistry 5th. WH Freeman and Company. 2002: 118–19, 781–808. ISBN 0-7167-4684-0. OCLC 179705944、48055706、59502128. 
  7. ^ I. Tinoco & C. Bustamante. How RNA folds. J. Mol. Biol. 1999, 293 (2): 271–281. PMID 10550208. doi:10.1006/jmbi.1999.3001. 
  8. ^ Higgs PG. RNA secondary structure: physical and computational aspects. Quarterly Reviews of Biophysics. 2000, 33 (3): 199–253. PMID 11191843. doi:10.1017/S0033583500003620. 
  9. ^ Nissen P; Hansen J; Ban N; Moore PB; Steitz TA. The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis. Science. 2000, 289 (5481): 920–30. Bibcode:2000Sci...289..920N. PMID 10937990. doi:10.1126/science.289.5481.920. 
  10. ^ Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6
  11. ^ 11.0 11.1 薛金星. 中学教材全解 工具版 高中生物必修1 分子与细胞. 陕西人民教育出版社. ISBN 9787545015751. 
  12. ^ 12.0 12.1 12.2 12.3 12.4 人民教育出版社. 生物1 必修 分子与细胞. ISBN 9787107176708. 
  13. ^ Setubal, João Carlos. Meidanis, João. Introduction to computational molecular biology. 主编 聂理.《分子生物学导论》. World Pub. Corperation. 2003. ISBN 7-5062-6574-5. OCLC 880306796. 
  14. ^ 生命的螺旋-DNA與RNA. 国立科学工艺博物馆. 
  15. ^ 15.0 15.1 Lee JC; Gutell RR. Diversity of base-pair conformations and their occurrence in rRNA structure and RNA structural motifs. J. Mol. Biol. 2004, 344 (5): 1225–49. PMID 15561141. doi:10.1016/j.jmb.2004.09.072. 
  16. ^ Barciszewski J; Frederic B; Clark C. RNA biochemistry and biotechnology. Springer. 1999: 73–87. ISBN 0-7923-5862-7. OCLC 52403776. 
  17. ^ Salazar M; Fedoroff OY; Miller JM; Ribeiro NS; Reid BR. The DNA strand in DNAoRNA hybrid duplexes is neither B-form nor A-form in solution. Biochemistry. 1992, 32 (16): 4207–15. PMID 7682844. doi:10.1021/bi00067a007. 
  18. ^ Sedova A; Banavali NK. RNA approaches the B-form in stacked single strand dinucleotide contexts. Biopolymers. 2016, 105 (2): 65–82. PMID 26443416. doi:10.1002/bip.22750. 
  19. ^ Hermann T; Patel DJ. RNA bulges as architectural and recognition motifs. Structure. 2000, 8 (3): R47–R54. PMID 10745015. doi:10.1016/S0969-2126(00)00110-6. 
  20. ^ Mikkola S; Stenman E; Nurmi K; Yousefi-Salakdeh E; Strömberg R; Lönnberg H. The mechanism of the metal ion promoted cleavage of RNA phosphodiester bonds involves a general acid catalysis by the metal aquo ion on the departure of the leaving group. Perkin transactions 2. 1999, (8): 1619–26. doi:10.1039/a903691a. 
  21. ^ Jankowski JAZ; Polak JM. Clinical gene analysis and manipulation: Tools, techniques and troubleshooting. Cambridge University Press. 1996: 14. ISBN 0-521-47896-0. OCLC 33838261. 
  22. ^ Yu Q; Morrow CD. Identification of critical elements in the tRNA acceptor stem and TΨC loop necessary for human immunodeficiency virus type 1 infectivity. J Virol. 2001, 75 (10): 4902–6. PMC 114245 可免费查阅. PMID 11312362. doi:10.1128/JVI.75.10.4902-4906.2001. 
  23. ^ Elliott MS; Trewyn RW. Inosine biosynthesis in transfer RNA by an enzymatic insertion of hypoxanthine. J. Biol. Chem. 1983, 259 (4): 2407–10. PMID 6365911. 
  24. ^ Cantara, WA; Crain, PF; Rozenski, J; McCloskey, JA; Harris, KA; Zhang, X; Vendeix, FA; Fabris, D; Agris, PF. The RNA Modification Database, RNAMDB: 2011 update. Nucleic Acids Research. January 2011, 39 (Database issue): D195–201. PMC 3013656 可免费查阅. PMID 21071406. doi:10.1093/nar/gkq1028. 
  25. ^ Söll D; RajBhandary U. TRNA: Structure, biosynthesis, and function. ASM Press. 1995: 165. ISBN 1-55581-073-X. OCLC 183036381. 
