細菌分類表

本表以LPSN網站的分類爲基礎（當前版本2008年1月7日），本分類代表原核生物分類的權威雜誌IJSEM （页面存档备份，存于互联网档案馆）的分類系統，同时参考NCBI Taxonomy （页面存档备份，存于互联网档案馆），但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版，拉丁文意譯參考原核生物名稱(英文)網站。翻譯問題歡迎在原文中添加或者在討論頁中提出。

本表列到屬級。 後面帶*者爲尚未被IJSEM雜誌確認的分類。

參見：細菌。

酸桿菌門(Acidobacteria)

酸桿菌綱(Acidobacteria)

1. 酸桿菌目(Acidobacteriales)
   1. 酸桿菌科(Acidobacteriaceae)
      1. 酸桿菌屬(Acidobacterium)
      2. 土壤桿菌屬(Edaphobacter)
      3. (Terriglobus)

全噬菌綱(Holophagae)

1. 石鱉桿菌目(Acanthopleuribacterales)
   1. 石鱉桿菌科(Acanthopleuribacteraceae)
      1. 石鱉桿菌屬(Acanthopleuribacter)
2. 全噬菌目(Holophagales)
   1. 全噬菌科(Holophagaceae)
      1. 地髮菌屬(Geothrix)
      2. 全噬菌屬(Holophaga)

放線菌門(Actinobacteria)（高G+C革蘭氏陽性菌）

放線菌綱(Actinobacteria)

1. 酸微菌亞綱(Acidimicrobidae)
   1. 酸微菌目(Acidimicrobiales)
      1. 酸微菌亞目(Acidimicrobineae)
         1. 酸微菌科(Acidimicrobiaceae)
            1. 酸微菌屬(Acidimicrobium)
         2. (Iamiaceae)
            1. (Iamia)
2. 放線菌亞綱(Actinobacteridae)
   1. 放線菌目(Actinomycetales)
      1. 放線菌亞目(Actinomycineae)
         1. 放線菌科(Actinomycetaceae)
            1. 放線棒菌屬(Actinobaculum)
            2. 放線菌屬(Actinomyces)
            3. 隱秘桿菌屬(Arcanobacterium)
            4. 镰弧菌属(Falcivibrio)
            5. 動彎桿菌屬(Mobiluncus)
            6. (Varibaculum)
      2. (Actinopolysporineae)
         1. (Actinopolysporaceae)
            1. (Actinopolyspora)
      3. (Catenulisporineae)
         1. (Actinospicaceae)
            1. (Actinospica)
         2. (Catenulisporaceae)
            1. (Catenulispora)
      4. 棒桿菌亞目(Corynebacterineae)
         1. 棒桿菌科(Corynebacteriaceae)
            1. (Bacterionema)
            2. (Caseobacter)
            3. 棒桿菌屬(Corynebacterium)
            4. (Turicella)
         2. 迪茨氏菌科(Dietziaceae)
            1. 迪茨氏菌屬(Dietzia)
         3. 分枝桿菌科(Mycobacteriaceae)
            1. 分枝桿菌屬(Mycobacterium) （含結核桿菌）
         4. 諾卡氏菌科(Nocardiaceae)
            1. 戈登氏菌屬(Gordonia)
            2. (Micropolyspora)
            3. (Millisia)
            4. 諾卡氏菌屬(Nocardia)
            5. 紅球菌屬(Rhodococcus)
            6. 斯科曼氏菌屬(Skermania)
            7. (Williamsia)
            8. (Smaragdicoccus)
         5. (Segniliparaceae)
            1. (Segniliparus)
         6. 束村氏菌科(Tsukamurellaceae)
            1. 束村氏菌屬(Tsukamurella)
      5. 弗蘭克氏菌亞目(Frankineae)
         1. 酸熱菌科(Acidothermaceae)
            1. 酸熱菌屬(Acidothermus)
         2. 弗蘭克氏菌科(Frankiaceae)
            1. 弗蘭克氏菌屬(Frankia)
         3. 地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)
            1. 芽球菌屬(Blastococcus)
            2. 地嗜皮菌屬(Geodermatophilus)
            3. (Modestobacter)
         4. (Kineosporiaceae)
            1. (Cryptosporangium)
            2. (Kineococcus)
            3. (Kineosporia)
         5. (Nakamurellaceae)
            1. (Humicoccus)
            2. (Nakamurella)
            3. (Quadrisphaera)
         6. 孢魚菌科(Sporichthyaceae)
            1. 孢魚菌屬(Sporichthya)
      6. 糖黴菌亞目(Glycomycineae)
         1. 糖黴菌科(Glycomycetaceae)
            1. 糖黴菌屬(Glycomyces)
            2. (Stackerbrandtia)
      7. 微球菌亞目(Micrococcineae)
         1. 獲山氏菌科(Beutenbergiaceae)
            1. 獲山氏菌屬(Beutenbergia)
            2. 喬治菌屬(Georgenia)
            3. 薩勒河菌屬(Salana)
         2. 博戈里亞湖菌科(Bogoriellaceae)
            1. 博戈里亞湖菌屬(Bogoriella)
         3. 短桿菌科(Brevibacteriaceae)
            1. 短桿菌屬(Brevibacterium)
         4. 纖維素單胞菌科(Cellulomonadaceae)
            1. 纖維素單胞菌屬(Cellulomonas)
            2. 厄氏菌屬(Oerskovia)
            3. (Tropheryma)
         5. (Dermabacteraceae)
            1. (Brachybacterium)
            2. (Dermabacter)
         6. (Dermacoccaceae)
            1. (Demetria)
            2. (Dermacoccus)
            3. (Kytococcus)
         7. (Dermatophilaceae)
            1. (Dermatophilus)
            2. (Kineosphaera)
         8. (Intrasporangiaceae)
            1. (Arsenicicoccus)
            2. (Humihabitans)
            3. (Intrasporangium)
            4. (Janibacter)
            5. (Knoellia)
            6. (Kribbia)
            7. (Lapillicoccus)
            8. (Ornithinicoccus)
            9. (Ornithinimicrobium)
            10. (Oryzihumus)
            11. (Serinicoccus)
            12. (Terrabacter)
            13. (Terracoccus)
            14. (Tetrasphaera)
         9. (Jonesiaceae)
            1. (Jonesia)
         10. (Microbacteriaceae)
             1. (Agreia)
             2. (Agrococcus)
             3. (Agromyces)
             4. (Aureobacterium)
             5. (Clavibacter)
             6. (Cryobacterium)
             7. (Curtobacterium)
             8. (Frigoribacterium)
             9. (Frondicola)
             10. (Gulosibacter)
             11. (Labedella)
             12. (Leifsonia)
             13. (Leucobacter)
             14. (Microbacterium)
             15. (Microcella)
             16. (Mycetocola)
             17. (Okibacterium)
             18. (Plantibacter)
             19. (Pseudoclavibacter)
             20. (Rathayibacter)
             21. (Rhodoglobus)
             22. (Salinibacterium)
             23. (Subtercola)
             24. (Yonghaparkia)
             25. (Zimmermannella)
         11. 微球菌科(Micrococcaceae)
             1. (Acaricomes)
             2. 節桿菌屬(Arthrobacter)
             3. (Citricoccus)
             4. (Kocuria)
             5. 微球菌屬(Micrococcus)
             6. (Nesterenkonia)
             7. (Renibacterium)
             8. 羅氏菌屬(Rothia)
             9. 口腔球菌屬(Stomatococcus)
             10. 劉志恆菌屬(Zhihengliuella)
         12. (Promicromonosporaceae)
             1. (Cellulosimicrobium)
             2. (Isoptericola)
             3. (Myceligenerans)
             4. (Promicromonospora)
             5. (Xylanibacterium)
             6. (Xylanimonas)
         13. (Rarobacteraceae)
             1. (Rarobacter)
         14. (Sanguibacteraceae)
             1. 血桿菌屬(Sanguibacter)
         15. (Yaniaceae)
             1. (Yania)
         16. 科未定
             1. (Actinotalea)
             2. (Demequina)
             3. (Phycicoccus)
             4. (Ruania)
      8. 微單孢菌亞目(Micromonosporineae)
         1. 微單孢菌科(Micromonosporaceae)
            1. (Actinocatenispora)
            2. (Actinoplanes)
            3. (Amorphosporangium)
            4. (Ampullariella)
            5. (Asanoa)
            6. (Catellatospora)
            7. (Catenuloplanes)
            8. (Couchiolanes)
            9. (Dactylosporangium)
            10. (Krasilnikovia)
            11. (Longispora)
            12. (Luedemannella)
            13. 微單孢菌屬(Micromonospora)
            14. (Pilimelia)
            15. (Planopolyspora)
            16. (Polymorphospora)
            17. (Salinispora)
            18. (Spirilliplanes)
            19. (Verrucosispora)
            20. (Virgisporangium)
      9. 丙酸桿菌亞目(Propionibacterineae)
         1. (Nocardioidaceae)
            1. (Actinopolymorpha)
            2. (Aeromicrobium)
            3. (Friedmanniella)
            4. (Hongia)
            5. (Kribbella)
            6. (Marmoricola)
            7. (Micropruina)
            8. (Nocardioides)
            9. (Pimelobacter)
            10. (Propionicicella)
            11. (Propionicimonas)
         2. 丙酸桿菌科(Propionibacteriaceae)
            1. 河口微菌屬(Aestuariimicrobium)
            2. (Arachnia)
            3. (Brooklawnia)
            4. (Granulicoccus)
            5. 江氏菌屬(Jiangella)
            6. (Luteococcus)
            7. (Microlunatus)
            8. 丙酸桿菌屬(Propionibacterium)
            9. (Propioniferax)
            10. (Propionimicrobium)
            11. (Tessaracocccus)
      10. (Pseudonocardineae)
          1. (Actinosynnemataceae)
             1. (Actinokineospora)
             2. (Actinosynnema)
             3. (Lechevalieria)
             4. (Lentzea)
             5. (Saccharothrix)
             6. (Umezawaea)
          2. (Pseudonocardiaceae)
             1. (Actinoalloteichus)
             2. (Actinobispora)
             3. (Amycolata)
             4. (Amycolatopsis)
             5. (Crossiella)
             6. (Faenia)
             7. (Goodfellowia)
             8. (Kibdelosporangium)
             9. (Kutzneria)
             10. (Prauserella)
             11. (Pseudoamycolata)
             12. (Pseudonocardia)
             13. (Saccharomonospora)
             14. (Saccharopolyspora)
             15. (Streptoalloteichus)
             16. (Thermobispora)
             17. (Thermocrispum)
      11. 鏈黴菌亞目(Streptomycineae)
          1. 鏈黴菌科(Sterptomycetaceae)
             1. (Actinopycnidium)
             2. (Actinosporangium)
             3. (Chainia)
             4. (Elytrosporangium)
             5. 北里菌屬(Kitasatoa)
             6. 北里孢菌屬(Kitasatospora)
             7. (Microellobosporia)
             8. (Streptacidiphilus)
             9. 鏈黴菌屬(Streptomyces)
             10. (Streptoverticillium)
      12. (Streptosporangineae)
          1. (Nocardiopsaceae)
             1. (Nocardiopsis)
             2. (Streptomonospora)
             3. (Thermobifida)
          2. (Streptosporangiaceae)
             1. (Acrocarpospora)
             2. (Herbidospora)
             3. (Microbispora)
             4. (Microtetraspora)
             5. (Nonomuraea)
             6. (Planobispora)
             7. (Planomonospora)
             8. (Planotetraspora)
             9. (Sphaerisporangium)
             10. (Streptosporangium)
             11. (Thermopolyspora)
          3. (Thermomonosporaceae)
             1. 珊瑚状放线菌屬(Actinocorallia)
             2. (Actinomadura)
             3. (Excellospora)
             4. (Spirillospora)
             5. (Thermomonospora)
   2. 雙歧桿菌目(Bifidobacteriales)
      1. 雙歧桿菌科(Bifidobacteriaceae)
         1. (Aeriscardovia)
         2. (Alloscardovia)
         3. 雙歧桿菌屬(Bifidobacterium)
         4. (Gardnerella)
         5. (Metascardovia)
         6. (Parascardovia)
         7. (Scardovia)
      2. 科未定
3. (Coriobacteridae)
   1. (Coriobacteriales)
      1. (Coriobacterineae)
         1. (Coriobacteriaceae)
            1. 奇異菌屬(Atopobium)
            2. (Collinsella)
            3. (Coriobacterium)
            4. (Cryptobacterium)
            5. (Denitrobacterium)
            6. (Eggerthella)
            7. (Olsenella)
            8. (Slackia)
4. 紅色桿菌亞綱(Rubrobacteridae)
   1. 紅色桿菌目(Rubrobacterales)
      1. 紅色桿菌亞目(Rubrobacterineae)
         1. (Conexibacteraceae)
            1. (Conexibacter)
         2. (Patulibacteraceae)
            1. (Patulibacter)
         3. 紅色桿菌科(Rubrobacteraceae)
            1. 紅色桿菌屬(Rubrobacter)
         4. (Solirubrobacteraceae)
            1. (Solirubrobacter)
         5. (Thermoleophilaceae)
            1. (Thermoleophilum)
5. 球形桿菌亞綱(Sphaerobacteridae)
   1. 球形桿菌目(Sphaerobacterales)
      1. 球形桿菌亞目(Sphaerobacterineae)
         1. 球形桿菌科(Sphaerobacteraceae)
            1. 球形桿菌屬(Sphaerobacter)

