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胺基酸

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α-胺基酸的未游離形式的一般結構。
Table of Amino Acids.
真核生物發現的21種蛋白原α胺基酸,根據其側鏈的pKa值和在生理生理pH 7.4值攜帶電荷分組
多肽是鏈狀的胺基酸
苯丙胺酸是標準胺基酸的一種

胺基酸(英語:amino acid)是生物學上重要的有機化合物,由胺基(-NH2)和羧基(-COOH)兩個官能團與一個側鏈組成。胺基酸是構成蛋白質的基本單位,賦予蛋白質特定的分子結構形態,使其分子具有生化活性(biochemical activity)。蛋白質是生物體重要的生物活性分子(bioactive molecule),包括催化新陳代謝(又稱「酵素」)。

根據胺基連結在羧酸中的碳原子的位置,可將蛋白質分為αβγδ……等類型。在人工合成胺基酸成功以前,胺基酸主要來源於蛋白質水解,而天然蛋白質水解所得的胺基酸大多為α-胺基酸,因此在生化領域,「胺基酸」默認指α-胺基酸。至於β、γ、δ……ω等胺基酸,在生化研究中用途較少,大都用於有機合成石油化工醫療等方面。

不同的胺基酸脫水縮合形成(peptide),其縮合產生的醯胺鍵稱肽鍵。肽雖然和蛋白質在化學本質上除了聚合的長度外沒什麼不同,但是往往不像蛋白質有多級構造與特定功能。

歷史

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1800年代初期,人們就發現了幾種胺基酸[1][2]。1806年,法國化學家發現了天門冬醯胺,這是第一種被發現的胺基酸。1810年,胱胺酸被發現。1820年,甘胺酸白胺酸被發現。1935年,蘇胺酸被發現[3][4]

基本結構

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在化學中,胺基酸指的是結構中含有胺基(-NH2 )和羧基(-COOH)的有機化合物。根據胺基連結在羧酸中碳原子的位置,可分為αβγδ……等等的胺基酸:α胺基酸的胺基和羧基連在同一個碳原子上,β胺基酸的胺基和羧基連在相鄰的碳原子上,以此類推。 在生物學中,胺基酸通常特指α胺基酸,即胺基和羧基直接連接在同一個-CH-結構上的胺基酸,其通式是H2NCHRCOOH(R代表某種有機取代基)。

蛋白質經水解後,即生成20種胺基酸,如甘胺酸(Glycine)、丙胺酸(Alanine)、纈胺酸(Valine)、亮胺酸(Leucine)、異亮胺酸(Isoleucine)、苯丙胺酸(Phenylalanine)、色胺酸(Tryptophan)、酪胺酸(Tyrosine)、天門冬胺酸(Aspartate)、組織胺酸(Histidine)、天門冬醯胺(Asparagine)、麩胺酸(Glutamate)、賴胺酸(Lysine)、谷胺醯胺(Glutamine)、甲硫胺酸(Methionine)、精胺酸(Arginine)、絲胺酸(Serine)、蘇胺酸(Threonine)、半胱胺酸(Cysteine)、脯胺酸(Proline)等等。

分類

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根據其結合基團不同。可分為脂肪族胺基酸、芳香族胺基酸、雜環胺基酸、無環胺基酸(acyclic)、性胺基酸、含胺基酸、含羥基(醇)胺基酸、含胺基酸等。

理化特性

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兩個胺基酸縮合通過肽鍵形成的二肽
  1. 天然的胺基酸都是無色結晶熔點約在230℃以上,熔融分解並放出CO2;都能溶於強酸強鹼溶液中,除胱胺酸酪胺酸二碘甲狀腺素英語Diiodotyrosine外,均易溶於水;除脯胺酸羥脯胺酸外,均難溶於乙醇乙醚
  2. 具有兩性。有鹼性[二元胺基一元羧酸,例如賴胺酸(lysine)];酸性[一元胺基二元羧酸,例如穀胺酸(Glutamic acid)];中性[一元胺基一元羧酸,例如丙胺酸(Alanine)]三種類型。大多數胺基酸都呈顯不同程度的酸性鹼性,呈顯中性的較少。所以既能與酸結合成,也能與鹼結合成鹽。
  3. 除甘胺酸外,因不對稱碳的關係,胺基酸呈旋光性。特別地,在生物化學上,以甘油醛為基準依分子的絕對構型又分:D型和L型。組成天然蛋白質的胺基酸,都屬L型。

