严重急性呼吸综合征冠状病毒2伽马变异株

SARS-CoV-2 变异株
Gamma
	科学上准确的SARS-CoV-2的外部结构的原子模型。每个“球”都是一个原子。
一般细节
世卫组织指称	Gamma
其它名称	20J/501Y.V3、高关注变异株-202101/02（VOC-202101/02）、巴西变种病毒
谱系	P.1
首次检测到	日本东京
报告日期	2021年1月6日，3年前
地位	需要关注的变异株（英语：Variant of concern）
病例地图
	2021年4月21日时点各国P.1谱系病例总数; 图示：超过1000个确诊个案 500–999个确诊个案 100–499个确诊个案 2–99个确诊个案 1个确诊个案无确诊个案或无数据
主要变异株
	Alpha (B.1.1.7); Beta (B.1.351); Gamma (P.1); Delta (B.1.617.2); Omicron (B.1.1.529) BA.1 (B.1.1.529.1); BA.2 (B.1.1.529.2); BA.3 (B.1.1.529.3); BA.4 (B.1.1.529.4); BA.5 (B.1.1.529.5);
	查; 论; 编;

严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型-Gamma变异株（英语：SARS-CoV-2 Gamma variant），别名P.1谱系（英语：Lineage P.1）^[a] ，是严重急性呼吸综合症冠状病毒2型（SARS-CoV-2）的一种变异株，于2021年1月6日首次在日本东京发现^[4]^[8]。依据世界卫生组织命名法，P.1谱系被命名为Gamma变异株，目前Gamma变异株被列为“高关注变异株”（VOC）^[9]。

Gamma变异株一共有17种氨基酸变化，其中10种发生在刺突蛋白，包括了3种特别引起关注的突变： “N501Y”、“E484K”和“K417T”^[4]^[10]。

Gamma变异株和在巴西传播的另一种变异株：Zeta变异株（P.2谱系）有显著的差异，Zeta变异株只携带“E484K”突变，并无其他两种突变：“N501Y”和“K417T”^[11]^[10]。

历史

2021年1月6日，日本国立感染症研究所从四位抵达东京的旅客中检测出Gamma变异株，他们都曾去过巴西亚马逊州^[4]^[8]。Gamma变异株是造成2021年初2019冠状病毒病病例在亚马逊州首府玛瑙斯快速增加的原因之一。

2021年1月12日，巴西－英国CADDE中心在玛瑙斯确认13例P.1谱系病例^[4]。在2020年3月至11月期间从玛瑙斯收集的27份样本中没有发现P.1谱系，然而在2020年12月15日至23日期间从同城收集到的样本中P.1谱系占42%（n=13/31），接著在2020年12月15日至31日期间收集的样本中P.1谱系占52.2%（n=35/67），在2021年1月1日至9日期间收集的样本中P.1谱系更达到了85.4%（n=41/48）。从2020年12月下旬到2021年1月9日期间，P.2谱系（Zeta变异株）迅速被P.1谱系取代，玛瑙斯P.2谱系所占比重由25.4%急剧下降到6.3%^[4]^[12]。

奥斯瓦尔多·克鲁兹基金会研究人员对亚马逊州250份基因组样本进行了研究，他们发现相比B.1.1.28谱系和B.1.195谱系病例，P.1谱系感染可以产生大约10倍的病毒载量，传播力为2.2倍。P.1谱系对于18岁到59岁人群和60岁以上的老年人群具有同等的传播力，显示P.1谱系更易在年轻人之间传播，无性别差异^[13]。

CADDE中心的研究显示P.1谱系传播力比以往的变异株高两倍，而且可以避开大约32%的获得性免疫（比如先前感染冠状病毒），引发再次感染的可能性。P.1谱系的病死率比以往的变异株高1.5倍^[14]^[15]^[16]。