產水菌門(Aquificae)

產水菌綱(Aquificae)

1. 產水菌目(Aquificales)
   1. 產水菌科(Aquificaceae)
      1. 產水菌屬(Aquifex)
      2. (Calderobacterium)
      3. (Hydrogenivirga)
      4. (Hydrogenobacter)
      5. (Hydrogenobaculum)
      6. (Thermocrinis)
   2. 除硫桿菌科(Desulfurobacteriaceae)
      1. (Balnearium)
      2. 除硫桿菌屬(Desulfurobacterium)
      3. 熱弧菌屬(Thermovibrio)
   3. (Hydrogenothermaceae)
      1. (Hydrogenothermus)
      2. (Persephonella)
      3. (Sulfurihydrogenibium)

擬桿菌門(Bacteroidetes)

擬桿菌綱(Bacteroidetes)

1. 擬桿菌目(Bacteroidales)
   1. 擬桿菌科(Bacteroidaceae)
      1. (Acetomicrobium)
      2. (Anaerophaga)
      3. (Anaerorhabdus)
      4. 擬桿菌屬(Bacteroides)
      5. (Pontibacter)
   2. 紫單胞菌科(Porphyromonadaceae)
      1. (Barnesiella)
      2. (Capsularis)
      3. (Dysgonomonas)
      4. (Hallella)
      5. (Odoribacter)
      6. (Oribaculum)
      7. (Paludibacter)
      8. (Parabacteroides)
      9. 紫單胞菌屬(Porphyromonas) （多譯作“卟啉單胞菌”，但porphyro-應來源於希臘語“紫色”）
      10. (Proteiniphilum)
      11. (Tannerella)
      12. (Xylanibacter)
   3. 普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)
      1. 普雷沃氏菌屬(Prevotella) （或譯作“普氏菌”）
   4. 理研菌科(Rikenellaceae)
      1. (Alistipes)
      2. (Alkaliflexus)
      3. (Marinilabilia)
      4. (Petrimonas)
      5. 理研菌屬(Rikenella) （註：Riken是日語“理化學研究所”簡稱）
   5. 科未定
      1. (Acetofilamentum)
      2. (Acetothermus)

黃桿菌綱(Flavobacteria)

1. 黃桿菌目(Flavobacteriales)
   1. 蟑螂桿狀體科(Blattabacteriaceae)
      1. 蟑螂桿狀體屬(Blattabacterium)
   2. (Cryomorphaceae)
      1. (Algoriphagus)
      2. (Brumimicrobium)
      3. (Crocinitomix)
      4. (Cryomorpha)
      5. (Fluviicola)
      6. 李時珍菌屬(Lishizhenia)
      7. (Owenweeksia)
   3. 黃桿菌科(Flavobacteriaceae)
      1. (Actibacter)
      2. (Aequorivita)
      3. (Algibacter)
      4. (Aquimarina)
      5. (Arenibacter)
      6. 伯傑菌屬(Bergeyella)
      7. (Bizionia)
      8. 碳酸噬胞菌屬(Capnocytophaga) （註：多譯作“二氧化碳噬纖維菌屬”）
      9. 噬纖維素菌屬(Cellulophaga)
      10. 金黃桿菌屬(Chryseobacterium)
      11. (Cloacibacterium)
      12. (Coenonia)
      13. (Costertonia)
      14. (Croceibacter)
      15. 獨島菌屬(Dokdonia)
      16. 東海菌屬(Donghaeana)
      17. (Elizabethkingia)
      18. (Empedobacter)
      19. (Epilithonimonas)
      20. (Flaviramulus)
      21. 黃桿菌屬(Flavobacterium)
      22. (Formosa)
      23. 泥灘桿菌屬(Gaetbulibacter)
      24. 泥灘微菌屬(Gaetbulimicrobium)
      25. (Galbibacter)
      26. (Gelidibacter)
      27. (Gillisia)
      28. (Gilvibacter)
      29. 革蘭菌屬(Gramella)
      30. (Kaistella)
      31. (Kordia)
      32. (Krokinobacter)
      33. (Lacinutrix)
      34. 列文虎克菌屬(Leeuwenhoekiella)
      35. (Lutibacter)
      36. (Maribacter)
      37. (Mariniflexile)
      38. (Marixanthomonas)
      39. (Mesonia)
      40. (Muricauda)
      41. (Myroides)
      42. (Nonlabens)
      43. (Olleya)
      44. (Ornithobacterium)
      45. (Persicivirga)
      46. (Pibocella)
      47. 極地桿菌屬(Polaribacter)
      48. 冷彎菌屬(Psychroflexus)
      49. (Psychroserpens)
      50. (Riemerella)
      51. (Robiginitalea)
      52. (Salegentibacter)
      53. (Sandarakinotalea)
      54. (Sediminibacter)
      55. (Sediminicola)
      56. 世宗菌屬(Sejongia)
      57. (Stanierella)
      58. (Stenothermobacter)
      59. (Subsaxibacter)
      60. (Subsaximicrobium)
      61. (Tamlana)
      62. (Tenacibaculum)
      63. (Ulvibacter)
      64. (Vitellibacter)
      65. (Wautersiella)
      66. (Weeksella)
      67. (Winogradskyella)
      68. 麗水菌屬(Yeosuana)
      69. (Zeaxanthinibacter)
      70. 周氏菌屬(Zhouia)
      71. (Zobellia)
      72. 王祖農菌屬(Zunongwangia)

鞘脂桿菌綱(Sphingobacteria)

1. 鞘脂桿菌目(Sphingobacteriales)
   1. 泉髮菌科(Crenotrichaceae)
      1. (Balneola)
      2. (Chitinophaga)
      3. 泉髮菌屬(Crenothrix)
      4. (Rhodothermus)
      5. (Salinibacter)
      6. (Terrimonas)
      7. (Toxothrix)
   2. (Flammeovirgaceae)
      1. (Flammeovirga)
      2. (Flexithrix)
      3. (Perexilibacter)
      4. (Persicobacter)
      5. (Rapidithrix)
      6. (Sediminitomix)
      7. (Thermonema)
   3. 屈撓桿菌科(Flexibacteraceae)
      1. (Adhaeribacter)
      2. (Aquiflexum)
      3. (Arcicella)
      4. (Belliella)
      5. (Chimaereicella)
      6. (Cyclobacterium)
      7. 噬胞菌屬(Cytophaga) （註：目前多稱此屬爲“噬纖維菌屬”，此處依拉丁文）
      8. (Dyadobacter)
      9. (Echinicola)
      10. (Effluviibacter)
      11. (Emticicia)
      12. (Fabibacter)
      13. (Flectobacillus)
      14. 屈撓桿菌屬(Flexibacter)
      15. (Hongiella)
      16. (Hymenobacter)
      17. (Larkinella)
      18. (Leadbetterella)
      19. (Marinicola)
      20. (Meniscus)
      21. (Microscilla)
      22. (Niastella)
      23. (Persicitalea)
      24. (Reichenbachiella)
      25. (Rhodonellum)
      26. (Roseivirga)
      27. (Runella)
      28. (Spirosoma)
      29. 生孢噬胞菌屬(Sporocytophaga)
   4. 腐螺旋菌科(Saprospiraceae)
      1. (Aureispira)
      2. (Haliscomenobacter)
      3. (Lewinella)
      4. 腐螺旋菌屬(Saprospira)
   5. 鞘脂桿菌科(Sphingobacteriaceae)
      1. (Mucilaginibacter)
      2. (Olivibacter)
      3. (Parapedobacter)
      4. (Pedobacter)
      5. (Pseudosphingobacterium)
      6. 鞘脂桿菌屬(Sphingobacterium)
   6. 科未定
      1. (Niabella)

綱未定

1. (Flavisolibacter)
2. (Fulvivirga)
3. (Prolixibacter)
4. (Segetibacter)

衣原體門(Chlamydiae)

衣原體綱(Chlamydiae)

