金陵大学的前身是美国教会美以美会1888年在南京成立的汇文书院（The Nanking University），设博物馆、医学馆和神道馆，1890年增设成美馆（中学部）。美国教会基督会和长老会分别于1891年和1894年在南京创立了基督书院（Christian College）和益智书院（Presbyterian Academy），1907年合并为宏育书院（Union Christian College），1910年宏育书院并入汇文书院，成立私立金陵大学（Private University of Nanking）。
早期金陵大学的教材、图书杂志、教学仪器以至生活设施都来自美国，校长、教务长、各系主任、教授也以外国人为主。金大课程设置偏重于西方科学与文化，日常教学用语除国文和经史等课程外都用英语，文娱活动场所、实验室内、运动场上，甚至学生助威的啦啦队亦不例外。1927年3月，在“打倒帝国主义”的声浪之下，北伐军在南京与外国人冲突，金陵大学副校长文怀恩（J. E. Williams）被一士兵杀害，随后英美军舰在长江江面上向南京城内发炮。不久以后，国民政府在南京成立，发起收回教育主权运动，要求外国在华大学须由中国人担任校长。1928年，金陵大学在国民政府教育部呈请立案，是第一个向中国政府请求立案并获批准的教会大学。陈裕光出任校长，增聘中国教职，加强中文、地理、历史的教学，并将宗教课由必修课改为选修课，尊重信仰自由，但学校的财政和决策权力依然由美国人掌握。美國加利福尼亞大學在1928年外人在华所办大学作ABC编类，金陵大学是教會大學中唯一的A類，燕京大學为B類，其他教会大學均屬C類。因此持有金陵大学學位的畢業生有資格直接進入美國大學的研究生院。1934年，金大被美國紐約州立大學承認了與其他國際間之大學同等學術地位，並能頒發獲國際認可之學士和碩士學位。
农科 1911年江南省一带暴雨成灾，“二十余州县灾民三百万人，已饿死者约七八十万人，奄奄待毖者约四五十万人”，金陵大学教习裴义理（Joseph Bailie）“深感农业改进之重要”，和张謇等人发起成立“中国义农会”，得到孙中山、袁世凯、黄兴、黎元洪等三十位民国要人“竭力襄助”，由华洋董事组成董事会，故又称“华洋义赈会”。在华洋义赈会以工代赈活动中，裴义理继感农林人才缺乏，乃于1914年在金陵大学创设农科，次年设林科，再一年合并为农林科，裴义理任主任。1917年裴义理辞职返美，芮思娄（J. H. Reisner）任农林科主任。1918年，与“万国蚕桑合众改良会”合作成立蚕桑学系，由吴伟士（C. W. Woodworth）主持。这一年，农科首届毕业生李积新、陈桢、叶元鼎、徐澄、潘健卿、赵叔愚六人毕业。1921年设立农业经济学系，由卜凯（J. L. Buck）主持。1930年农林科改为农学院，谢家声任院长。金陵大学农学院采用“教育、研究与推广”三位一体，推动了中国农业的近代化。据美国学者杰西·卢茨所著的《中国教会大学史》，1949年前，金大毕业生一度领导着中国农林部7个技术部门中的5个、5所国立研究所中的3所，1950年代后在以“经济复兴”为号召的台湾农业界，相当部分骨干是金大毕业生。
中国文化 金陵大学有许多对中国文化感兴趣的外国学者，1927年陈裕光当选校长，以美国工业家霍尔（C. M. Hall）後人的捐款创办中国文化研究所，聘徐养秋主持，在史学、哲学、语言学、考古学、民族学、文法学、目录学、国画研究及海外汉学研究等方面都有建树。1934年，金陵大学成立国学研究班，导师有胡小石、胡翔冬、黄侃、吴梅、汪辟疆、商承祚等人。词人沈祖棻是国学班的首届毕业生。
赛珍珠（执教），普利策奖和诺贝尔文学奖获得者，曾任美国作家协会主席