  26. ^ Kiss T. Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs. The EMBO Journal. 2001, 20 (14): 3617–22. PMC 125535 可免费查阅. PMID 11447102. doi:10.1093/emboj/20.14.3617. 
  27. ^ King TH; Liu B; McCully RR; Fournier MJ. Ribosome structure and activity are altered in cells lacking snoRNPs that form pseudouridines in the peptidyl transferase center. Molecular Cell. 2002, 11 (2): 425–35. PMID 12620230. doi:10.1016/S1097-2765(03)00040-6. 
  28. ^ Mathews DH; Disney MD; Childs JL; Schroeder SJ; Zuker M; Turner DH. Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004, 101 (19): 7287–92. Bibcode:2004PNAS..101.7287M. PMC 409911 可免费查阅. PMID 15123812. doi:10.1073/pnas.0401799101. 
  29. ^ Tan ZJ; Chen SJ. Salt dependence of nucleic acid hairpin stability. Biophys. J. 2008, 95 (2): 738–52. Bibcode:2008BpJ....95..738T. PMC 2440479 可免费查阅. PMID 18424500. doi:10.1529/biophysj.108.131524. 
  30. ^ Vater A; Klussmann S. Turning mirror-image oligonucleotides into drugs: the evolution of Spiegelmer therapeutics. Drug Discovery Today. January 2015, 20 (1): 147–155. PMID 25236655. doi:10.1016/j.drudis.2014.09.004. 
  31. ^ Nudler E; Gottesman ME. Transcription termination and anti-termination in E. coli. Genes to Cells. 2002, 7 (8): 755–68. PMID 12167155. doi:10.1046/j.1365-2443.2002.00563.x. 
  32. ^ 32.0 32.1 Jocelyn E.KREBS; et al. Gene XI. JONES&BARTLETT LEARNING(高等教育出版社出版). 2014. ISBN 978-7-04-039649-2. 
  33. ^ Jeffrey L Hansen; Alexander M Long; Steve C Schultz. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus. Structure. 1997, 5 (8): 1109–22. PMID 9309225. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X. 
  34. ^ Ahlquist P. RNA-Dependent RNA Polymerases, Viruses, and RNA Silencing. Science. 2002, 296 (5571): 1270–73. Bibcode:2002Sci...296.1270A. PMID 12016304. doi:10.1126/science.1069132. 
  35. ^ Wu L, Belasco JG. Let me count the ways: mechanisms of gene regulation by miRNAs and siRNAs. Mol. Cell. January 2008, 29 (1): 1–7. PMID 18206964. doi:10.1016/j.molcel.2007.12.010. 
  36. ^ Matzke MA, Matzke AJM. Planting the seeds of a new paradigm. PLoS Biology. 2004, 2 (5): e133. PMC 406394 可免费查阅. PMID 15138502. doi:10.1371/journal.pbio.0020133. 
  37. ^ Vazquez F, Vaucheret H, Rajagopalan R, Lepers C, Gasciolli V, Mallory AC, Hilbert J, Bartel DP, Crété P. Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs. Molecular Cell. 2004, 16 (1): 69–79. PMID 15469823. doi:10.1016/j.molcel.2004.09.028. 
  38. ^ Watanabe T, Totoki Y, Toyoda A,; et al. Endogenous siRNAs from naturally formed dsRNAs regulate transcripts in mouse oocytes. Nature. May 2008, 453 (7194): 539–43. Bibcode:2008Natur.453..539W. PMID 18404146. doi:10.1038/nature06908. 
  39. ^ Sontheimer EJ, Carthew RW. Silence from within: endogenous siRNAs and miRNAs. Cell. July 2005, 122 (1): 9–12. PMID 16009127. doi:10.1016/j.cell.2005.06.030. 
  40. ^ Doran G. RNAi – Is one suffix sufficient?. Journal of RNAi and Gene Silencing. 2007, 3 (1): 217–19. （原始内容存档于2007-07-16）. 
  41. ^ Pushparaj PN, Aarthi JJ, Kumar SD, Manikandan J. RNAi and RNAa — The Yin and Yang of RNAome. Bioinformation. 2008, 2 (6): 235–7. PMC 2258431 可免费查阅. PMID 18317570. doi:10.6026/97320630002235. 
  42. ^ Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD. The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC. Current Biology. 2007, 17 (14): 1265–72. PMID 17604629. doi:10.1016/j.cub.2007.06.030. 