1. 衣原體目(Chlamydiales)
   1. 衣原體科(Chlamydiaceae)
      1. 衣原體屬(Chlamydia)
      2. 嗜衣體屬(Chlamydophila)
   2. 副衣原體科(Parachlamydiaceae)
      1. 新衣原體屬(Neochlamydia)
      2. 副衣原體屬(Parachlamydia)
   3. 芯卡體科(Simkaniaceae)
      1. 芯卡體屬(Simkania) （註：人名縮寫簡稱，此處用音譯）
      2. 棍衣原體屬(Rhabdochlamydia)*
   4. 華診體科(Waddliaceae)
      1. 華診體屬(Waddlia) （註：WADDL爲“華盛頓動物病診斷實驗室”縮寫）

綠菌門(Chlorobi)

綠菌綱(Chlorobia)

1. 綠菌目(Chlorobiales)
   1. 綠菌科(Chlorobiaceae)
      1. 臂綠菌屬(Ancalochloris)
      2. 綠棒菌屬(Chlorobaculum)
      3. 綠菌屬(Chlorobium)
      4. 綠爬菌屬(Chloroherpeton)
      5. 暗網菌屬(Pelodictyon)
      6. 突柄綠菌屬(Prosthecochloris)

綠彎菌門(Chloroflexi)

厭氧繩菌綱(Anaerolineae)

1. 厭氧繩菌目(Anaerolineales)
   1. 厭氧繩菌科(Anaerolineaceae)
      1. 厭氧繩菌屬(Anaerolinea)
      2. (Bellilinea)
      3. 纖繩菌屬(Leptolinea)
      4. (Levilinea)
      5. 長繩菌屬(Longilinea)

暖繩菌綱(Caldilineae)

1. 暖繩菌目(Caldilineales)
   1. 暖繩菌科(Caldilineaceae)
      1. 暖繩菌屬(Caldilinea)

綠彎菌綱(Chloroflexi)

1. 綠彎菌目(Chloroflexales)
   1. 綠彎菌科(Chloroflexaceae)
      1. 綠彎菌屬(Chloroflexus)
      2. 綠線菌屬(Chloronema)
      3. 太陽髮菌屬(Heliothrix)
      4. 玫瑰彎菌屬(Roseiflexus)
   2. 顫綠菌科(Oscillochloridaceae)
      1. 顫綠菌屬(Oscillochloris)
2. 爬管菌目(Herpetosiphonales)
   1. 爬管菌科(Herpetosiphonaceae)
      1. 爬管菌屬(Herpetosiphon)

產金菌門(Chrysiogenetes)

產金菌綱(Chrysiogenetes)

1. 產金菌目(Chrysiogenales)
   1. 產金菌科(Chrysiogenaceae)
      1. 產金菌屬(Chrysiogenes)

藍藻門(Cyanobacteria)

藍藻綱(Cyanobacteria)

註：目前有三套藍藻分類系統，分別爲NCBI、Bergey's手冊及Cavalier-Smith（2002年，僅分至目)。

本文採用的Bergey's手冊中藍藻内的分類，不論目科屬，均爲形態分類，其中目在手冊中爲“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名稱，此處目名稱爲習慣用法，科不列名稱；屬除Halospirulina和Trichodesmium之外均標爲“形態屬”(Form Genus)而非“屬”(Genus)。表中在形態分類後面加註"@"。預料不久的將來整個藍藻分類系統將會大調，與其它細菌統一爲系統發育分類系統。

此外，因漢語“藻”字可指多種水生光合產氧生物，包括多枝互不相關的原生生物甚至高等水生植物，此處仍用按照“藻”翻譯藍藻門(Cyanobacteria)細菌。但也可依據個人理念將名稱定爲“某菌”或“某藍菌”，但應注意避免與其餘細菌重名。

1. 第一目（色球藻目(Chroococcales)）@
   1. 第一科@
      1. 管孢藻屬(Chamaesiphon)@
      2. 色球藻屬(Chroococcus)@
      3. (Cyanobacterium)@
      4. (Cyanobium)@
      5. (Cyanothece)@
      6. 藍纖維藻屬(Dactylococcopsis)@
      7. (Gloeobacter)@
      8. 黏球藻屬(Gloeocapsa)@
      9. 黏桿藻屬(Gloeothece)@
      10. 微囊藻屬(Microcystis)@
      11. 原綠球藻屬(Prochlorococcus)@
      12. 原綠藻屬(Prochloron)@
      13. 聚球藻屬(Synechococcus)@
      14. 集胞藻屬(Synechocystis)@
2. 第二目（寬球藻目(Pleurocapsales)）@
   1. 第一科@
      1. (Cyanocystis)@
      2. (Dermocarpella)@
      3. (Stanieria)@
      4. 異球藻屬(Xenococcus)@
   2. 第二科@
      1. 擬色球藻屬(Chroococcidiopsis)@
      2. 黏囊藻屬(Myxosarcina)@
      3. 寬球藻屬(Pleurocapsa)@
3. 第三目（顫藻目(Oscillatoriales)）@
   1. 第一科@
      1. 節螺藻屬(Arthrospira)@ （包含商業化螺旋藻）
      2. (Borzia)@
      3. (Crinalium)@
      4. (Geitlerinema)@
      5. 鹽螺旋藻屬(Halospirulina)
      6. (Leptolyngbya)@
      7. (Limnothrix)@
      8. 鞘絲藻屬(Lyngbya)@
      9. 微鞘藻屬(Microcoleus)@
      10. 顫藻屬(Oscillatoria)@
      11. (Planktothrix)@
      12. 原綠髮藻屬(Prochlorothrix)@
      13. (Pseudanabaena)@
      14. 螺旋藻屬(Spirulina)@
      15. (Starria)@
      16. 束藻屬(Symploca)@
      17. 束毛藻屬(Trichodesmium)
      18. (Tychonema)@
4. 第四目（唸珠藻目(Nostocales)）@：亦作念珠藻目
   1. 第一科@
      1. 魚腥藻屬(Anabaena)@
      2. 項圈藻屬(Anabaenopsis)@
      3. 束絲藻屬(Aphanizomenon)@
      4. (Cyanospira)@
      5. (Cylindrospermopsis)@
      6. 筒孢藻屬(Cylindrospermum)@
      7. 節球藻屬(Nodularia)@
      8. 唸珠藻屬(Nostoc)@：亦作念珠藻屬
      9. 僞枝藻屬(Scytonema)@
   2. 第二科@
      1. 眉藻屬(Calothrix)@
      2. 膠鬚藻屬(Rivularia)@
      3. 單歧藻屬(Tolypothrix)@
5. 第五目（真枝藻目(Stigonematales)）@
   1. 第一科@
      1. (Chlorogloeopsis)@
      2. 費氏藻屬(Fischerella)@
      3. (Geitleria)@
      4. (Iyengariella)@
      5. 擬唸珠藻屬(Nostochopsis)@：亦作擬念珠藻屬
      6. 真枝藻屬(Stigonema)@

脫鐵桿菌門(Deferribacteres)

脫鐵桿菌綱(Deferribacteres)

1. 脫鐵桿菌目(Deferribacterales)
   1. [[脫鐵桿菌科(Deferribacteraceae)
      1. 脫鐵桿菌屬(Deferribacter)
      2. (Denitrovibrio)
      3. (Flexistipes)
      4. 地弧菌屬(Geovibrio)
      5. (Mucispirillum)
   2. 科未定
      1. 暖髮菌屬(Caldithrix)
      2. (Synergistes)

異常球菌-棲熱菌門(Deinococcus-Thermus)

異常球菌綱(Deinococci)

1. 異常球菌目(Deinococcales)
   1. 異常球菌科(Deinococcaceae)
      1. 異常桿菌屬(Deinobacter)
      2. 異常球菌屬(Deinococcus)
   2. 特呂珀菌科(Trueperaceae)
      1. 特呂珀菌屬(Truepera)
2. 棲熱菌目(Thermales)
   1. 棲熱菌科(Thermaceae)
      1. 海棲熱菌屬(Marinithermus)
      2. 亞棲熱菌屬(Meiothermus)
      3. 海洋棲熱菌屬(Oceanithermus)
      4. 棲熱菌屬(Thermus)
      5. 火山棲熱菌屬(Vulcanithermus)

網團菌門(Dictyoglomi)

網團菌綱(Dictyoglomi)

1. 網團菌目(Dictyoglomales)
   1. 網團菌科(Dictyoglomaceae)
      1. 網團菌屬(Dictyoglomus)

纖維桿菌門(Fibrobacteres)

纖維桿菌綱(Fibrobacteres)

1. 纖維桿菌目(Fibrobacterales)
   1. 纖維桿菌科(Fibrobacteraceae)
      1. 纖維桿菌屬(Fibrobacter)

厚壁菌門(Firmicutes)（低G+C革蘭氏陽性菌）

芽孢桿菌綱(Bacilli)

