墨脫一帶古稱“白瑪崗”(藏語:པད་མ་སྒང,威利转写:pad ma sgang)或“博隅白马岗”(藏語:སྦས་ཡུལ་པད་མ་སྒང,威利转写:sbas yul pad ma sgang),意为“莲花秘境”。618年吐蕃控制了珞瑜地区,十八世紀前期,門巴族開始从门隅和主隅地区东遷入墨脫的珞巴族地區。清乾隆四十五年(1780年),八世达赖喇嘛强白嘉措派塔布地区达拉甘布寺的喇嘛甘布巴到白玛岗传教,建立了仁青崩寺。清光绪七年(1881年)波密土王在墨脫地東村設立地東宗,下设5措,因地東缺水,1919年將宗政府遷至墨脫村,並改地東宗為墨脫宗。1930年,噶厦政府擊敗波密土王,将格当地区分给松宗寺管辖,把帮辛地区分给倾多寺管辖,将墨脱地区分给色拉寺管辖,三寺各自建宗。1951年4月25日,中国人民解放军第18军将波密、珞瑜、工布三地区划属波密分工委管辖。1959年7月23日,墨脱县属塔工分工委所辖,同年8月27日,墨脱县委、县政府在米林县派区正式成立。1960年2月24日,塔工分工委改名林芝分工委,墨脱县属其管辖。1964年7月,墨脱县划归拉萨市管辖。1986年2月1日,墨脱县划归林芝地区管辖。1988年撤区并乡,共建立8个乡、59个行政村。1988年5月,成立达木珞巴民族乡。1999年,撤销墨脱乡,建立墨脱镇。2015年3月,撤销林芝地区,设立地级林芝市,墨脱县属林芝市辖县。[2]