病例统计

各国P.1谱系病例（截至2021年8月9日） GISAID^[17]
国家或地区	病例数	日期
美国	23,373	2021年6月29日
巴西	16,200	2021年6月13日
加拿大	8,070	2021年7月5日
比利时	1,974	2021年7月1日
墨西哥	2,278	2021年6月24日
智利	2,522	2021年6月13日
西班牙	957	2021年6月26日
义大利	2,181	2021年6月29日
荷兰	566	2021年6月17日
哥伦比亚	346	2021年6月1日
德国	806	2021年6月22日
法国	577	2021年6月23日
千里达及托巴哥	255	2021年6月15日
阿根廷	329	2021年5月12日
法属圭亚那	318	2021年6月11日
英国	224	2021年6月23日
葡萄牙	190	2021年6月23日
乌拉圭	173	2021年4月15日
瑞士	187	2021年6月21日
阿鲁巴	121	2021年6月20日
日本	118	2021年6月13日
苏里南	117	2021年5月25日
瑞典	141	2021年6月14日
巴拉圭	54	2021年5月4日
丹麦	63	2021年6月29日
海地	47	2021年5月20日
卢森堡	2	2021年4月19日
芬兰	7	2021年5月23日
孟加拉国	1	2021年2月18日
巴巴多斯	3	2021年5月22日
开曼群岛	1	2021年6月17日
法罗群岛	1	2021年1月12日
关岛	1	2021年4月30日
圭亚那	3	2021年1月18日
菲律宾	2	2021年2月21日
波多黎各	1	2021年6月9日
哥斯达黎加	69	2021年6月29日
厄瓜多尔	145	2021年7月21日
土耳其	88	2021年6月29日
秘鲁	42	2021年6月14日
多米尼加	38	2021年6月10日
马尔他	32	2021年6月22日
爱尔兰	29	2021年6月21日
奥地利	28	2021年6月18日
波兰	24	2021年7月14日
捷克	20	2021年6月22日
以色列	19	2021年7月6日
玻利维亚	17	2021年6月2日
委内瑞拉	17	2021年5月26日
库拉索	14	2021年6月24日
罗马尼亚	12	2021年6月12日
韩国	10	2021年7月3日
挪威	9	2021年7月1日
澳大利亚	8	2021年4月25日
新加坡	8	2021年6月11日
斯洛维尼亚	7	2021年6月4日
新西兰	7	2021年5月31日
克罗地亚	6	2021年6月29日
立陶宛	6	2021年6月30日
约旦	5	2021年4月28日
台湾	4	2021年1月28日
印度	3	2021年5月12日
波黑	3	2021年7月5日
中国	2	2021年4月17日
巴基斯坦	1	2021年5月17日
安哥拉	1	2021年3月22日
拉脱维亚	1	2021年4月1日
泰国	1	2021年4月5日
俄罗斯	1	2021年5月21日
希腊	1	2021年5月14日
博奈尔	1	2021年7月7日
世界（71国/地区）	总数：63,769	截至2021年8月9日

变异

Gamma变异株的氨基酸突变（在SARS-CoV-2的基因组上作图）^[18]

Gamma变异株包括两个子变异株：“28-AM-1”和“28-AM-2”，它们都带有“K417T”、“E484K”和“N501Y”突变。

Gamma变异株有10种刺突蛋白突变，包含了N501Y和E484K。

Gamma变异株变异特征
基因编号	氨基酸
ORF1ab	synT733C
	synC2749T
	S1188L
	K1795Q
	del11288-11296 (3675-3677 SGF)
	synC12778T
	synC13860T
	E5665D
刺突蛋白	L18F
	T20N
	P26S
	D138Y
	R190S
	K417T
	E484K
	N501Y
	H 655Y
	T1027I
ORF8	E92K
ORF8	ins28269-28273
N	P80R
来源：Faria et al. (2021)，图 1.B

参见

严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型变异株

注释

^ 其他名称包括：
– 20J/501Y.V3
– 高关注变异株-202101/02（VOC-202101/02）^[1]
– 巴西变种病毒（Brazilian variant、Brazil variant）^[6]^[7]^[4]

参考文献

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外部链接

PANGO lineages （页面存档备份，存于互联网档案馆）（英文）

[8] 其他名称包括：
– 20J/501Y.V3
– 高关注变异株-202101/02（VOC-202101/02）^[1]
– 巴西变种病毒（Brazilian variant、Brazil variant）^[6]^[7]^[4]

[UK-VOC-1] 1.0 ^1.1 Public Health England. Variants: distribution of cases data. GOV.UK. 27 February 2021 [2021-02-27]. （原始内容存档于2021-06-07）（英语）.

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[:0-4] 4.0 ^4.1 ^4.2 ^4.3 ^4.4 ^4.5 ^4.6 Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales. Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. Virological. 2021-01-12 [2021-01-23]. （原始内容存档于2021-05-20）（英语）.

[5] Lineage P.1. cov-lineages.org. [2021-04-21].

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[CovLineages1Jul-18] GISAID - hCov19 Variants. www.gisaid.org. [2021-08-09]. （原始内容存档于2021-06-23）.

[19] Spike Variants: Gamma variant, aka P.1, B.1.1.28.1, 20J/501Y.V3 variant, and K417T/E484K/N501Y. covdb.stanford.edu. [2021-11-29]. （原始内容存档于2021-06-30）（英语）.

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