構成天然蛋白質的20種常見胺基酸列表

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縮寫 縮寫 全名 中文譯名 結構 支鏈 分子量 等電點 解離常數
(羧基)
解離常數
(胺基)
pKr(R) 其他
A Ala Alanine 丙胺酸 丙胺酸 Alanine 疏水性 89.09 6.11 2.35 9.87
C Cys Cysteine 半胱胺酸 半胱胺酸 Cysteine 親水性 121.16 5.05 1.92 10.70 8.37
D Asp Aspartate 天門冬胺酸 天冬胺酸 Aspartic acid 酸性 133.10 2.85 1.99 9.90 3.90
E Glu Glutamate 麩胺酸 麩胺酸 Glutamic acid 酸性 147.13 3.15 2.10 9.47 4.07
F Phe Phenylalanine 苯丙胺酸 苯丙胺酸 Phenylalanine 疏水性 165.19 5.49 2.20 9.31
G Gly Glycine 甘胺酸 甘胺酸 Glycine 疏水性 75.07 6.06 2.35 9.78 沒有旋光性
H His Histidine 組胺酸 組織胺酸 Histidine 鹼性 155.16 7.60 1.80 9.33 6.04
I Ile Isoleucine 異白胺酸 異亮胺酸 Isoleucine 疏水性 131.17 6.05 2.32 9.76
K Lys Lysine 離胺酸 離胺酸 Lysine 鹼性 146.19 9.60 2.16 9.06 10.54
L Leu Leucine 白胺酸 亮胺酸 Leucine 疏水性 131.17 6.01 2.33 9.74
M Met Methionine 甲硫胺酸 甲硫胺酸 Methionine 疏水性 149.21 5.74 2.13 9.28 蛋白質合成時第一個胺基酸,
可能在轉譯過程被移除
N Asn Asparagine 天門冬醯胺 天冬醯胺 Asparagine 親水性 132.12 5.41 2.14 8.72
P Pro Proline 脯胺酸 脯胺酸 Proline 疏水性 115.13 6.30 1.95 10.64 會破壞蛋白質α螺旋結構
Q Gln Glutamine 麩醯胺酸 麩醯胺酸 Glutamine 親水性 146.15 5.65 2.17 9.13
R Arg Arginine 精胺酸 精胺酸 Arginine 鹼性 174.20 10.76 1.82 8.99 12.48
S Ser Serine 絲胺酸 絲胺酸 Serine 親水性 105.09 5.68 2.19 9.21
T Thr Threonine 蘇胺酸 蘇胺酸 Threonine 親水性 119.12 5.60 2.09 9.10
V Val Valine 纈胺酸 纈胺酸 Valine 疏水性 117.15 6.00 2.39 9.74
W Trp Tryptophan 色胺酸 色胺酸 Tryptophan 疏水性 204.23 5.89 2.46 9.41
Y Tyr Tyrosine 酪胺酸 酪胺酸 Tyrosine 親水性 181.19 5.64 2.20 9.21 10.46

標準胺基酸

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共20種,是組成生命體中的蛋白質的主要單元,第21和第22種胺基酸,硒半胱胺酸吡咯離胺酸,分別用通常的終止密碼子UGA和UAG編碼,出現在少數蛋白質中。

主要化學性質

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以下的分子量是根據各元素的同位素在自然界的豐度所做的平均值。此外由於形成肽鍵時,會減少一個水分子,因此蛋白質中單一胺基酸的分子量,比下表數值少了18.01524 Da。