1. 芽孢桿菌目(Bacillales)
   1. (Alicyclobacillaceae)
      1. (Alicyclobacillus)
      2. (Pasteuria)
      3. (Sulfobacillus)
   2. 芽孢桿菌科(Bacillaceae)
      1. (Alkalibacillus)
      2. (Amphibacillus)
      3. (Anoxybacillus)
      4. 芽孢桿菌屬(Bacillus)
      5. (Caldalkalibacillus)
      6. (Cerasibacillus)
      7. (Exiguobacterium)
      8. (Filobacillus)
      9. (Geobacillus)
      10. (Gracilibacillus)
      11. (Halalkalibacillus)
      12. (Halobacillus)
      13. (Haloactibacillus)
      14. (Jeotgalibacillus)
      15. (Lentibacillus)
      16. (Lysinibacillus)
      17. (Marinibacillus)
      18. (Oceanobacillus)
      19. (Ornithinibacillus)
      20. (Paraliobacillus)
      21. (Paucisalibacillus)
      22. (Pelagibacillus)
      23. (Piscibacillus)
      24. (Pontibacillus)
      25. 糖球菌屬(Saccharococcus)
      26. (Salibacillus)
      27. (Salimicrobium)
      28. (Salinibacillus)
      29. (Salirhabdus)
      30. (Sasuginibacillus)
      31. (Tenuibacillus)
      32. (Terribacillus)
      33. (Thalassobacillus)
      34. (Ureibacillus)
      35. (Virgibacillus)
      36. (Vulcanibacillus)
   3. (Caryophanaceae)
      1. (Caryophanon)
   4. 李斯特氏菌科(Listeriaceae)
      1. 環絲菌屬(Brochothrix)
      2. 李斯特氏菌屬(Listeria)
   5. (Paenibacillaceae)
      1. (Ammoniphilus)
      2. (Aneurinibacillus)
      3. (Brevibacillus)
      4. (Cohnella)
      5. (Oxalophagus)
      6. (Paenibacillus)
      7. (Thermicanus)
      8. (Thermobacillus)
   6. (Planococcaceae)
      1. (Filibacter)
      2. (Kurthia)
      3. (Planococcus)
      4. (Planomicrobium)
      5. (Sporosarcina)
   7. 芽孢乳桿菌科(Sporolactobacillaceae)
      1. (Marinococcus)
      2. (Sinococcus)
      3. 芽孢乳桿菌屬(Sporolactobacillus)
      4. (Tuberibacillus)
   8. 葡萄球菌科(Staphylococcaceae)
      1. 孿生菌屬(Gemella)
      2. (Joetgalicoccus)
      3. (Macrococcus)
      4. (Salinicoccus)
      5. 葡萄球菌屬(Staphylococcus)
   9. (Thermoactinomycetaceae)
      1. (Laceyella)
      2. (Mechercharimyces)
      3. (Planifilum)
      4. (Seinonella)
      5. (Shimazuella)
      6. (Thermoactinomyces)
      7. (Thermoflavimicrobium)
   10. (Turicibacteraceae)
       1. (Turicibacter)
   11. 科未定
       1. (Pullulanibacillus)
2. 乳桿菌目(Lactobacillales)
   1. 氣球菌科(Aerococcaceae)
      1. (Abiotrophia)
      2. 氣球菌屬(Aerococcus)
      3. (Dolosicoccus)
      4. (Eremococcus)
      5. (Facklamia)
      6. (Globicatella)
      7. (Ignavigranum)
   2. 肉桿菌科(Carnobacteriaceae)
      1. (Agitococcus)
      2. (Alkalibacterium)
      3. (Allofustis)
      4. (Alloiococcus)
      5. (Atopococcus)
      6. (Atopostipes)
      7. 肉桿菌屬(Carnobacterium)
      8. 德庫菌屬(Desemzia) （DSMZ，德國微生物與細胞保藏中心）
      9. (Dolosigranulum)
      10. (Granulicatella)
      11. (Isobaculum)
      12. (Lactosphaera)
      13. (Marinilactibacillus)
      14. (Trichococcus)
   3. 腸球菌科(Enterococcaceae)
      1. (Atopobacter)
      2. (Catellicoccus)
      3. 腸球菌屬(Enterococcus)
      4. (Melissococcus)
      5. (Pilibacter)
      6. (Tetragenococcus)
      7. 漫遊球菌屬(Vagococcus)
   4. 乳桿菌科(Lactobacillaceae)
      1. 乳桿菌屬(Lactobacillus)
      2. (Paralactobacillus)
      3. 片球菌屬(Pediococcus)
   5. 明串珠菌科(Leuconostocaceae)
      1. 明串珠菌屬(Leuconostoc)
      2. (Oenococcus)
      3. (Weissella)
   6. 顫螺旋菌科(Oscillospiraceae)
      1. 顫桿菌屬(Oscillibacter)
      2. 顫螺旋菌屬(Oscillospira)
   7. 鏈球菌科(Streptococcaceae)
      1. 乳球菌屬(Lactococcus)
      2. (Lactovum)
      3. 鏈球菌屬(Streptococcus)
   8. 科未定
      1. (Acetoanaerobium)
      2. 互營球菌屬(Syntrophococcus)

梭菌綱(Clostridia)

1. 梭菌目(Clostridiales)
   1. 梭菌科(Clostridiaceae)
      1. (Acetanaerobacterium)
      2. (Acetivibrio)
      3. (Acidaminobacter)
      4. (Alkaliphilus)
      5. (Anaerobacter)
      6. (Anaerotruncus)
      7. (Anoxynatronum)
      8. (Bryantella)
      9. (Caloramator)
      10. (Caloranaerobacter)
      11. (Caminicella)
      12. (Clostridiisalibacter)
      13. 梭菌屬(Clostridium)
      14. (Coprobacillus)
      15. (Dorea)
      16. (Ethanoligenens)
      17. (Faecalibacterium)
      18. (Fastidiosipila)
      19. (Garciella)
      20. (Gracilibacter)
      21. (Guggenheimella)
      22. (Hespellia)
      23. (Natronincola)
      24. (Oxobacter)
      25. (Parasporobacterium)
      26. 八疊球菌屬(Sarcina)
      27. (Soehngenia)
      28. (Sporacetigenium)
      29. (Sporobacter)
      30. (Subdoligranulum)
      31. (Tepidibacter)
      32. (Tepidimicrobium)
      33. (Thermobrachium)
      34. (Thermohalobacter)
      35. (Tindallia)
   2. 優桿菌科(Eubacteriaceae)
      1. 醋桿菌屬(Acetobacterium)
      2. (Alkalibacter)
      3. (Anaerofustis)
      4. (Anaerovorax)
      5. 優桿菌屬(Eubacterium)
      6. (Mogibacterium)
      7. (Pseudoramibacter)
   3. 太陽桿菌科(Heliobacteriaceae)
      1. 太陽桿狀菌屬(Heliobacillus)
      2. [[太陽桿菌屬(Heliobacterium)
      3. 嗜日菌屬(Heliophilum)
      4. (Heliorestis)
   4. 毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)
      1. (Acetitomaculum)
      2. (Anaerofilum)
      3. (Anaerostipes)
      4. 丁酸弧菌屬(Butyrivibrio)
      5. (Catenibacterium)
      6. (Catonella)
      7. 糞球菌屬(Coprococcus)
      8. (Johnsonella)
      9. (Lachnobacterium)
      10. 毛螺旋菌屬(Lachnospira)
      11. (Moryella)
      12. (Oribacterium)
      13. 假丁酸弧菌屬(Pseudobutyrivibrio)
      14. (Roseburia)
      15. 瘤胃球菌屬(Ruminococcus)
      16. (Shuttleworthia)
      17. (Sporobacterium)
   5. 消化球菌科(Peptococcaceae)
      1. (Carboxydothermus)
      2. (Cryptanaerobacter)
      3. (Dehalobacter)
      4. (Desulfitobacterium)
      5. (Desulfonispora)
      6. (Desulfosporosinus)
      7. (Desulfotomaculum)
      8. (Pelotomaculum)
      9. 消化球菌屬(Peptococcus)
      10. (Syntrophobotulus)
      11. (Thermincola)
      12. (Thermoterrabacterium)
   6. 消化鏈球菌科(Peptostreptococcaceae)
      1. (Anaerococcus)
      2. (Filifactor)
      3. (Finegoldia)
      4. (Fusibacter)
      5. (Gallicola)
      6. (Helcococcus)
      7. 微單胞菌屬(Parvimonas) （原名Micromonas）
      8. (Peptoniphilus)
      9. 消化鏈球菌屬(Peptostreptococcus)
      10. (Sedimentibacter)
      11. (Sporanaerobacter)
      12. (Tissierella)
   7. 互營單胞菌科(Syntrophomonadaceae)
      1. (Aminiphilus)
      2. (Aminobacterium)
      3. (Aminomonas)
      4. (Anaerobaculum)
      5. (Anaerobranca)
      6. (Caldicellulosiruptor)
      7. (Carboxydocella)
      8. (Dethiosulfovibrio)
      9. (Pelospora)
      10. 互營單胞菌屬(Syntrophomonas)
      11. (Syntrophospora)
      12. 互營熱菌屬(Syntrophothermus)
      13. (Thermaerobacter)
      14. (Thermanaerovibrio)
      15. (Thermohydrogenium)
      16. (Thermosyntropha)
      17. (Thermovirga)
   8. 韋榮氏菌科(Veillonellaceae)
      1. (Acetonema)
      2. 氨基酸球菌屬(Acidaminococcus)
      3. (Allisonella)
      4. (Anaeroarcus)
      5. (Anaeroglobus)
      6. (Anaeromusa)
      7. (Anaerosinus)
      8. (Anaerovibrio)
      9. (Centipeda)
      10. (Dendrosporobacter)
      11. (Dialister)
      12. (Megamonas)
      13. (Megasphaera)
      14. 光岡菌屬(Mitsuokella)
      15. (Papillibacter)
      16. (Pectinatus)
      17. (Pelosinus)
      18. (Phascolarctobacterium)
      19. (Propionispira)
      20. (Propionispora)
      21. (Quinella)
      22. (Schwartzia)
      23. 新月形單胞菌屬(Selenomonas)
      24. 鼠孢菌属(Sporomusa)
      25. (Sporotalea)
      26. (Succiniclasticum)
      27. (Succinispira)
      28. (Thermosinus)
      29. 韋榮氏菌屬(Veillonella)
      30. (Zymophilus)
   9. 科未定
      1. (Anaerovirgula)
      2. (Dethiosulfatibacter)
      3. (Geosporobacter)
      4. (Howardella)
      5. (Proteiniborus)
2. 鹽厭氧菌目(Halanaerobiales)
   1. 鹽厭氧菌科(Halanaerobiaceae)
      1. 鹽厭氧菌屬(Halanaerobium)
      2. (Halocella)
      3. (Haloincola)
      4. (Halothermothrix)
   2. 鹽擬桿菌科(Halobacteroidaceae)
      1. (Acetohalobium)
      2. (Halanaerobacter)
      3. 鹽擬桿菌屬(Halobacteroides)
      4. (Halonatronum)
      5. (Natroniella)
      6. (Orenia)
      7. (Selenihalanaerobacter)
      8. (Sporohalobacter)
3. 鹽鹼厭氧菌目(Natranaerobiales)
   1. 鹽鹼厭氧菌科(Natranaerobiaceae)
      1. 鹽鹼厭氧菌屬(Natranaerobius)
4. 熱厭氧桿菌目(Thermoanaerobacteriales)
   1. 熱厭氧桿菌科(Thermoanaerobacteriaceae)
      1. (Acetogenium)
      2. (Ammonifex)
      3. (Caldanaerobacter)
      4. (Carboxydibrachium)
      5. (Coprothermobacter)
      6. (Desulfovirgula)
      7. (Gelria)
      8. (Mahella)
      9. (Moorella)
      10. (Sporotomaculum)
      11. (Tepidanaerobacter)
      12. (Thermacetogenium)
      13. 熱厭氧單胞菌屬(Thermanaeromonas)
      14. (Thermoanaerobacter)
      15. (Thermoanaerobium)
      16. (Thermoanaerobacterium)
      17. 熱厭氧菌屬(Thermoanaerobium)
      18. (Thermobacteroides)
      19. (Thermosediminibacter)
      20. (Thermovenabulum)
   2. 熱脫硫菌科(Thermodesulfobiaceae)
      1. 熱脫硫菌屬(Thermodesulfobium)
5. 目未定
   1. (Desulfitibacter)
   2. (Symbiobacterium)

熱石桿菌綱(Thermolithobacteria)

1. 熱石桿菌目(Thermolithobacterales)
   1. 熱石桿菌科(Thermolithobacteraceae)
      1. 熱石桿菌屬(Thermolithobacter)

梭桿菌門(Fusobacteria)

梭桿菌綱(Fusobacteria)

1. 梭桿菌目(Fusobacteriales)
   1. 梭桿菌科(Fusobacteriaceae)
      1. 梭桿菌屬(Fusobacterium)
      2. (Ilyobacter)
      3. 纖毛菌屬(Leptotrichia)
      4. (Propionigenium)
      5. (Sebaldella)
      6. (Sneathia)
      7. (Streptobacillus)
   2. 科未定
      1. (Cetobacterium)

芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)

芽單胞菌綱(Gemmatimonadetes)

1. 芽單胞菌目(Gemmatimonadales)
   1. 芽單胞菌科(Gemmatimonadaceae)
      1. 芽單胞菌屬(Gemmatimonas)

黏膠球形菌門(Lentisphaerae)

黏膠球形菌綱(Lentisphaerae)

1. 黏膠球形菌目(Lentisphaerales)
   1. 黏膠球形菌科(Lentisphaeraceae)
      1. 黏膠球形菌屬(Lentisphaera)
2. 食物谷菌目(Victivallales)
   1. 食物谷菌科(Victivallaceae)
      1. 食物谷菌屬(Victivallis)

硝化螺旋菌門(Nitrospirae)

硝化螺旋菌綱(Nitrospira)

1. 硝化螺旋菌目(Nitrospirales)
   1. 硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)
      1. 鈎端螺菌屬(Leptospirillum)
      2. 硝化螺旋菌屬(Nitrospira)
      3. 磁桿菌屬(Magnetobacterium)*
      4. 熱脫硫弧菌屬(Thermodesulfovibrio)

浮黴菌門(Planctomycetes)

浮黴菌綱(Planctomycetacia)

1. 浮黴菌目(Planctomycetales)
   1. 浮黴菌科(Planctomycetaceae)
      1. (Blastopirellula)
      2. (Gemmata)
      3. (Isosphaera)
      4. 小梨形菌屬(Pirellula)
      5. 浮黴菌屬(Planctomycetes)
      6. 紅小梨形菌屬(Rhodopirellula)
      7. (Schlesneria)
   2. 科未定 （均未能分離培養，見厭氧氨氧化菌）
      1. (Brocadia)*
      2. (Kuenenia)*
      3. (Scalindua)*

變形菌門(Proteobacteria)

α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)

1. 柄桿菌目(Caulobacterales)
   1. 柄桿菌科(Caulobacteraceae)
      1. (Asticcacaulis)
      2. 短波單胞菌屬(Brevundimonas)
      3. 柄桿菌屬(Caulobacter)
      4. 苯基桿菌屬(Phenylobacterium)
2. (Kordiimonadales)
   1. (Kordiimonadaceae)
      1. (Kordiimonas)
3. 短小盒菌目(Parvularculales)
   1. 短小盒菌科(Parvularculaceae)
      1. 短小盒菌屬(Parvularcula)
4. 根瘤菌目(Rhizobiales)
   1. 橙單胞菌科(Aurantimonadaceae)
      1. 橙單胞菌屬(Aurantimonas)
      2. (Fulvimarina)
      3. (Martelella)
   2. 巴通體科(Bartonellaceae)
      1. 巴通體屬(Bartonella)
      2. (Grahamella)
      3. (Rochalimaea)
   3. 拜葉林克氏菌科(Beijerinckiaceae)
      1. 拜葉林克氏菌屬(Beijerinckia)
      2. (Chelatococcus)
      3. (Methylocapsa)
      4. (Methylocella)
   4. 慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)
      1. 阿菲波菌屬(Afipia)
      2. 農單胞菌屬(Agromonas)
      3. (Balneimonas)
      4. 芽生桿菌屬(Blastobacter)
      5. (Bosea)
      6. 慢生根瘤菌屬(Bradyrhizobium)
      7. 硝化桿菌屬(Nitrobacter)
      8. (Oligotropha)
      9. (Rhodoblastus)
      10. 紅假單胞菌屬(Rhodopseudomonas)
   5. 布魯氏菌科(Brucellaceae)
      1. 布魯氏菌屬(Brucella)
      2. (Crabtreella)
      3. (Daeguia)
      4. 枝動菌屬(Mycoplana)
      5. 蒼白桿菌屬(Ochrobactrum)
      6. (Pseudochrobactrum)
   6. 黏著桿菌科(Cohaesibacteraceae)
      1. 黏著桿菌屬(Cohaesibacter)
   7. 生絲微菌科(Hyphomicrobiaceae)
      1. (Ancalomicrobium)
      2. (Angulomicrobium)
      3. 水桿菌屬(Aquabacter)
      4. 芽綠菌屬(Blastochloris)
      5. (Devosia)
      6. (Dichotomicrobium)
      7. (Filomicrobium)
      8. (Gemmiger)
      9. 生絲微菌屬(Hyphomicrobium)
      10. (Methylorhabdus)
      11. 土微菌屬(Pedomicrobium)
      12. 突柄微菌屬(Prosthecomicrobium)
      13. 紅微菌屬(Rhodomicrobium)
      14. (Rhodoplanes)
      15. (Seliberia)
   8. 甲基桿菌科(Methylobacteriaceae)
      1. (Meganema)
      2. 甲基桿菌屬(Methylobacterium)
      3. (Microvirga)
      4. (Protomonas)
   9. 甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)
      1. (Albibacter)
      2. 甲基孢囊菌屬(Methylocystis)
      3. (Methylopila)
      4. (Methylosinus)
      5. (Pleomorphomonas)
      6. (Terasakiella)
   10. 葉桿菌科(Phyllobacteriaceae)
       1. (Aminobacter)
       2. (Aquamicrobium)
       3. (Defluvibacter)
       4. (Hoeflea)
       5. 中慢生根瘤菌屬(Mesorhizobium)
       6. (Nitratireductor)
       7. 葉桿菌屬(Phyllobacterium)
       8. (Pseudaminobacter)
   11. 根瘤菌科(Rhizobiaceae)
       1. 土壤桿菌屬(Agrobacterium)
       2. 異根瘤菌屬(Allorhizobium)
       3. 嗜碳菌屬(Carbophilus)
       4. 螯合桿菌屬(Chelatobacter)
       5. 劍菌屬(Ensifer)
       6. (Kaistia)
       7. 韌皮桿菌屬(Liberibacter)*
       8. 根瘤菌屬(Rhizobium)
       9. 中華根瘤菌屬(Sinorhizobium)
   12. 紅菌科(Rhodobiaceae)
       1. (Anderseniella)
       2. (Parvibaculum)
       3. 紅菌屬(Rhodobium)
       4. 玫瑰螺菌屬(Roseospirillum)
   13. 黃色桿菌科(Xanthobacteraceae)
       1. (Ancylobacter)
       2. (Azorhizobium)
       3. (Labrys)
       4. (Pseudolabrys)
       5. (Starkeya)
       6. 黃色桿菌屬(Xanthobacter)
   14. 科未定
       1. (Sneathiella)
5. 紅桿菌目(Rhodobacterales)
   1. 生絲單胞菌科(Hyphomonadaceae)
      1. (Hirschia)
      2. 生絲單胞菌屬(Hyphomonas)
      3. (Maricaulis)
      4. (Oceanicaulis)
      5. (Robiginitomaculum)
   2. 紅桿菌科(Rhodobacteraceae)
      1. (Ahrensia)
      2. (Albidovulum)
      3. (Amaricoccus)
      4. (Antarctobacter)
      5. (Catellibacterium)
      6. (Citreicella)
      7. (Citreimonas)
      8. (Dinoroseobacter)
      9. (Donghicola)
      10. (Gemmobacter)
      11. (Haematobacter)
      12. (Jannaschia)
      13. (Ketogulonicigenium)
      14. (Labrenzia)
      15. (Leisingera)
      16. (Loktanella)
      17. (Maribius)
      18. (Marinovum)
      19. (Maritimibacter)
      20. (Methylarcula)
      21. (Nereida)
      22. (Nesiotobacter)
      23. (Oceanibulbus)
      24. 海洋生菌屬(Oceanicola)
      25. (Octadecabacter)
      26. (Palleronia)
      27. (Pannonibacter)
      28. 副球菌屬(Paracoccus)
      29. (Pelagibaca)
      30. (Phaeobacter)
      31. 假紅桿菌屬(Pseudorhodobacter)
      32. (Pseudovibrio)
      33. (Rhodobaca)
      34. 紅桿菌屬(Rhodobacter)
      35. (Rhodothalassium)
      36. 小紅卵菌屬(Rhodovulum)
      37. (Roseibacterium)
      38. (Roseibium)
      39. (Roseicyclus)
      40. (Roseinatronobacter)
      41. (Roseisalinus)
      42. (Roseivivax)
      43. 玫瑰桿菌屬(Roseobacter)
      44. (Roseovarius)
      45. (Rubellimicrobium)
      46. (Rubrimonas)
      47. (Ruegeria)
      48. (Sagittula)
      49. (Salipiger)
      50. (Shimia)
      51. (Silicibacter)
      52. (Staleya)
      53. (Stappia)
      54. (Sulfitobacter)
      55. (Tateyamaria)
      56. (Thalassobacter)
      57. (Thalassobius)
      58. (Thalassococcus)
      59. (Thioclava)
      60. 硫球形菌屬(Thiosphaera)
      61. (Wenxinia)
      62. 木洞菌屬(Woodsholea)
      63. 楊氏菌屬(Yangia)
6. 紅螺菌目(Rhodospirillales)
   1. 醋桿菌科(Acetobacteraceae)
      1. 醋桿菌屬(Acetobacter)
      2. (Acidicaldus)
      3. 嗜酸菌屬(Acidiphilium)
      4. 酸球形菌屬(Acidisphaera)
      5. 酸胞菌屬(Acidocella)
      6. 酸單胞菌屬(Acidomonas)
      7. (Asaia)
      8. (Belnapia)
      9. 脆弱球菌屬(Craurococcus)
      10. 葡糖醋桿菌屬(Gluconacetobacter)
      11. 葡糖桿菌屬(Gluconobacter)
      12. (Granulibacter)
      13. 駒形桿菌屬(Komagataeibacter)
      14. (Kozakia)
      15. 鼠球菌屬(Muricoccus)
      16. (Neoasaia)
      17. (Paracraurococcus)
      18. 紅球狀菌屬(Rhodopila)
      19. (Rhodovarius)
      20. 玫瑰球菌屬(Roseococcus)
      21. 玫瑰單胞菌屬(Roseomonas)
      22. (Rubritepida)
      23. (Saccharibacter)
      24. (Stella)
      25. (Swaminathania)
      26. (Teichococcus)
      27. (Zavarzinia)
   2. 紅螺菌科(Rhodospirillaceae)
      1. 固氮螺菌屬(Azospirillum)
      2. (Conglomeromonas)
      3. (Defluviicoccus)
      4. (Inquilinus)
      5. 磁螺菌屬(Magnetospirillum)
      6. (Phaeospirillum)
      7. (Rhodocista)
      8. 紅螺旋菌屬(Rhodospira)
      9. 紅螺菌屬(Rhodospirillum)
      10. 紅弧菌屬(Rhodovibrio)
      11. 玫瑰螺旋菌屬(Roseospira)
      12. (Skermanella)
      13. (Telmatospirillum)
      14. (Thalassospira)
      15. (Tistrella)
7. 立克次體目(Rickettsiales)
   1. 無形體科(Anaplasmataceae)
      1. (Aegyptianella)
      2. 無形體屬(Anaplasma)
      3. (Cowdria)
      4. 埃里希體屬(Ehrlichia)
      5. 新立克次體屬(Neorickettsia)
      6. 沃巴赫體屬(Wolbachia)
      7. (Xenohaliotis)*
   2. 全孢菌科(Holosporaceae)
      1. 全孢菌屬(Holospora)
   3. 立克次體科(Rickettsiaceae)
      1. (Orientia)
      2. 立克次體屬(Rickettsia)
   4. SAR 11群*
      1. 遠洋桿菌屬(Pelagibacter)*
   5. 科未定
      1. (Lyticum)
      2. (Odyssella)*
      3. (Pseudocaedibacter)
      4. (Symbiotes)
      5. (Tectibacter)
8. 鞘脂單胞菌目(Sphingomonadales)
   1. 赤桿菌科(Erythrobacteraceae)
      1. (Altererythrobacter)
      2. 赤桿菌屬(Erythrobacter)
      3. 赤微菌屬(Erythromicrobium)
      4. 紫桿菌屬(Porphyrobacter)
   2. 鞘脂單胞菌科(Sphingomonadaceae)
      1. 芽單胞菌屬(Blastomonas)
      2. 檸檬酸微菌屬(Citromicrobium)*
      3. 赤單胞菌屬(Erythromonas)
      4. 新鞘脂菌屬(Novosphingobium)
      5. (Sandaracinobacter)
      6. (Sandaracinorhabdus）
      7. 鞘脂菌屬(Sphingobium)
      8. 鞘脂單胞菌屬(Sphingomonas)
      9. (Sphingopyxis)
      10. (Sphingosinicella)
      11. 發酵單胞菌屬(Zymomonas)
9. 目未定
   1. (Albimonas)
   2. (Caenispirillum)
   3. (Insolitispirillum)
   4. (Novispirillum)