  43. ^ Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA. A germline-specific class of small RNAs binds mammalian Piwi proteins. Nature. 2006, 442 (7099): 199–202. Bibcode:2006Natur.442..199G. PMID 16751776. doi:10.1038/nature04917. 
  44. ^ Horvath P, Barrangou R. CRISPR/Cas, the Immune System of Bacteria and Archaea. Science. 2010, 327 (5962): 167–70 [2013-04-14]. Bibcode:2010Sci...327..167H. PMID 20056882. doi:10.1126/science.1179555. （原始内容存档于2010-07-23）. 
  45. ^ Wagner EG, Altuvia S, Romby P. Antisense RNAs in bacteria and their genetic elements. Adv Genet. Advances in Genetics. 2002, 46: 361–98. ISBN 9780120176465. PMID 11931231. doi:10.1016/S0065-2660(02)46013-0. 
  46. ^ Gilbert SF. Developmental Biology 7th. Sinauer. 2003: 101–3. ISBN 0-87893-258-5. OCLC 154656422、154663147、174530692、177000492、177316159、51544170、54743254、59197768、61404850. 
  47. ^ Amaral PP, Mattick JS. Noncoding RNA in development. Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society. October 2008, 19 (7–8): 454–92. PMID 18839252. doi:10.1007/s00335-008-9136-7. 
  48. ^ Heard E, Mongelard F, Arnaud D, Chureau C, Vourc'h C, Avner P. Human XIST yeast artificial chromosome transgenes show partial X inactivation center function in mouse embryonic stem cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999, 96 (12): 6841–46. Bibcode:1999PNAS...96.6841H. PMC 22003 可免费查阅. PMID 10359800. doi:10.1073/pnas.96.12.6841. 
  49. ^ Batey RT. Structures of regulatory elements in mRNAs. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16 (3): 299–306. PMID 16707260. doi:10.1016/j.sbi.2006.05.001. 
  50. ^ Scotto L, Assoian RK. A GC-rich domain with bifunctional effects on mRNA and protein levels: implications for control of transforming growth factor beta 1 expression. Mol. Cell. Biol. June 1993, 13 (6): 3588–97 [2013-04-14]. PMC 359828 可免费查阅. PMID 8497272. （原始内容存档于2019-09-24）. 
  51. ^ Steitz TA, Steitz JA. A general two-metal-ion mechanism for catalytic RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90 (14): 6498–502. Bibcode:1993PNAS...90.6498S. PMC 46959 可免费查阅. PMID 8341661. doi:10.1073/pnas.90.14.6498. 
  52. ^ Wirta W. Mining the transcriptome – methods and applications. Stockholm: School of Biotechnology, Royal Institute of Technology. 2006 [2013-03-24]. ISBN 91-7178-436-5. OCLC 185406288. （原始内容存档于2016-03-04）. 
  53. ^ Xie J, Zhang M, Zhou T, Hua X, Tang L, Wu W. Sno/scaRNAbase: a curated database for small nucleolar RNAs and cajal body-specific RNAs. Nucleic Acids Res. 2007, 35 (Database issue): D183–7. PMC 1669756 可免费查阅. PMID 17099227. doi:10.1093/nar/gkl873. 
  54. ^ Omer AD, Ziesche S, Decatur WA, Fournier MJ, Dennis PP. RNA-modifying machines in archaea. Molecular Microbiology. 2003, 48 (3): 617–29. PMID 12694609. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03483.x. 
  55. ^ Cavaillé J, Nicoloso M, Bachellerie JP. Targeted ribose methylation of RNA in vivo directed by tailored antisense RNA guides. Nature. 1996, 383 (6602): 732–5. Bibcode:1996Natur.383..732C. PMID 8878486. doi:10.1038/383732a0. 
  56. ^ Kiss-László Z, Henry Y, Bachellerie JP, Caizergues-Ferrer M, Kiss T. Site-specific ribose methylation of preribosomal RNA: a novel function for small nucleolar RNAs. Cell. 1996, 85 (7): 1077–88. PMID 8674114. doi:10.1016/S0092-8674(00)81308-2. 
  57. ^ Daròs JA, Elena SF, Flores R. Viroids: an Ariadne's thread into the RNA labyrinth. EMBO Rep. 2006, 7 (6): 593–8. PMC 1479586 可免费查阅. PMID 16741503. doi:10.1038/sj.embor.7400706. 
  58. ^ Kalendar R, Vicient CM, Peleg O, Anamthawat-Jonsson K, Bolshoy A, Schulman AH. Large retrotransposon derivatives: abundant, conserved but nonautonomous retroelements of barley and related genomes. Genetics. 2004, 166 (3): 1437–50. PMC 1470764 可免费查阅. PMID 15082561. doi:10.1534/genetics.166.3.1437. 