胺基酸 分子量(Da pI pK1(α-COOH) pK2(α-+NH3
丙胺酸 89.09404 6.01 2.35 9.87
半胱胺酸 121.15404 5.05 1.92 10.70
硒半胱胺酸 169.06
天冬胺酸 133.10384 2.85 1.99 9.90
谷胺酸 147.13074 3.15 2.10 9.47
苯丙胺酸 165.19184 5.49 2.20 9.31
甘胺酸 75.06714 6.06 2.35 9.78
組胺酸 155.15634 7.60 1.80 9.33
異亮胺酸 131.17464 6.05 2.32 9.76
賴胺酸 146.18934 9.60 2.16 9.06
吡咯離胺酸 255.31
亮胺酸 131.17464 6.01 2.33 9.74
甲硫胺酸 149.20784 5.74 2.13 9.28
天冬醯胺 132.11904 5.41 2.14 8.72
脯胺酸 115.13194 6.30 1.95 10.64
谷胺醯胺 146.14594 5.65 2.17 9.13
精胺酸 174.20274 10.76 1.82 8.99
絲胺酸 105.09344 5.68 2.19 9.21
蘇胺酸 119.12034 5.60 2.09 9.10
纈胺酸 117.14784 6.00 2.39 9.74
色胺酸 204.22844 5.89 2.46 9.41
酪胺酸 181.19124 5.64 2.20 9.21

支鏈性質

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以下列表中的p𝘒ₐ值,可能與這些胺基酸在蛋白質內部時有所不同。

胺基酸 支鏈 疏水性 p𝘒ₐ 極性 電荷 芳香族
脂肪族
范德瓦爾斯半徑
丙胺酸 -CH3 XXX - - - - 67
半胱胺酸 -CH2SH XXX 8.18 - 酸性 - 86
硒半胱胺酸 -CH2SeH X 5.73 - - -
天冬胺酸 -CH2COOH - 3.90 X 酸性 - 91
穀胺酸 -CH2CH2COOH - 4.07 X 酸性 - 109
苯丙胺酸 -CH2C6H5 X - - - 芳香性 135
甘胺酸 -H X - - - - 48
組胺酸 -CH2-C3H3N2 - 6.04 X 弱鹼性 芳香性 118
異亮胺酸 -CH(CH3)CH2CH3 X - - - 脂肪性 124
離胺酸 -(CH2)4NH2 - 10.54 X 鹼性 - 135
吡咯離胺酸 -C12H21N3O3
亮胺酸 -CH2CH(CH3)2 X - - - 脂肪性 124
甲硫胺酸 -CH2CH2SCH3 X - - - - 124
天冬醯胺 -CH2CONH2 - - X - - 96
脯胺酸 -CH2CH2CH2- X - - - - 90
穀胺醯胺 -CH2CH2CONH2 - - X - - 114
精胺酸 -(CH2)3NH-C(NH)NH2 - 12.48 X 鹼性 - 148
絲胺酸 -CH2OH - - X - - 73
蘇胺酸 -CH(OH)CH3 - - X 弱酸性 - 93
纈胺酸 -CH(CH3)2 X - - - 脂肪性 105
色胺酸 -CH2-C8H6N X - - - 芳香性 163
酪胺酸 -CH2-C6H4OH X 10.46 X - 芳香性 141

基因表現與生物化學

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胺基酸 短寫 縮寫 密碼子 在蛋白質中
出現頻率(%)
對人類的必需性
丙胺酸 A Ala GCU, GCC, GCA, GCG 7.8 -
半胱胺酸 C Cys UGU, UGC 1.9 -
硒半胱胺酸 U Sec UGA -
天冬胺酸 D Asp GAU, GAC 5.3 -
穀胺酸 E Glu GAA, GAG 6.3 -
苯丙胺酸 F Phe UUU, UUC 3.9 X
甘胺酸 G Gly GGU, GGC, GGA, GGG 7.2 -
組胺酸 H His CAU, CAC 2.3 -
異亮胺酸 I Ile AUU, AUC, AUA 5.3 X
離胺酸 K Lys AAA, AAG 5.9 X
吡咯離胺酸 O Pyl UAG
亮胺酸 L Leu UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG 9.1 X
甲硫胺酸 M Met AUG 2.3 X
天冬醯胺 N Asn AAU, AAC 4.3 -
脯胺酸 P Pro CCU, CCC, CCA, CCG 5.2 -
谷胺醯胺 Q Gln CAA, CAG 4.2 -
精胺酸 R Arg CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG 5.1 -
絲胺酸 S Ser UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC 6.8 -
蘇胺酸 T Thr ACU, ACC, ACA, ACG 5.9 X
纈胺酸 V Val GUU, GUC, GUA, GUG 6.6 X
色胺酸 W Trp UGG 1.4 X
酪胺酸 Y Tyr UAU, UAC 3.2 -
終止編碼 - Term UAA, UAG, UGA - -