β-變形菌綱(Betaproteobacteria)

1. 伯克氏菌目(Burkholderiales)
   1. 產鹼菌科(Alcaligenaceae)
      1. 無色桿菌屬(Achromobacter)
      2. (Advenella)
      3. 產鹼菌屬(Alcaligenes)
      4. (Azohydromonas)
      5. 博德氏菌屬(Bordetella)
      6. (Brackiella)
      7. (Castellaniela)
      8. 德克斯氏菌屬(Derxia)
      9. (Kerstersia)
      10. (Oligella)
      11. (Pelistega)
      12. (Pigmentiphaga)
      13. (Pusillimonas)
      14. (Sutterella)
      15. (Taylorella)
      16. (Tetrathiobacter)
   2. 伯克氏菌科(Burkholderiaceae)
      1. 伯克氏菌屬(Burkholderia)
      2. (Chitinimonas)
      3. (Cupriavidus)
      4. (Lautropia)
      5. (Limnobacter)
      6. (Pandoraea)
      7. (Paucimonas)
      8. (Polynucleobacter)
      9. 青枯菌屬(Ralstonia)
      10. (Thermothrix)
      11. 沃特氏菌屬(Wautersia)
   3. 叢毛單胞菌科(Comamonadaceae)
      1. 食酸菌屬(Acidovorax)
      2. (Alcycliphilus)
      3. (Brachymonas)
      4. (Caenibacterium)
      5. (Caldimonas)
      6. 叢毛單胞菌屬(Comamonas)
      7. (Curvibacter)
      8. 代爾夫特菌屬(Delftia)
      9. (Diaphorobacter)
      10. (Giesbergeria)
      11. 噬氫菌屬(Hydrogenophaga)
      12. (Hylemonella)
      13. (Lampropedia)
      14. (Macromonas)
      15. (Malikia)
      16. (Ottowia)
      17. (Pelomonas)
      18. (Polaromonas)
      19. (Ramlibacter)
      20. 紅育菌屬(Rhodoferax)
      21. (Schlegelella)
      22. (Simplicispira)
      23. 貪食菌屬(Variovorax)
      24. (Xenophilus)
   4. 草酸桿菌科(Oxalobacteraceae)
      1. (Collimonas)
      2. (Duganella)
      3. (Herbaspirillum)
      4. (Herminiimonas)
      5. (Janthinobacterium)
      6. (Massilia)
      7. (Naxibacter)
      8. (Oxalicibacterium)
      9. 草酸桿菌屬(Oxalobacter)
      10. (Telluria)
      11. (Undibacterium)
   5. 科未定
      1. (Aquabacterium)
      2. (Aquincola)
      3. (Ideonella)
      4. 纖髮菌屬(Leptothrix)
      5. (Methylibium)
      6. (Mitsuaria)
      7. (Paucibacter)
      8. (Roseateles)
      9. 紅長命菌屬(Rubrivivax)
      10. (Sphaerotilus)
      11. (Tepidicella)
      12. (Tepidimonas)
      13. (Thiobacter)
      14. 硫單胞菌屬(Thiomonas)
      15. (Xylophilus)
2. 嗜氫菌目(Hydrogenophilales)
   1. 嗜氫菌科(Hydrogenophilaceae)
      1. 嗜氫菌屬(Hydrogenophilus)
      2. (Petrobacter)
      3. (Tepidiphilus)
      4. 硫桿狀菌屬(Thiobacillus)
3. 嗜甲基菌目(Methylophilales)
   1. 嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
      1. (Methylobacillus)
      2. 嗜甲基菌屬(Methylophilus)
      3. (Methylotenera)
      4. (Methylovorus)
4. 奈瑟菌目(Neisseriales)
   1. 奈瑟菌科(Neisseriaceae)
      1. (Alysiella)
      2. (Andreprevotia)
      3. 水螺菌屬(Aquaspirillum)
      4. (Aquitalea)
      5. (Bergeriella)
      6. (Chitinibacter)
      7. (Chitinilyticum)
      8. 色桿菌屬(Chromobacterium)
      9. (Conchiformibius)
      10. (Deefgea)
      11. 艾肯氏菌屬(Eikenella)
      12. (Formivibrio)
      13. (Gulbenkiania)
      14. (Iodobacter)
      15. 金氏菌屬(Kingella)
      16. 鷗桿菌屬(Laribacter)
      17. (Leeia)
      18. (Microvirgula)
      19. (Morococcus)
      20. 奈瑟菌屬(Neisseria)
      21. (Paludibacterium)
      22. (Prolinoborus)
      23. (Silvimonas)
      24. (Simonsiella)
      25. (Uruburuella)
      26. (Vitreoscilla)
      27. (Vogesella)
5. 亞硝化單胞菌目(Nitrosomonadales)
   1. 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
      1. 嘉利翁氏菌屬(Gallionella)
   2. 亞硝化單胞菌科(Nitrosomonadaceae)
      1. 亞硝化葉菌屬(Nitrosolobus)
      2. 亞硝化單胞菌屬(Nitrosomonas)
      3. 亞硝化螺旋菌屬(Nitrosospira)
   3. 螺菌科(Spirillaceae)
      1. 螺菌屬(Spirillum)
6. 普羅卡桿菌目(Procabacteriales)*
   1. 普羅卡桿菌科(Procabacteriaceae)*
      1. 普羅卡桿菌屬(Procabacter)*
7. 紅環菌目(Rhodocyclales)
   1. 紅環菌科(Rhodocyclaceae)
      1. 固氮弓菌屬(Azoarcus)
      2. (Azonexus)
      3. (Azospira)
      4. (Azovibrio)
      5. (Dechloromonas)
      6. (Dechlorosoma)
      7. (Denitratisoma)
      8. (Ferribacterium)
      9. (Methyloversatilis)
      10. 丙酸桿菌屬(Propionibacter)
      11. (Propionivibrio)
      12. (Quatrionicoccus)
      13. 紅環菌屬(Rhodocyclus)
      14. (Shinella)
      15. (Sterolibacterium)
      16. 陶厄氏菌屬(Thauera)
      17. (Uliginosibacterium)
      18. 動膠菌屬(Zoogloea)

δ-變形菌綱(Deltaproteobacteria)

1. 蛭弧菌目(Bdellovibrionales)
   1. (Bacteriovoracaceae)
      1. (Bacteriovorax)
      2. (Peredibacter)
   2. 蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)
      1. 蛭弧菌屬(Bdellovibrio)
      2. (Micavibrio)
      3. (Vampirovibrio)
2. 脫硫盒菌目(Desulfarculales)
   1. 脫硫盒菌科(Desulfarculaceae)
      1. 脫硫盒菌屬(Desulfarculus)
3. 脫硫桿菌目(Desulfobacterales)
   1. 脫硫桿菌科(Desulfobacteraceae)
      1. (Desulfatibacillum)
      2. (Desulfatiferula)
      3. (Desulfatirhabdium)
      4. 脫硫桿菌屬(Desulfobacter)
      5. (Desulfobacterium)
      6. (Desulfobacula)
      7. (Desulfobotulus)*
      8. (Desulfocella)
      9. (Desulfococcus)
      10. (Desulfofaba)
      11. (Desulfofrigus)
      12. (Desulfomusa)
      13. (Desulfonema)
      14. (Desulforegula)
      15. (Desulfosarcina)
      16. (Desulfospira)
      17. (Desulfotignum)
   2. (Desulfobulbaceae)
      1. (Desulfobulbus)
      2. (Desulfocapsa)
      3. (Desulfofustis)
      4. (Desulfopila)
      5. (Desulforhopalus)
      6. (Desulfotalea)
   3. (Nitrospinaceae)
      1. (Nitrospina)
4. 脫硫弧菌目(Desulfovibrionales)
   1. (Desulfohalobiaceae)
      1. (Desulfohalobium)
      2. (Desulfonatronovibrio)
      3. (Desulfonauticus)
      4. (Desulfothermus)
      5. (Desulfovermiculus)
   2. (Desulfomicrobiaceae)
      1. (Desulfomicrobium)
   3. (Desulfonatronaceae)
      1. (Desulfonatronum)
   4. 脫硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)
      1. (Bilophila)
      2. (Desulfomonas)
      3. 脫硫弧菌屬(Desulfovibrio)
      4. (Lawsonia)
5. 硫還原菌目(Desulfurellales)
   1. 硫還原菌科(Desulfurellaceae)
      1. 硫還原菌屬(Desulfurella)
      2. (Hippea)
6. 除硫單胞菌目(Desulfuromonadales)
   1. 除硫單胞菌科(Desulfuromonadaceae)
      1. 除硫單胞菌屬(Desulfuromonas)
      2. (Desulfuromusa)
      3. (Malonomonas)
      4. (Pelobacter)
   2. 地桿菌科(Geobacteraceae)
      1. (Geoalkalibacter)
      2. 地桿菌屬(Geobacter)
      3. (Geopsychrobacter)
      4. (Geothermobacter)
      5. (Trichlorobacter)
7. 黏球菌目(Myxococcales)
   1. 孢囊桿菌亞目(Cystobacterineae)
      1. 孢囊桿菌科(Cystobacteraceae)
         1. (Anaeromyxobacter)
         2. (Archangium)
         3. 孢囊桿菌屬(Cystobacter)
         4. (Hyalangium)
         5. (Melittangium)
         6. (Stigmatella)
      2. 黏球菌科(Myxococcaceae)
         1. (Angiococcus)
         2. (Corallococcus)
         3. 黏球菌屬(Myxococcus)
         4. (Pyxidicoccus)
   2. 侏囊菌亞目(Nannocystineae)
      1. (Haliangiaceae)
         1. (Haliangium)
      2. (Kofleriaceae)
         1. (Kofleria)
      3. 侏囊菌科(Nannocystaceae)
         1. (Enhygromyxa)
         2. 侏囊菌屬(Nannocystis)
         3. (Plesiocystis)
   3. 堆囊菌亞目(Sorangineae)
      1. 多囊菌科(Polyangiaceae)
         1. (Byssovorax)
         2. (Chondromyces)
         3. (Haploangium)*
         4. (Jahnella)
         5. 多囊菌屬(Polyangium)
         6. 堆囊菌屬(Sorangium)
8. 互營桿菌目(Syntrophobacterales)
   1. 互營菌科(Syntrophaceae)
      1. (Desulfobacca)
      2. (Desulfomonile)
      3. (Smithella)
      4. 互營菌屬(Syntrophus)
   2. 互營桿菌科(Syntrophobacteraceae)
      1. (Desulfacinum)
      2. (Desulfoglaeba)
      3. (Desulforhabdus)
      4. (Desulfovirga)
      5. 互營桿菌屬(Syntrophobacter)
      6. (Thermodesulforhabdus)