  59. ^ Podlevsky JD, Bley CJ, Omana RV, Qi X, Chen JJ. The telomerase database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D339–43. PMC 2238860 可免费查阅. PMID 18073191. doi:10.1093/nar/gkm700. 
  60. ^ Blevins T; Rajeswaran, R.; Shivaprasad, P. V.; Beknazariants, D.; Si-Ammour, A.; Park, H.-S.; Vazquez, F.; Robertson, D.; Meins, F.; et al. Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (21): 6233–46. PMC 1669714 可免费查阅. PMID 17090584. doi:10.1093/nar/gkl886. 
  61. ^ Jana S, Chakraborty C, Nandi S, Deb JK. RNA interference: potential therapeutic targets. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2004, 65 (6): 649–57. PMID 15372214. doi:10.1007/s00253-004-1732-1. 
  62. ^ Schultz U, Kaspers B, Staeheli P. The interferon system of non-mammalian vertebrates. Dev. Comp. Immunol. 2004, 28 (5): 499–508. PMID 15062646. doi:10.1016/j.dci.2003.09.009. 
  63. ^ Kathryn A. Whitehead, James E. Dahlman, Robert S. Langer, Daniel G. Anderson. Silencing or stimulation? siRNA delivery and the immune system. Annual Review of Chemical and Biomolecular Engineering. 2011, 2: 77–96 [2019-05-26]. ISSN 1947-5438. PMID 22432611. doi:10.1146/annurev-chembioeng-061010-114133. （原始内容存档于2020-04-09）. 
  64. ^ Dahm R. Friedrich Miescher and the discovery of DNA. Developmental Biology. 2005, 278 (2): 274–88. PMID 15680349. doi:10.1016/j.ydbio.2004.11.028. 
  65. ^ Caspersson T, Schultz J. Pentose nucleotides in the cytoplasm of growing tissues. Nature. 1939, 143 (3623): 602–3. Bibcode:1939Natur.143..602C. doi:10.1038/143602c0. 
  66. ^ Ochoa S. Enzymatic synthesis of ribonucleic acid (PDF). Nobel Lecture. 1959 [2013-04-23]. （原始内容存档 (PDF)于2011-08-23）. 
  67. ^ Holley RW; Apgar, J.; Everett, G. A.; Madison, J. T.; Marquisee, M.; Merrill, S. H.; Penswick, J. R.; Zamir, A.; et al. Structure of a ribonucleic acid. Science. 1965, 147 (3664): 1462–65. Bibcode:1965Sci...147.1462H. PMID 14263761. doi:10.1126/science.147.3664.1462. 
  68. ^ Siebert S. Common sequence structure properties and stable regions in RNA secondary structures (PDF). Dissertation, Albert-Ludwigs-Universität, Freiburg im Breisgau: 1. 2006. （原始内容 (PDF)存档于2012-03-09）. 
  69. ^ Szathmáry E. The origin of the genetic code: amino acids as cofactors in an RNA world. Trends Genet. 1999, 15 (6): 223–9. PMID 10354582. doi:10.1016/S0168-9525(99)01730-8. 
  70. ^ Fiers W; Ysebaert, R.; Duerinck, F.; Haegeman, G.; Iserentant, D.; Merregaert, J.; Min Jou, W.; Molemans, F.; Raeymaekers, A.; et al. Complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA: primary and secondary structure of replicase gene. Nature. 1976, 260 (5551): 500–7. Bibcode:1976Natur.260..500F. PMID 1264203. doi:10.1038/260500a0. 
  71. ^ Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R. Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans. Plant Cell. 1990, 2 (4): 279–89. PMC 159885 可免费查阅. PMID 12354959. doi:10.1105/tpc.2.4.279. 
  72. ^ Dafny-Yelin M, Chung SM, Frankman EL, Tzfira T. pSAT RNA interference vectors: a modular series for multiple gene down-regulation in plants. Plant Physiol. December 2007, 145 (4): 1272–81. PMC 2151715 可免费查阅. PMID 17766396. doi:10.1104/pp.107.106062. 
  73. ^ Ruvkun G. Glimpses of a tiny RNA world. Science. 2001, 294 (5543): 797–99. PMID 11679654. doi:10.1126/science.1066315. 
  74. ^ Fichou Y, Férec C. The potential of oligonucleotides for therapeutic applications. Trends in Biotechnology. 2006, 24 (12): 563–70. PMID 17045686. doi:10.1016/j.tibtech.2006.10.003. 

外部链接

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