必需胺基酸

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人體消化吸收以及利用的胺基酸只有20種。其中有8種胺基酸(嬰兒為9種)是成人體內不能合成或合成速度不能滿足機體的需要,必須從膳食補充的胺基酸稱為必需胺基酸(EAA),即亮胺酸異亮胺酸纈胺酸甲硫胺酸苯丙胺酸色胺酸蘇胺酸賴胺酸組胺酸為小兒生長發育期間的必需胺基酸,胱胺酸酪胺酸牛磺酸早產兒所必需。其他14種非必需胺基酸可以用葡萄糖或是別的礦物質來源製造。

肉類中的蛋白質是完全蛋白質,可以提供人體所需的全部胺基酸種類,瘦豬肉的蛋白質含量約為10%至17%,肥豬肉則只有2.2%;瘦牛肉為20%左右,肥牛肉為15.1%;瘦羊肉17.3%,肥羊肉9.3%;兔肉21.2%;雞肉23.3%;鴨肉16.5%;鵝肉10.8%。肉類的蛋白質經過烹調,有一部分會散在肉湯中,也有一部分水解成胺基酸,溶於肉湯裡,故烹調好的肉湯味道鮮美而富於營養。

胺基酸的分解代謝

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在人體中胺基酸中的氮元素以尿素循環的方式變成尿素隨尿液或汗液排出體外,而在其他動物中可以銨根、尿素尿酸形式排除體外,或以醯胺的形式儲存。某些胺基酸可以通過特殊代謝途徑轉變成其他含氮物質如嘌呤、嘧啶、紫質、某些激素、色素、生物鹼等。胺基酸的分解代謝主要在肝臟中進行。主要方式有氧化去胺基、聯合去胺基等,以聯合去胺基為主。聯合去胺基的作用機理是在相應轉胺酶作用下生成麩胺酸,再由麩胺酸去氫酶催化氧化。α-胺基酸去胺生成的α-酮酸可以再合成胺基酸或轉變為醣類和脂質,亦可經轉化後進入三羧酸循環氧化供能。能轉變為糖的稱生糖胺基酸;能轉變為酮體的稱生酮胺基酸;兩者兼可的稱生糖生酮胺基酸。標準胺基酸中,白胺酸離胺酸為生酮胺基酸,色胺酸異白胺酸蘇胺酸苯丙胺酸酪胺酸為生糖生酮胺基酸,其餘為生糖胺基酸。

次要編碼胺基酸

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通常的中止密碼子UGA(硒半胱胺酸)和UAG(吡咯離胺酸)編碼的胺基酸,出現在少數蛋白質中。

縮寫 縮寫 全名 中文譯名 結構 支鏈 分子量 等電點 解離常數
(羧基)
解離常數
(胺基)
pKr(R) 其他
U Sec Selenocysteine 硒半胱胺酸 硒半胱胺酸 Selenocysteine 親水性
O Pyl Pyrrolysine 吡咯離胺酸 吡咯離胺酸 Pyrrolysine 鹼性

其它胺基酸

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參考文獻

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引用

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  1. ^ Vickery HB, Schmidt CL. The history of the discovery of the amino acids. Chem. Rev. 1931, 9 (2): 169–318. doi:10.1021/cr60033a001. 
  2. ^ Hansen S. Die Entdeckung der proteinogenen Aminosäuren von 1805 in Paris bis 1935 in Illinois (PDF). Berlin. May 2015. (原始內容 (PDF)存檔於1 December 2017) (德語). 
  3. ^ Simoni RD, Hill RL, Vaughan M. The discovery of the amino acid threonine: the work of William C. Rose [classical article]. The Journal of Biological Chemistry. September 2002, 277 (37): E25 [4 July 2015]. PMID 12218068. doi:10.1016/S0021-9258(20)74369-3可免費查閱. (原始內容存檔於10 June 2019). 
  4. ^ McCoy RH, Meyer CE, Rose WC. Feeding Experiments with Mixtures of Highly Purified Amino Acids. VIII. Isolation and Identification of a New Essential Amino Acid. Journal of Biological Chemistry. 1935, 112: 283–302. doi:10.1016/S0021-9258(18)74986-7可免費查閱. 

來源

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延伸閱讀

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參閱

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外部連結

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