ε-變形菌綱(Epsilonproteobacteria)

1. 彎曲菌目(Campylobacterales)
   1. 彎曲菌科(Campylobacteraceae)
      1. 弓形杆菌属(Arcobacter)
      2. 彎曲菌屬(Campylobacter)
      3. (Dehalospirillum)
      4. 硫螺旋菌屬(Sulfurospirillum)
   2. 螺桿菌科(Helicobacteraceae)
      1. 螺桿菌屬(Helicobacter)
      2. (Sulfuricurvum)
      3. (Sulfurimonas)
      4. (Sulfurovum)
      5. (Thiovulum)
      6. 沃林氏菌屬(Wolinella)
   3. 氫單胞菌科(Hydrogenimonadaceae)
      1. 氫單胞菌屬(Hydrogenimonas)
2. (Nautiliales)
   1. (Nautiliaceae)
      1. (Caminibacter)
      2. (Lebetimonas)
      3. (Nautilia)
      4. (Nitratifractor)
      5. (Nitratiruptor)
      6. (Thioreductor)

γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)

1. 酸硫桿狀菌目(Acidithiobacillales)
   1. 酸硫桿狀菌科(Acidithiobacillaceae)
      1. 酸硫桿狀菌屬(Acidithiobacillus)
   2. 熱硫桿狀菌科(Thermithiobacillaceae)
      1. 熱硫桿狀菌屬(Thermithiobacillus)
2. 氣單胞菌目(Aeromonadales)
   1. 氣單胞菌科(Aeromonadaceae)
      1. 氣單胞菌屬(Aeromonas)
      2. (Oceanimonas)
      3. (Oceanisphaera)
      4. (Tolumonas)
      5. (Zobellella)
   2. 琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)
      1. 厭氧螺菌屬(Anaerobiospirillum)
      2. 反芻桿菌屬(Ruminobacter)
      3. 琥珀酸單胞菌屬(Succinimonas)
      4. 琥珀酸弧菌屬(Succinivibrio)
3. 交替單胞菌目(Alteromonadales)
   1. 交替單胞菌科(Alteromonadaceae)
      1. (Aestuariibacter)
      2. (Agarivorans)
      3. (Alishewanella)
      4. 交替單胞菌屬(Alteromonas)
      5. (Glaciecola)
      6. (Marinimicrobium)
      7. 海桿菌屬(Marinobacter)
      8. 海細菌屬(Marinobacterium)
      9. 產微球莖菌屬(Microbulbifer)
      10. (Saccharophagus)
      11. (Salinimonas)
   2. (Colwelliaceae)
      1. (Colwellia)
      2. (Thalassomonas)
   3. (Ferrimonadaceae)
      1. (Ferrimonas)
      2. (Paraferrimonas)
   4. (Idiomarinaceae)
      1. (Idiomarina)
      2. (Pseudidiomarina)
   5. (Moritellaceae)
      1. (Moritella)
   6. 假交替單胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)
      1. (Algicola)
      2. 假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas)
   7. 冷單胞菌科(Psychromonadaceae)
      1. 冷單胞菌屬(Psychromonas)
   8. 希萬氏菌科(Shewanellaceae)
      1. 希萬氏菌屬(Shewanella)
   9. 科未定
      1. (Teredinibacter)
      2. (Endobugula)*
4. 心桿菌目(Cardiobacteriales)
   1. 心桿菌科(Cardiobacteriaceae)
      1. 心桿菌屬(Cardiobacterium)
      2. (Dichelobacter)
      3. (Suttonella)
5. 着色菌目(Chromatiales)
   1. 着色菌科(Chromatiaceae)
      1. (Allochromatium)
      2. (Amoebobacter)
      3. 着色菌屬(Chromatium)
      4. 鹽着色菌屬(Halochromatium)
      5. (Isochromatium)
      6. (Lamprobacter)
      7. (Lamprocystis)
      8. (Marichromatium)
      9. 亞硝化球菌屬(Nitrosococcus)
      10. 芬尼氏菌屬(Pfennigia)
      11. 棍着色菌屬(Rhabdochromatium)
      12. (Rheinheimera)
      13. 熱着色菌屬(Thermochromatium)
      14. 硫鹼球菌屬(Thioalkalicoccus)
      15. 硫橄欖菌屬(Thiobaca)
      16. 硫匣菌屬(Thiocapsa)
      17. 硫球菌屬(Thiococcus)
      18. 硫囊菌屬(Thiocystis)
      19. 硫網菌屬(Thiodictyon)
      20. 硫黃球菌屬(Thioflavicoccus)
      21. 硫鹽匣菌屬(Thiohalocapsa)
      22. (Thiolamprovum)
      23. (Thiopedia)
      24. 硫紅球菌屬(Thiorhodococcus)
      25. 硫紅弧菌屬(Thiorhodovibrio)
      26. 硫螺菌屬(Thiospirillum)
   2. 外硫紅螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)
      1. 鹼湖生菌屬(Alkalilimnicola)
      2. 鹼螺菌屬(Alkalispirillum)
      3. (Aquisalimonas)
      4. (Arhodomonas)
      5. (Ectothiorhodosinus)
      6. 外硫紅螺旋菌屬(Ectothiorhodospira)
      7. 鹽紅螺旋菌屬(Halorhodospira)
      8. (Natronocella)
      9. 硝化球菌屬(Nitrococcus)
      10. 硫鹼螺旋菌屬(Thioalkalispira)
      11. 硫鹼弧菌屬(Thialkalivibrio)
      12. 硫紅螺旋菌屬(Thiorhodospira)
   3. 顆粒狀球菌科(Granulosicoccaceae)
      1. 顆粒狀球菌屬(Granulosicoccus)
   4. 鹽硫桿狀菌科(Halothiobacillaceae)
      1. 鹽硫桿狀菌屬(Halothiobacillus)
      2. (Thiovirga)
6. 腸桿菌目(Enterobacteriales)
   1. 腸桿菌科(Enterobacteriaceae)
      1. (Arsenophonus)
      2. (Brenneria)
      3. 布赫納氏菌屬(Buchnera)
      4. (Budvicia)
      5. 布丘氏菌屬(Buttiauxella)
      6. (Calymmatobacterium)
      7. 西地西菌屬(Cedecea)
      8. 檸檬酸桿菌屬(Citrobacter)
      9. (Dickeya)
      10. 愛德華氏菌屬(Edwardsiella)
      11. 腸桿菌屬(Enterobacter)
      12. 歐文氏菌屬(Erwinia)
      13. 埃希氏菌屬(Escherichia) （包含大腸桿菌）
      14. (Ewingella)
      15. 哈夫尼菌屬(Hafnia)
      16. 克雷伯氏菌屬(Klebsiella)
      17. 克呂沃氏菌屬(Kluyvera)
      18. (Leclercia)
      19. (Leminorella)
      20. (Levinea)
      21. (Moellerella)
      22. (Morganella)
      23. (Obesumbacterium)
      24. 泛菌屬(Pantoea)
      25. (Pectobacterium)
      26. (Phlomobacter)*
      27. (Photorhabdus)
      28. 鄰單胞菌屬(Plesiomonas)
      29. (Pragia)
      30. 變形桿菌屬(Proteus) （註：或譯作“變形菌屬”，此處把“變形菌”一詞留給Proteobacteria）
      31. 普羅維登斯菌屬(Providencia)
      32. (Rahnella)
      33. (Raoultella)
      34. 糖桿菌屬(Saccharobacter)
      35. 沙門氏菌屬(Salmonella)
      36. (Samsonia)
      37. 沙雷氏菌屬(Serratia)
      38. 志賀氏菌屬(Shigella)
      39. (Sodalis)
      40. (Tatumella)
      41. (Thorsellia)
      42. (Trabulsiella)
      43. (Wigglesworthia)
      44. 致病桿菌屬(Xenorhabdus)
      45. 耶爾辛氏菌屬(Yersinia) （包含鼠疫桿菌）
      46. (Yokenella)
7. 軍團菌目(Legionellales)
   1. 柯克斯體科(Coxiellaceae)
      1. (Aquicella)
      2. 柯克斯體屬(Coxiella)
      3. 立克次小體屬(Rickettsiella)
   2. 軍團菌科(Legionellaceae)
      1. (Fluoribacter)
      2. 軍團菌屬(Legionella)
      3. (Sarcobium)
      4. (Tatlockia)
8. 甲基球菌目(Methylococcales)
   1. 甲基球菌科(Methylococcaceae)
      1. 甲基桿菌屬(Methylobacter)
      2. 甲基暖菌屬(Methylocaldum)
      3. 甲基球菌屬(Methylococcus)
      4. 甲基鹽菌屬(Methylohalobius)
      5. 甲基微菌屬(Methylomicrobium)
      6. 甲基單胞菌屬(Methylomonas)
      7. 甲基八疊球菌屬(Methylosarcina)
      8. (Methylosoma)
      9. 甲基球形菌屬(Methylosphaera)
      10. 甲基熱菌屬(Methylothermus)
9. 海洋螺菌目(Oceanospirillales)
   1. 食鹼菌科(Alcanivoraceae)
      1. 食鹼菌屬(Alcanivorax)
      2. (Fundibacter)
      3. (Kangiella)
   2. 河氏菌科(Hahellaceae)
      1. (Endozoicomonas)
      2. 河氏菌屬(Hahella)
      3. (Halospina)
      4. (Zooshikella)
   3. 鹽單胞菌科(Halomonadaceae)
      1. (Carnimonas)
      2. 色鹽桿菌屬(Chromohalobacter)
      3. (Cobetia)
      4. (Deleya)
      5. 鹽單胞菌屬(Halomonas)
      6. (Halotalea)
      7. (Halovibrio)
      8. (Modicisalibacter)
      9. (Salicola)
      10. (Volcaniella)
      11. 發酵桿菌屬(Zymobacter)
   4. 岸生菌科(Litoricolaceae)
      1. 岸生菌屬(Litoricola)
   5. 海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)
      1. (Amphritea)
      2. 巴氏髮菌屬(Balneatrix)
      3. 海單胞菌屬(Marinomonas)
      4. 海螺菌屬(Marinospirillum)
      5. (Neptuniibacter)
      6. (Neptunomonas)
      7. (Nitrincola)
      8. 海洋桿菌屬(Oceanobacter)
      9. 海洋螺菌屬(Oceanospirillum)
      10. 油螺旋菌屬(Oleispira)
      11. 假螺菌屬(Pseudospirillum)
      12. (Reinekea)
      13. (Thalassolituus)
   6. 嗜油菌科(Oleiphilaceae)
      1. 嗜油菌屬(Oleiphilus)
   7. 糖螺菌科(Saccharospirillaceae)
      1. 糖螺菌屬(Saccharospirillum)
10. 巴斯德氏菌目(Pasteurellales)
    1. 巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
       1. 放線桿菌屬(Actinobacillus)
       2. (Aggregatibacter)
       3. (Avibacterium)
       4. (Bibersteinia)
       5. (Gallibacterium)
       6. 嗜血菌屬(Haemophilus)
       7. (Histophilus)
       8. (Lonepinella)
       9. (Mannheimia)
       10. (Nicoletella)
       11. 巴斯德氏菌屬(Pasteurella)
       12. (Phocoenobacter)
       13. (Volucribacter)
11. 假單胞菌目(Pseudomonadales)
    1. 莫拉菌科(Moraxellaceae)
       1. 不動桿菌屬(Acinetobacter)
       2. (Alkanindiges)
       3. 布蘭漢氏菌(Branhamella)
       4. (Enhydrobacter)
       5. 莫拉菌屬(Moraxella)
       6. (Perlucidibaca)
       7. 冷桿菌屬(Psychrobacter)
    2. 假單胞菌科(Pseudomonadaceae)
       1. (Azomonas)
       2. (Azomonotrichon)
       3. (Azorhizophilus)
       4. (Azotobacter)
       5. 纖維弧菌屬(Cellvibrio)
       6. (Chryseomonas)
       7. (Flavimonas)
       8. (Mesophilobacter)
       9. 假單胞菌屬(Pseudomonas)
       10. 根瘤桿菌屬(Rhizobacter)
       11. 皺紋單胞菌屬(Rugamonas)
       12. 蛇形菌屬(Serpens)
12. 鹹水球形菌目(Salinisphaerales)
    1. 鹹水球形菌科(Salinisphaeraceae)
       1. 鹹水球形菌屬(Salinisphaera)
13. 硫髮菌目(Thiotrichales)
    1. (Francisellaceae)
       1. (Francisella)
    2. 魚立克次體科(Piscirickettsiaceae)
       1. (Cycloclasticus)
       2. (Hydrogenovibrio)
       3. (Methylophaga)
       4. 魚立克次體屬(Piscirickettsia)
       5. (Sulfurivirga)
       6. (Thioalkalimicrobium)
       7. (Thiomicrospira)
    3. 硫髮菌科(Thiotrichaceae)
       1. 無色菌屬(Achromatium)
       2. 貝扎托菌屬(Beggiatoa)
       3. 亮髮菌屬(Leucothrix)
       4. 硫桿菌屬(Thiobacterium)
       5. 硫珠菌屬(Thiomargarita)
       6. 硫辮菌屬(Thioploca)
       7. 硫螺旋菌屬(Thiospira)
       8. 硫髮菌屬(Thiothrix)
    4. 科未定
       1. (Caedibacter)
       2. (Fangia)
14. 弧菌目(Vibrionales)
    1. 弧菌科(Vibrionaceae)
       1. (Aliivibrio)
       2. 異單胞菌屬(Allomonas)
       3. (Beneckea)
       4. 鏈狀球菌屬(Catenococcus)
       5. 腸弧菌屬(Enterovibrio)
       6. (Grimontia)
       7. (Listonella)
       8. (Lucibacterium)
       9. 發光桿菌屬(Photobacterium)
       10. (Salinivibrio)
       11. 弧菌屬(Vibrio)
15. 黃色單胞菌目(Xanthomonadales)
    1. 華桿菌科(Sinobacteraceae)
       1. (Hydrocarboniphaga)
       2. (Nevskia)
       3. 華桿菌屬(Sinobacter)
    2. 黃色單胞菌科(Xanthomonadaceae)
       1. 水單胞菌屬(Aquimonas)
       2. (Arenimonas)
       3. (Aspromonas)
       4. (Dokdonella)
       5. (Dyella)
       6. (Frateuria)
       7. (Fulvimonas)
       8. (Ignatzschineria)
       9. (Luteibacter)
       10. (Luteimonas)
       11. (Lysobacter)
       12. 假黃色單胞菌屬(Pseudoxanthomonas)
       13. (Rhodanobacter)
       14. (Silanimonas)
       15. (Stenotrophomonas)
       16. 熱單胞菌屬(Thermomonas)
       17. 黃色單胞菌屬(Xanthomonas)
       18. (Xylella)
16. 目未定
    1. 鹼單胞菌屬(Alkalimonas)
    2. (Bowmanella)
    3. 聚集桿菌屬(Congregibacter)*
    4. (Methylohalomonas)
    5. (Methylonatrum)
    6. (Sedimenticola)
    7. (Solimonas)
    8. (Thiohalomonas)
    9. (Thiohalophilus)

螺旋體門(Spirochaetes)

螺旋體綱(Spirochaetes)

1. 螺旋體目(Spirochaetales)
   1. 短螺旋體科(Brachyspiraceae)
      1. 短螺旋體屬(Brachyspira)
      2. 小蛇菌屬(Serpulina)
   2. 鈎端螺旋體科(Leptospiraceae)
      1. 纖線菌屬(Leptonema)
      2. 鈎端螺旋體屬(Leptospira)
      3. (Turneriella)
   3. 螺旋體科(Spirochaetaceae)
      1. 疏螺旋體屬(Borrelia)
      2. (Brevinema)
      3. (Clevelandina)
      4. (Cristispira)
      5. (Diplocalyx)
      6. (Hollandina)
      7. (Pillotina)
      8. 螺旋體屬(Spirochaeta)
      9. 密螺旋體屬(Treponema)

柔膜菌門(Tenericutes)

注：此處Tenericutes不同於原先基於形態分類的“軟壁菌門”，而僅包括枝原體及其基於分子演化分類的親屬

柔膜菌綱(Mollicutes)

1. 無膽甾原體目(Acholeplasmatales)
   1. 無膽甾原體科(Acholeplasmataceae)
      1. 無膽甾原體屬(Acholeplasma)
      2. 植原體屬(Phytoplasma)*
2. 厭氧原體目(Anaeroplasmatales)
   1. 厭氧原體科(Anaeroplasmataceae)
      1. 厭氧原體屬(Anaeroplasma)
      2. 無甾醇原體屬(Asteroleplasma)
3. 蟲原體目(Entomoplasmatales)
   1. 蟲原體科(Entomoplasmataceae)
      1. 蟲原體屬(Entomoplasma)
      2. 中間原體屬(Mesoplasma)
   2. 螺原體科(Spiroplasmataceae)
      1. 螺原體屬(Spiroplasma)
4. 枝原體目(Mycoplasmatales)
   1. 枝原體科(Mycoplasmataceae)
      1. (Allobaculum)
      2. (Eperythrozoon)
      3. (Haemobartonella)
      4. 枝原體屬(Mycoplasma)
      5. 脲原體屬(Ureaplasma)
5. 目未定
   1. 丹毒絲菌科(Erysipelothrichaceae)
      1. (Bulleidia)
      2. 丹毒絲菌屬(Erysipelothrix)
      3. (Holdemania)
      4. (Solobacterium)

熱脫硫桿菌門(Thermodesulfobacteria)

熱脫硫桿菌綱(Thermodesulfobacteria)

1. 熱脫硫桿菌目(Thermodesulfobacteriales)
   1. 熱脫硫桿菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
      1. (Thermodesulfatator)
      2. 熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium)

熱微菌門(Thermomicrobia)

熱微菌綱(Thermomicrobia)

1. 熱微菌目(Thermomicrobiales)
   1. 熱微菌科(Thermomicrobiaceae)
      1. 熱微菌屬(Thermomicrobium)

熱袍菌門(Thermotogae)

熱袍菌綱(Thermotogae)

1. 熱袍菌目(Thermotogales)
   1. 熱袍菌科(Thermotogaceae)
      1. (Fervidobacterium)
      2. (Geotoga)
      3. (Marinitoga)
      4. (Petrotoga)
      5. (Thermosipho)
      6. 熱袍菌屬(Thermotoga)

疣微菌門(Verrucomicrobia)

豐祐菌綱(Opitutae)

（註：正確形式似應爲Opituti）

1. 豐祐菌目(Opitutales)
   1. 豐祐菌科(Opitutaceae)
      1. 交替球菌屬(Alterococcus)
      2. 豐祐菌屬(Opitutus)
2. 紫紅球菌目(Puniceicoccales)
   1. 紫紅球菌科(Puniceicoccaceae)
      1. (Cerasicoccus)
      2. (Coraliomargarita)
      3. (Pelagicoccus)
      4. 紫紅球菌屬(Puniceicoccus)

疣微菌綱(Verrucomicrobiae)

1. 疣微菌目(Verrucomicrobiales)
   1. 疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
      1. (Akkermansia)
      2. 突柄桿菌屬(Prosthecobacter)
      3. (Rubritalea)
      4. 疣微菌屬(Verrucomicrobium)
   2. (Xiphinematobacteraceae)*
      1. (Xiphinematobacter)*

門未定

1. (Jonquetella)

纖線桿菌綱(Ktedonobacteria)

1. 纖線桿菌目(Ktedonobacterales)
   1. 纖線桿菌科(Ktedonobacteraceae)
      1. 纖線桿菌屬(Ktedonobacter)